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- PDB-1jxt: CRAMBIN MIXED SEQUENCE FORM AT 160 K. PROTEIN/WATER SUBSTATES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jxt
タイトルCRAMBIN MIXED SEQUENCE FORM AT 160 K. PROTEIN/WATER SUBSTATES
要素Crambin
キーワードPLANT PROTEIN / WATER / SUBSTATE / FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.89 Å
データ登録者Teeter, M.M. / Yamano, A. / Stec, B. / Mohanty, U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: On the nature of a glassy state of matter in a hydrated protein: Relation to protein function.
著者: Teeter, M.M. / Yamano, A. / Stec, B. / Mohanty, U.
履歴
登録2001年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crambin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7742
ポリマ－4,7281
非ポリマー461
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.840, 18.470, 22.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is not known.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Crambin


分子量: 4728.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
生物種: Crambe hispanica / 株: subsp. abyssinica / 参照: UniProt: P01542
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
Has protein modificationY
配列の詳細sequence PRO/SER22:LEU/ILE25 SEQUENCE ISOFORMS ARE MODELLED AS ALTERNATE CONFORMERS IN COORDINATE ...sequence PRO/SER22:LEU/ILE25 SEQUENCE ISOFORMS ARE MODELLED AS ALTERNATE CONFORMERS IN COORDINATE RECORDS. ONLY THE PRO22/LEU25 ISOFORM IS REPRESENTED IN THE SEQUENCE RECORDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
解説: VALUES OF F/SIGF ARE GIVEN ABOVE RATHER THAN I/SIGI.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: ethanol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1990年12月7日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: MO / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.89→17.67 Å / Num. all: 26368 / Num. obs: 26368 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 3 Å2 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 0.89→0.9 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.98 / Num. unique all: 704 / % possible all: 85
反射
*PLUS
% possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称分類
LEHMANN-LARSENデータ収集
TEXSANデータ削減
MADSYS位相決定
PROLSQ精密化
LEHMANN-LARSENデータ削減
TEXSANデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: 1CNR, PRO/LEU SEQUENCE FORM OF CRAMBIN.

1cnr


解像度: 0.89→17.67 Å / 交差検証法: DIFFERENCE DENSITY PEAKS / σ(F): 2
詳細: OVERALL WEIGHT WAS 1/(SIGDEL) AND SIGDEL=8-10(SINTH/L-0.166667). WITH PROLSQ, NO RFREE WAS CALCULATED. ********* STEREOCHEMISTRY REMARKS: BECAUSE discretely disordered (MULTIPLE SUBSTATE) ...詳細: OVERALL WEIGHT WAS 1/(SIGDEL) AND SIGDEL=8-10(SINTH/L-0.166667). WITH PROLSQ, NO RFREE WAS CALCULATED. ********* STEREOCHEMISTRY REMARKS: BECAUSE discretely disordered (MULTIPLE SUBSTATE) PROTEIN RESIDUES EACH HAVE OCCUPANCY LESS THAN ONE, THEY ARE DIFFICULT TO ACCURATELY REFINE. THE GEOMETRY CAN BE DISTORTED (IS POORLY DETERMINED). IN THE CASE OF THR39, THE BACKBONE IS CLEARLY DISORDERED, WITH VERY SMALL DEVIATIONS BETWEEN SUBSTATES (~0.1 A), AND THAT WAS NOT INCLUDED IN THE MODEL. HENCE THEre may be LARGE ERRORS INVOLVING CA of thr39.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.145 --
all0.145 --
obs0.145 24174 96.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 3.58 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.06 Å / Luzzati d res low obs: 17.67 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.89→17.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数341 0 3 0 344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0350.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0580.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.0060.01
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.11
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.1021.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.1051
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it0.1161.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0570.05
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1460.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.0720.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1290.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.13
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor115
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor13.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it10.1
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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