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- PDB-1hxj: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MAIZE ZM-P60.1 BETA-GLUCOSIDASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hxj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MAIZE ZM-P60.1 BETA-GLUCOSIDASE
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / BETA-GLUCOSIDASE / FAMILY 1 / RETENTION OF THE ANOMERIC CONFIGURATION
機能・相同性
機能・相同性情報


galactosidase activity / fucosidase activity / xylanase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase ...galactosidase activity / fucosidase activity / xylanase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / chloroplast / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Vevodova, J. / Su, X.-D. / Marek, J. / Brzobohaty, B.
引用
ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2001
タイトル: Insights into the functional architecture of the catalytic center of a maize beta-glucosidase Zm-p60.1
著者: Zouhar, J. / Vevodova, J. / Marek, J. / Damborsky, J. / Su, X.-D. / Brzobohaty, B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Maize Cytokinin-Glucoside-Specific Beta-Glucosidase
著者: Vevodova, J. / Marek, J. / Zouhar, J. / Brzobohaty, B. / Su, X.-D.
履歴
登録2001年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
B: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0022
ポリマ－116,0022
非ポリマー00
水16,376909
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.664, 110.718, 72.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.10, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis parallel to the a-axis

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE / E.C.3.2.1.21 / GENTIOBIASE / CELLOBIASE / BETA-D-GLUCOSIDE GLUCOHYDROLASE


分子量: 58000.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 株: CV. MUTIN / 組織: COLEOPTILE / Organelle: CHLOROPLAST / プラスミド: PRSET A / 遺伝子 (発現宿主): ZM-P60.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS CELLS / 参照: UniProt: P49235, beta-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 909 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M citrate buffer pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 294K
結晶化
*PLUS
手法: unknown / PH range low: 5.9 / PH range high: 5.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120-25 %(w/v)PEG400011
20.1 Mcitrate11pH5.3-5.9
3ammonium acetate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9831 / 波長: 0.9831 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月26日
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9831 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→68 Å / Num. all: 52651 / Num. obs: 52651 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 7.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 4711 / Rsym value: 0.174 / % possible all: 85.7
反射
*PLUS
最低解像度: 68 Å / % possible obs: 94.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.18 Å / % possible obs: 85.7 % / Rmerge(I) obs: 0.176

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CBG

1cbg


解像度: 2.05→34.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 983707.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 3036 6.1 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all-55455 --
obs-52651 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.35 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.83 Å20 Å27.99 Å2
2---5.54 Å20 Å2
3---0.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.14 Å
Luzzati d res high-2.05
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7958 0 0 909 8867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 427 5.7 %
Rwork0.2 7067 -
obs--81.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 68 Å / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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