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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hxj | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE MAIZE ZM-P60.1 BETA-GLUCOSIDASE | ||||||
![]() | BETA-GLUCOSIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / BETA-GLUCOSIDASE / FAMILY 1 / RETENTION OF THE ANOMERIC CONFIGURATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() galactosidase activity / fucosidase activity / xylanase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase ...galactosidase activity / fucosidase activity / xylanase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / chloroplast / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vevodova, J. / Su, X.-D. / Marek, J. / Brzobohaty, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into the functional architecture of the catalytic center of a maize beta-glucosidase Zm-p60.1 著者: Zouhar, J. / Vevodova, J. / Marek, J. / Damborsky, J. / Su, X.-D. / Brzobohaty, B. #1: ![]() タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Maize Cytokinin-Glucoside-Specific Beta-Glucosidase 著者: Vevodova, J. / Marek, J. / Zouhar, J. / Brzobohaty, B. / Su, X.-D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1cbgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis parallel to the a-axis |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58000.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M citrate buffer pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 294K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / PH range low: 5.9 / PH range high: 5.3 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月26日 |
放射 | モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9831 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→68 Å / Num. all: 52651 / Num. obs: 52651 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 7.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 4711 / Rsym value: 0.174 / % possible all: 85.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 68 Å / % possible obs: 94.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.18 Å / % possible obs: 85.7 % / Rmerge(I) obs: 0.176 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1CBG 解像度: 2.05→34.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 983707.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.35 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 68 Å / Rfactor Rfree: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.2 |