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- PDB-2wad: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B (PBP-2B) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMON... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wad
タイトルPENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B (PBP-2B) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (STRAIN 5204)
要素PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / TRANSMEMBRANE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CELL SHAPE / PEPTIDOGLYCAN / CELL MEMBRANE / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / MEMBRANE / INFECTION / RESISTANCE / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / : / Penicillin-binding protein, N-terminal non-catalytic domain, head sub-domain / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Other non-globular ...Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / : / Penicillin-binding protein, N-terminal non-catalytic domain, head sub-domain / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Other non-globular / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Special / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein 2B / Penicillin-binding protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Contreras-Martel, C. / Dahout-Gonzalez, C. / Dos-Santos-Martins, A. / Kotnik, M. / Dessen, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Pbp Active Site Flexibility as the Key Mechanism for Beta-Lactam Resistance in Pneumococci
著者: Contreras-Martel, C. / Dahout-Gonzalez, C. / Dos-Santos-Martins, A. / Kotnik, M. / Dessen, A.
#1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004
タイトル: Biochemical Characterization of Streptococcus Pneumoniae Penicillin-Binding Protein 2B and its Implication in Beta-Lactam Resistance
著者: Pagliero, E. / Chesnel, L. / Hopkins, J. / Croize, J. / Dideberg, O. / Vernet, T. / Di-Guilmi, A.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B
B: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B
C: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,03512
ポリマ－221,4473
非ポリマー5899
水10,269570
1
A: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0124
ポリマ－73,8161
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0124
ポリマ－73,8161
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0124
ポリマ－73,8161
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.788, 128.788, 123.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A86 - 185
2115B86 - 185
3115C86 - 185
1215A196 - 213
2215B196 - 213
3215C196 - 213
1314A50 - 85
2314B50 - 85
3314C50 - 85
1414A186 - 195
2414B186 - 195
3414C186 - 195
1514A214 - 310
2514B214 - 310
3514C214 - 310
1614A548 - 566
2614B548 - 566
3614C548 - 566
1711A311 - 547
2711B311 - 547
3711C311 - 547
1811A567 - 680
2811B567 - 680
3811C567 - 680
1916A700 - 702
2916B700 - 702
3916C700 - 702

-
要素

#1: タンパク質 PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B


分子量: 73815.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: 5204
参照: UniProt: P0A3M6, UniProt: B0B6I9*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PBP2B STRAIN R6 P0A3M6 PROTEIN SEQUENCE CODE IS THE CLOSER ONE TO MUTANT STRAIN 5204 (58 MUTATIONS). ...PBP2B STRAIN R6 P0A3M6 PROTEIN SEQUENCE CODE IS THE CLOSER ONE TO MUTANT STRAIN 5204 (58 MUTATIONS). THE PROTEIN SEQUENCE OF PBP2B STRAIN 5204 WAS OBTAINED BY OUR COLLABORATOR (REFERENCE 1 PAGLIERO ET AL. 2004, WITH OUT BEEN SUBMITED TO THE DATABASES). HOWEVER THE PBP2B 5204 TRANSPEPTIDASE DOMAIN ALONE AS BEEN SEQUENCE AND SUBMITED TO THE DATABASE (Q5ZGA5). LAST MODIFIED JULY 22, 2008. VERSION 14.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 100 MM BIS-TRIS-HCL PH 5.5, 300 MM NACL, 5 MM ZN ACETATE, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL MME 550

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-310.931
シンクロトロンESRF BM30A21.282740, 1.283334, 1.279625
検出器
タイプID検出器日付
ADSC CCD1CCD2007年6月10日
ADSC CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9311
21.282741
31.2833341
41.2796251
反射解像度: 2.18→44.5 Å / Num. obs: 108466 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 46.42 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 17.34
反射 シェル解像度: 2.18→2.31 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 70.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.18→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 15.858 / SU ML: 0.178 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 5889 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 110872 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20.26 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13812 0 9 570 14391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02214083
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.96419144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18451813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7426.087598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.945152345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8391530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.22210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5421.59027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.533214575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.09935056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9924.54569
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2526tight positional0.240.05
2B2526tight positional0.250.05
3C2526tight positional0.250.05
1A1637medium positional1.580.5
2B1637medium positional1.980.5
3C1637medium positional1.350.5
1A404loose positional2.845
2B404loose positional3.145
3C404loose positional2.25
1A2526tight thermal3.840.5
2B2526tight thermal2.990.5
3C2526tight thermal4.80.5
1A1637medium thermal6.482
2B1637medium thermal8.672
3C1637medium thermal5.982
1A404loose thermal4.4410
2B404loose thermal9.1910
3C404loose thermal7.1210
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.24 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.377 399
Rwork0.341 6874
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15250.05410.01260.09080.02470.18820.01530.0140.070.0306-0.01170.0414-0.0361-0.0282-0.00360.02130.00170.01630.00850.00450.03720.7909-38.45061.8705
20.06010.05630.04210.3420.01850.31850.019-0.0184-0.02830.0755-0.00210.1364-0.0081-0.0177-0.01690.0187-0.00210.02260.00830.01690.105921.6863-37.9928-0.0718
30.3052-0.21930.01710.1701-0.02590.1324-0.00310.0362-0.13040.0010.00490.09390.042-0.0254-0.00180.029-0.01390.00460.0583-0.01530.055821.3965-38.2422-6.2874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A86 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1B86 - 185
3X-RAY DIFFRACTION1C86 - 185
4X-RAY DIFFRACTION1A196 - 213
5X-RAY DIFFRACTION1B196 - 213
6X-RAY DIFFRACTION1C196 - 213
7X-RAY DIFFRACTION2A50 - 85
8X-RAY DIFFRACTION2B52 - 85
9X-RAY DIFFRACTION2C50 - 85
10X-RAY DIFFRACTION2A186 - 195
11X-RAY DIFFRACTION2B186 - 195
12X-RAY DIFFRACTION2C186 - 195
13X-RAY DIFFRACTION2A214 - 310
14X-RAY DIFFRACTION2B214 - 310
15X-RAY DIFFRACTION2C214 - 310
16X-RAY DIFFRACTION2A548 - 566
17X-RAY DIFFRACTION2B548 - 566
18X-RAY DIFFRACTION2C548 - 566
19X-RAY DIFFRACTION3A311 - 547
20X-RAY DIFFRACTION3B311 - 547
21X-RAY DIFFRACTION3C311 - 547
22X-RAY DIFFRACTION3A567 - 680
23X-RAY DIFFRACTION3B567 - 680
24X-RAY DIFFRACTION3C567 - 680

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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