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- PDB-2waf: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B (PBP-2B) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMON... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2waf
タイトルPENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B (PBP-2B) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (STRAIN R6)
要素PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / TRANSMEMBRANE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CELL SHAPE / PEPTIDOGLYCAN / CELL MEMBRANE / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / MEMBRANE / INFECTION / RESISTANCE / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, N-terminal non-catalytic domain, head sub-domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain ...: / Penicillin-binding protein, N-terminal non-catalytic domain, head sub-domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Contreras-Martel, C. / Dahout-Gonzalez, C. / Dos-Santos-Martins, A. / Kotnik, M. / Dessen, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Pbp Active Site Flexibility as the Key Mechanism for Beta-Lactam Resistance in Pneumococci
著者: Contreras-Martel, C. / Dahout-Gonzalez, C. / Dos-Santos-Martins, A. / Kotnik, M. / Dessen, A.
#1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004
タイトル: Biochemical Characterization of Streptococcus Pneumoniae Penicillin-Binding Protein 2B and its Implication in Beta-Lactam Resistance
著者: Pagliero, E. / Chesnel, L. / Hopkins, J. / Croize, J. / Dideberg, O. / Vernet, T. / Di-Guilmi, A.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2823
ポリマ－74,2111
非ポリマー712
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)193.897, 51.593, 121.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B


分子量: 74210.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: R6
参照: UniProt: P0A3M6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 1.4M (NH4)2SO4, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9312
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9312 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→47.25 Å / Num. obs: 14291 / % possible obs: 82.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 69.16 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.29→3.49 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 54.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WAD

2wad


解像度: 3.29→47.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 78.151 / SU ML: 0.532 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.538 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 770 4.9 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.24 15012 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å20 Å22.57 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---4.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4701 0 2 11 4714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.9586501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3445617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54126.039207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.99315794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5031511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9061.53065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78124941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5731720
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6364.51560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.29→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 30 -
Rwork0.356 747 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.77583.71650.26799.8147-1.95745.787-0.1840.64860.0543-0.4826-0.1728-0.6567-0.26660.13210.35680.00230.01490.19250.5369-0.143-0.21218.4994-5.6885-43.4724
210.12761.3193-3.88730.40070.03842.7893-0.44120.2978-0.8039-0.18140.1239-0.05980.46060.28480.3172-0.0009-0.00760.02940.049-0.0860.0771-0.0363-15.0495-19.7435
36.0374-0.9879-0.60262.6441.11965.2117-0.2301-0.1120.510.07430.2196-0.2126-0.5154-0.020.0105-0.5965-0.0487-0.0618-0.62280.1172-0.3896-32.33110.83734.2958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A86 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1A196 - 213
3X-RAY DIFFRACTION2A52 - 85
4X-RAY DIFFRACTION2A186 - 195
5X-RAY DIFFRACTION2A214 - 310
6X-RAY DIFFRACTION2A548 - 566
7X-RAY DIFFRACTION3A311 - 547
8X-RAY DIFFRACTION3A567 - 682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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