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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2waf | ||||||
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タイトル | PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B (PBP-2B) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (STRAIN R6) | ||||||
要素 | PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2B | ||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS (ペプチドグリカン) / PENICILLIN-BINDING PROTEIN (ペニシリン結合タンパク質) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) / CELL SHAPE / PEPTIDOGLYCAN (ペプチドグリカン) / CELL MEMBRANE (細胞膜) / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / MEMBRANE (生体膜) / INFECTION (感染) / RESISTANCE / ANTIBIOTIC (抗生物質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å | ||||||
データ登録者 | Contreras-Martel, C. / Dahout-Gonzalez, C. / Dos-Santos-Martins, A. / Kotnik, M. / Dessen, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Pbp Active Site Flexibility as the Key Mechanism for Beta-Lactam Resistance in Pneumococci 著者: Contreras-Martel, C. / Dahout-Gonzalez, C. / Dos-Santos-Martins, A. / Kotnik, M. / Dessen, A. #1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004 タイトル: Biochemical Characterization of Streptococcus Pneumoniae Penicillin-Binding Protein 2B and its Implication in Beta-Lactam Resistance 著者: Pagliero, E. / Chesnel, L. / Hopkins, J. / Croize, J. / Dideberg, O. / Vernet, T. / Di-Guilmi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2waf.cif.gz | 130.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2waf.ent.gz | 100.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2waf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2waf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2waf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74210.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 株: R6 参照: UniProt: P0A3M6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.65 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 1.4M (NH4)2SO4, pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9312 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9312 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.29→47.25 Å / Num. obs: 14291 / % possible obs: 82.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 69.16 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.29→3.49 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 54.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WAD 解像度: 3.29→47.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 78.151 / SU ML: 0.532 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.538 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 91.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.29→47.25 Å
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拘束条件 |
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