PDB-5v3a: Novel Structural Insights into GDP-Mediated Regulation of Acyl-Co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v3a

タイトル

Novel Structural Insights into GDP-Mediated Regulation of Acyl-CoA Thioesterases

要素

Acyl-CoA hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Thioesterase / Nisseria meningitidis / 4HBT / Acyl-CoA thioesterase / Coenzyme A / GDP

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / acyl-CoA metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Forwood, J.K.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into GDP-mediated regulation of a bacterial acyl-CoA thioesterase.
著者: Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Cowieson, N. / Sarker, S. / Aragao, D. / Das, S. / Smith, K.M. / Raidal, S.R. / Forwood, J.K.

履歴

登録	2017年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v3a.cif.gz	155.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v3a.ent.gz	122.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v3a_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v3a_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	5v3a_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	5v3a_validation.cif.gz	49.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5szuC 5szvC 5szyC 5szzC 5t02C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ien-2 4ien-1 5szz-2 5szy-1 3sx2-1 1dzw-1 5ois-d 1jlr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA hydrolase

B: Acyl-CoA hydrolase

C: Acyl-CoA hydrolase

D: Acyl-CoA hydrolase

ヘテロ分子

77.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-CoA hydrolase

B: Acyl-CoA hydrolase

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA hydrolase

B: Acyl-CoA hydrolase

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA hydrolase

B: Acyl-CoA hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
117 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Acyl-CoA hydrolase

D: Acyl-CoA hydrolase

ヘテロ分子

C: Acyl-CoA hydrolase

D: Acyl-CoA hydrolase

ヘテロ分子

C: Acyl-CoA hydrolase

D: Acyl-CoA hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.470, 152.470, 152.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-392- HOH
2	1	C-429- HOH

#1: タンパク質	Acyl-CoA hydrolase / Acyl-CoA thioesterase 分子量: 18275.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: A6L27_07605, ERS514410_00397, ERS514534_01643, ERS514708_01580, ERS514851_00814 プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0Y5D4F5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.54 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris pH8.5, 2M ammonium Phosphate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月24日
放射	モノクロメーター: silicon double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→38.1 Å / Num. obs: 79600 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 43 % / R_merge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 42 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 7831 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→36.979 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2041	4009	5.04 %
R_work	0.1809	-	-
obs	0.1821	79577	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→36.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4840	0	304	556	5700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5248
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.209	7140
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.346	1924
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	792
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	876

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0001-2.0237	0.2861	139	0.24	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0237-2.0483	0.2783	116	0.2335	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0483-2.0743	0.2567	162	0.2356	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0743-2.1016	0.2646	144	0.2183	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1016-2.1303	0.2258	149	0.2129	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1303-2.1608	0.2303	137	0.2074	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1608-2.193	0.2236	138	0.2029	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.193-2.2273	0.2418	113	0.1981	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2273-2.2638	0.2018	128	0.1916	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2638-2.3028	0.187	134	0.1884	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3028-2.3447	0.2023	136	0.1869	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3447-2.3898	0.2504	143	0.1938	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3898-2.4386	0.2401	159	0.1941	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4386-2.4916	0.2129	134	0.1896	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4916-2.5495	0.2035	131	0.181	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5495-2.6133	0.22	133	0.1843	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6133-2.6839	0.2368	150	0.1927	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6839-2.7628	0.2033	133	0.1817	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7628-2.852	0.2258	136	0.1877	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.852-2.9539	0.2473	125	0.1798	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9539-3.0721	0.2113	151	0.1753	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0721-3.2118	0.1815	162	0.18	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2118-3.3811	0.2113	133	0.1694	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3811-3.5927	0.1978	125	0.1687	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5927-3.8699	0.1731	111	0.1629	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8699-4.2588	0.1698	142	0.1568	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2588-4.8739	0.1483	133	0.1481	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8739-6.136	0.2012	153	0.183	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
6.136-36.9857	0.1939	159	0.189	2726	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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