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万見
- PDB-5szz: Novel Structural Insights into GDP-Mediated Regulation of Acyl-Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5szz
タイトルNovel Structural Insights into GDP-Mediated Regulation of Acyl-CoA Thioesterases
要素Acyl-CoA hydrolase
キーワードHYDROLASE / Thioesterase / Nisseria meningitidis / 4HBT / Acyl-CoA thioesterase / Coenzyme A / GDP
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / acyl-CoA metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain / Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain profile. / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Acyl-CoA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into GDP-mediated regulation of a bacterial acyl-CoA thioesterase.
著者: Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Cowieson, N. / Sarker, S. / Aragao, D. / Das, S. / Smith, K.M. / Raidal, S.R. / Forwood, J.K.
履歴
登録2016年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年12月27日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: citation / database_PDB_caveat
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA hydrolase
D: Acyl-CoA hydrolase
C: Acyl-CoA hydrolase
B: Acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,03516
ポリマ－72,0504
非ポリマー4,98512
水6,918384
1
A: Acyl-CoA hydrolase
B: Acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子

A: Acyl-CoA hydrolase
B: Acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子

A: Acyl-CoA hydrolase
B: Acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,55324
ポリマ－108,0766
非ポリマー7,47718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area31140 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area33490 Å2
手法PISA
2
D: Acyl-CoA hydrolase
C: Acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子

D: Acyl-CoA hydrolase
C: Acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子

D: Acyl-CoA hydrolase
C: Acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,55324
ポリマ－108,0766
非ポリマー7,47718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area31420 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area32930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.620, 152.620, 152.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質
Acyl-CoA hydrolase


分子量: 18012.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: ERS514298_01532, ERS514410_00397, ERS514534_01643, ERS514708_01580, ERS514851_00814
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
参照: UniProt: A0A0Y5D4F5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.09 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.5 and 2 M ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→34.12 Å / Num. obs: 52676 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.013 / Net I/σ(I): 40.43
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 14.06 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IEN

4ien


解像度: 2.3→34.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21238 2627 5 %RANDOM
Rwork0.18971 ---
obs0.19085 50049 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→34.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4668 0 308 384 5360
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 205 -
Rwork0.21 3630 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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