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Yorodumi- PDB-5w3x: Crystal structure of PopP2 in complex with IP6, AcCoA and the WRK... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w3x | ||||||
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Title | Crystal structure of PopP2 in complex with IP6, AcCoA and the WRKY domain of RRS1-R . | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / PopP2 / IP6 / YopJ effector / WRKY / RRS-R | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity / ADP binding / defense response / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signal transduction / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ralstonia solanacearum (bacteria) Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Zhang, Z.M. / Gao, L. / Song, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Plants / Year: 2017 Title: Mechanism of host substrate acetylation by a YopJ family effector. Authors: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Gao, L. / Hu, Z. / Schwizer, S. / Ma, W. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w3x.cif.gz | 342.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w3x.ent.gz | 276.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w3x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3x | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5w3tSC 5w3yC 5w40C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 38701.660 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ralstonia solanacearum (bacteria) / Gene: popp, RUN1985_v1_1190012 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0S4VB05 #2: Protein | Mass: 9294.553 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: RRS1, RCH2, RRS1-R, WRKY52 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C4B7M5 |
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-Non-polymers , 5 types, 516 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.53 Å3/Da / Density % sol: 65.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 25 mM Tris-HCl (pH 7.5), 250 mM NaCl, 50 mM Arg/Glu, 5% glycerol and 2 mM IP6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.91→82.81 Å / Num. obs: 80778 / % possible obs: 91.8 % / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.91→1.94 Å / Redundancy: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 1.641 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 90528 / % possible all: 63.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5W3T Resolution: 2→82.809 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 25.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→82.809 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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