+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w3t | ||||||
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Title | Crystal structure of PopP2 in complex with IP6 | ||||||
Components | PopP2 protein | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / YopJ effector / PopP2 / IP6 | ||||||
Function / homology | Serine/Threonine acetyltransferase, YopJ / YopJ Serine/Threonine acetyltransferase / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / PopP2 protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Ralstonia solanacearum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Song, J. / Zhang, Z.M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Plants / Year: 2017 Title: Mechanism of host substrate acetylation by a YopJ family effector. Authors: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Gao, L. / Hu, Z. / Schwizer, S. / Ma, W. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w3t.cif.gz | 524.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w3t.ent.gz | 434.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w3t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38698.660 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ralstonia solanacearum (bacteria) / Gene: popp, RUN1985_v1_1190012 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0S4VB05 #2: Chemical | ChemComp-IHP / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 20% (v/v) PEG4000 and 10% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9774 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.06→66.87 Å / Num. obs: 75480 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.06→2.1 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 1.159 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 94.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.15→66.349 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 26.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→66.349 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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