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- PDB-5w40: Crystal structure of PopP2 F318S in complex with IP6 and AcCoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w40
タイトルCrystal structure of PopP2 F318S in complex with IP6 and AcCoA
要素PopP2 protein
キーワードTRANSCRIPTION / PopP2 / IP6 / AcCoA / Acetyltransferase / YopJ / effector
機能・相同性Serine/Threonine acetyltransferase, YopJ / YopJ Serine/Threonine acetyltransferase / acyltransferase activity / COENZYME A / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / PopP2 protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Zhang, Z.M. / Gao, L. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: Mechanism of host substrate acetylation by a YopJ family effector.
著者: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Gao, L. / Hu, Z. / Schwizer, S. / Ma, W. / Song, J.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PopP2 protein
B: PopP2 protein
C: PopP2 protein
D: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,43312
ポリマ－154,7224
非ポリマー5,7108
水3,783210
1
A: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1083
ポリマ－38,6811
非ポリマー1,4282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1083
ポリマ－38,6811
非ポリマー1,4282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1083
ポリマ－38,6811
非ポリマー1,4282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1083
ポリマ－38,6811
非ポリマー1,4282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.777, 78.645, 79.849
Angle α, β, γ (deg.)103.00, 112.43, 111.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
PopP2 protein


分子量: 38680.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: popp, RUN1985_v1_1190012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4VB05
#2: 化合物
ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 mM imidazole (pH 8.0), 30% (v/v) PEG8000, 200 mM NaCl and 4% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 50251 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5w3y

5w3y


解像度: 2.53→39.26 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 1923 3.98 %
Rwork0.1878 --
obs0.1897 48342 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→39.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9981 0 296 210 10487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11714210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8053798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061844
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.53-2.59330.31091290.26363310X-RAY DIFFRACTION98
2.5933-2.66340.3071390.24833292X-RAY DIFFRACTION98
2.6634-2.74170.29531300.25083290X-RAY DIFFRACTION98
2.7417-2.83020.29491400.24333281X-RAY DIFFRACTION98
2.8302-2.93130.29951300.23583303X-RAY DIFFRACTION98
2.9313-3.04870.29551480.23573291X-RAY DIFFRACTION99
3.0487-3.18740.27931460.21913315X-RAY DIFFRACTION99
3.1874-3.35530.25561280.20653352X-RAY DIFFRACTION99
3.3553-3.56540.22821410.1953293X-RAY DIFFRACTION99
3.5654-3.84050.22391400.17343357X-RAY DIFFRACTION99
3.8405-4.22650.22161330.1553310X-RAY DIFFRACTION99
4.2265-4.83720.1881420.14743335X-RAY DIFFRACTION99
4.8372-6.09070.22361400.17473340X-RAY DIFFRACTION99
6.0907-39.26470.18781370.16213350X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1871.46910.05682.72340.2691.62750.13630.1792-0.12630.29130.0718-0.4187-0.33520.0481-0.18320.4131-0.0023-0.08390.3881-0.01260.2662-31.0921-22.8891-23.5227
24.21730.43370.15471.99820.47221.84480.1475-1.0370.55270.6944-0.0660.1766-0.5218-0.2889-0.10720.72990.08110.11070.5979-0.09020.394-49.827-17.9345-10.7533
33.15040.04260.38162.66530.40322.72310.0444-0.46350.52610.4419-0.07950.4783-0.7497-0.9966-0.12770.70590.25530.19620.86130.00150.701-64.9346-15.115-14.165
45.77010.3681.84562.15040.13712.5277-0.029-1.09120.70350.75120.26130.545-0.2748-0.6497-0.13510.3380.09110.03280.50340.07830.4007-60.4046-29.2148-25.5545
52.87550.68981.30441.10281.23512.27530.27770.1296-0.2199-0.0747-0.01370.2573-0.0135-0.1241-0.21090.23490.03740.01050.38690.04620.331-53.0036-32.0538-32.2776
64.09982.37231.2462.30580.11762.7736-0.0917-0.22680.09720.0266-0.08890.073-0.26120.10920.08850.27270.0661-0.02210.3308-0.01590.3044-36.6167-24.9725-22.0089
72.2279-2.20121.42413.2244-1.95692.9340.11970.44730.3184-0.336-0.3216-0.35090.12740.39050.16650.3666-0.02830.040.3878-0.01670.3087-57.74390.3635-65.0389
82.7827-0.8085-0.76212.9733-0.51293.17830.0128-0.12860.4420.27590.1388-0.1105-0.5374-0.1846-0.16530.37650.0702-0.02030.2896-0.05450.3294-69.82198.2485-47.8639
94.4081-1.1253-0.86672.68920.2343.36970.0037-0.45090.5240.30920.2408-0.2636-0.5221-0.164-0.17360.3970.046-0.06940.3734-0.08930.3669-66.47885.5978-38.8326
102.3873-1.4346-0.8171.9348-0.21511.4042-0.1211-0.3906-0.07450.27360.21890.0834-0.0177-0.1958-0.07780.34040.0255-0.05220.41620.01740.2449-72.2899-5.191-39.2167
116.58570.76290.7952.7737-0.53712.49340.1773-0.1379-0.2275-0.2553-0.0643-0.1261-0.0646-0.2321-0.05270.30420.0928-0.0250.2530.01850.2979-58.7423-16.4095-45.3428
122.6999-0.62582.06663.0175-2.91254.5372-0.04320.06660.1144-0.31110.143-0.1062-0.0399-0.0548-0.05330.31990.01210.06830.2968-0.04980.2471-60.0143-0.8794-61.2389
134.26262.9453-0.46985.0663-0.52591.8471-0.530.5487-0.1382-0.98520.64020.00710.295-0.3492-0.11390.504-0.0586-0.04520.3854-0.00670.3403-90.6279-43.2891-68.6089
146.2021-1.13680.91794.7294-0.53976.6565-0.02560.11630.9691-0.1735-0.16210.3524-0.4313-0.98590.27220.40450.0245-0.10160.50270.01650.4836-104.0422-33.4329-59.1568
152.9880.6231-0.91741.97540.67643.68310.0381-0.05350.3404-0.0101-0.07270.319-0.2878-0.70720.0830.30730.0575-0.06290.3915-0.04660.3802-98.7656-28.224-46.6567
163.5305-0.2305-1.34790.1343-0.10293.5246-0.064-0.40480.08690.236-0.1161-0.2245-0.0917-0.24570.21670.33820.0283-0.14590.3461-0.07610.4271-83.8018-24.5988-46.5995
174.8670.25211.97942.20420.09183.22030.5421-0.0951-0.3395-0.0401-0.4567-0.35590.23710.1693-0.09330.33760.0254-0.030.31840.07930.3454-74.8508-32.4602-43.9243
183.72430.5353-0.98135.711-2.82456.5710.0220.31040.1182-0.5546-0.1201-0.3515-0.14260.28320.04090.3625-0.06880.01240.2923-0.04020.4636-76.4925-24.0445-62.913
191.76972.3868-0.13086.49770.76892.0143-0.16080.0643-0.2824-0.24810.23960.05540.1342-0.1825-0.09130.3672-0.0579-0.01950.3287-0.01820.2942-93.206-45.415-64.4705
204.5091-1.8845.02283.5332-3.33498.77130.74450.0278-0.2579-0.1977-0.4424-0.15511.07540.7357-0.30450.49860.0006-0.0150.39330.02030.3831-58.3831-69.8729-25.2577
211.368-1.75620.94272.1556-0.79078.59490.07030.0065-0.0784-0.1581-0.28990.33910.3809-0.44380.28980.4827-0.06570.02430.40630.03210.4047-70.4529-63.5406-29.813
222.2767-0.8453-0.14322.4682-0.22471.23620.2531-0.53960.23671.06180.05820.9727-0.0078-0.3923-0.16030.8793-0.11140.45150.7355-0.02060.724-81.235-54.4717-16.9279
234.7213-0.97710.06911.6896-1.31061.8803-0.1598-1.06390.87471.2965-0.15940.5769-0.5249-0.02160.37340.9196-0.03660.24820.552-0.17160.6577-74.9276-42.553-16.6862
242.063-1.4836-0.35741.08120.160.82960.6665-0.25471.38460.8376-0.29850.8266-0.74-0.7603-0.29330.7780.09730.4710.6964-0.15281.0923-85.2742-37.6482-20.6773
251.11.66681.21845.7449-0.73284.5067-0.5257-0.30780.25640.41020.31230.7556-0.3306-0.24510.25960.31430.02570.07270.37490.04640.5912-71.9757-39.6868-34.0012
261.9525-0.25571.56284.8721-2.41332.57770.17770.183-0.02760.3815-0.1770.1250.08850.168-0.07150.34240.0550.08410.32880.00040.291-67.8812-59.6391-30.5837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 146 through 178 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 179 through 208 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 209 through 322 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 323 through 351 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 352 through 378 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 379 through 412 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 413 through 487 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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