+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w40 | ||||||
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Title | Crystal structure of PopP2 F318S in complex with IP6 and AcCoA | ||||||
Components | PopP2 protein | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / PopP2 / IP6 / AcCoA / Acetyltransferase / YopJ / effector | ||||||
Function / homology | Serine/Threonine acetyltransferase, YopJ / YopJ Serine/Threonine acetyltransferase / acyltransferase activity / COENZYME A / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / PopP2 protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Ralstonia solanacearum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.53 Å | ||||||
Authors | Zhang, Z.M. / Gao, L. / Song, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Plants / Year: 2017 Title: Mechanism of host substrate acetylation by a YopJ family effector. Authors: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Gao, L. / Hu, Z. / Schwizer, S. / Ma, W. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w40.cif.gz | 525.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w40.ent.gz | 435.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w40.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5w40_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5w40_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | |
Data in XML | 5w40_validation.xml.gz | 54 KB | Display | |
Data in CIF | 5w40_validation.cif.gz | 71 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w40 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5w3tC 5w3xC 5w3ySC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38680.602 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ralstonia solanacearum (bacteria) / Gene: popp, RUN1985_v1_1190012 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0S4VB05 #2: Chemical | ChemComp-IHP / #3: Chemical | ChemComp-COA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 mM imidazole (pH 8.0), 30% (v/v) PEG8000, 200 mM NaCl and 4% (v/v) isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.9774 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 31, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 50251 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5w3y Resolution: 2.53→39.26 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 26.05
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.53→39.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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