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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w40 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PopP2 F318S in complex with IP6 and AcCoA | ||||||
要素 | PopP2 protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PopP2 / IP6 / AcCoA (アセチルCoA) / Acetyltransferase / YopJ / effector | ||||||
機能・相同性 | Serine/Threonine acetyltransferase, YopJ / YopJ Serine/Threonine acetyltransferase / 補酵素A / フィチン酸 / PopP2 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ralstonia solanacearum (青枯病菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z.M. / Gao, L. / Song, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017 タイトル: Mechanism of host substrate acetylation by a YopJ family effector. 著者: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Gao, L. / Hu, Z. / Schwizer, S. / Ma, W. / Song, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w40.cif.gz | 525.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w40.ent.gz | 435.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w40.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w40 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38680.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (青枯病菌) 遺伝子: popp, RUN1985_v1_1190012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4VB05 #2: 化合物 | ChemComp-IHP / #3: 化合物 | ChemComp-COA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 mM imidazole (pH 8.0), 30% (v/v) PEG8000, 200 mM NaCl and 4% (v/v) isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 50251 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5w3y 解像度: 2.53→39.26 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.05
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.53→39.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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