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- PDB-5ec6: The apo crystal structure of haemoglobin receptor HpuA from Kinge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ec6
タイトルThe apo crystal structure of haemoglobin receptor HpuA from Kingella denitrificans
要素HpuA
キーワードMETAL TRANSPORT / Outer membrane / lipoprotein / receptor / beta barrel
機能・相同性Haemoglobin-haptoglobin utilisation, porphyrin transporter / Haemoglobin-haptoglobin utilisation, porphyrin transporter / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / cell outer membrane / Transferrin-binding protein B C-lobe/N-lobe beta barrel domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Kingella denitrificans ATCC 33394 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wong, C.T. / Garnett, J.A. / Hare, S.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100332 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of haemoglobin binding by HpuA from the Neisseriaceae family.
著者: Wong, C.T. / Xu, Y. / Gupta, A. / Garnett, J.A. / Matthews, S.J. / Hare, S.A.
履歴
登録2015年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 2.02017年9月13日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.42024年10月23日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HpuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3053
ポリマ－34,1211
非ポリマー1842
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.470, 102.470, 77.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 HpuA


分子量: 34120.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kingella denitrificans ATCC 33394 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF9098_0447 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F0EX68
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 100 mM imidazole, 150 mM lithium sulfate, 6% Peg 3000

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0411.008
シンクロトロンDiamond I0421.605
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2014年8月2日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2014年8月2日Cobalt SAD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0081
21.6051
Reflection冗長度: 18.8 % / 数: 588372 / Rsym value: 0.14 / D res high: 1.944 Å / D res low: 73.115 Å / Num. obs: 31296 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.1528.6810.0670.06718.8
4.356.1510.0770.07718.8
3.554.3510.0960.09620.2
3.073.5510.1020.10219.4
2.753.0710.1330.13319
2.512.7510.1810.18118.6
2.322.5110.2680.26818.6
2.172.3210.3420.34218.9
2.052.1710.4370.43718.7
1.942.0510.6710.67117.9
反射解像度: 1.6→72.457 Å / Num. all: 54716 / Num. obs: 54716 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.107 / Rsym value: 0.102 / Net I/av σ(I): 4.179 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 622672
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.6911.40.8532.88980578720.2620.8532.8100
1.69-1.7911.20.5291.48321474470.1650.5294.1100
1.79-1.9111.30.3112.47918970160.0960.3116.6100
1.91-2.0711.30.1893.87449465700.0580.18910.2100
2.07-2.2611.30.13956848860470.0430.13913.7100
2.26-2.5311.70.1175.86456454980.0360.11716.4100
2.53-2.9211.60.0926.95669948880.0280.09220.2100
2.92-3.5811.70.0856.94864341720.0260.08525.6100
3.58-5.0611.30.0777.93700032850.0240.07728.4100
5.06-26.41810.70.0588.52057619210.0190.05825.999.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
autoSHARP位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→72.457 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.43 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 2686 4.9 %RANDOM
Rwork0.1706 ---
obs0.1719 51939 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.03 Å2 / Biso mean: 25.184 Å2 / Biso min: 13.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→72.457 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 12 325 2566
Biso mean--48.52 34.14 -
残基数----302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.9613191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81134992
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9472.2981227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9392.2951226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0143.4321536
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 212 -
Rwork0.266 3771 -
all-3983 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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