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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gy5 | |||||||||
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タイトル | D92N,D94N double point mutant of human Nuclear Transport Factor 2 (NTF2) | |||||||||
要素 | NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 | |||||||||
キーワード | NUCLEAR TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 small GTPase binding => GO:0031267 / negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / nuclear pore central transport channel / structural constituent of nuclear pore / nuclear outer membrane / nuclear inner membrane / nucleocytoplasmic transport / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport ...small GTPase binding => GO:0031267 / negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / nuclear pore central transport channel / structural constituent of nuclear pore / nuclear outer membrane / nuclear inner membrane / nucleocytoplasmic transport / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport / protein export from nucleus / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / nuclear membrane / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Bayliss, R. / Stewart, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: Structural Basis for the Interaction between Ntf2 and Nucleoporin Fxfg Repeats 著者: Bayliss, R. / Leung, S. / Baker, R. / Quimby, B. / Corbett, A. / Stewart, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gy5.cif.gz | 59.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gy5.ent.gz | 44.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gy5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gy5_validation.pdf.gz | 370.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gy5_full_validation.pdf.gz | 377 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gy5_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gy5_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/1gy5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/1gy5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14489.456 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13662, UniProt: P61970*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.93 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→18.1 Å / Num. obs: 7519 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 18416 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.43 Å / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: FIRST USED REFMAC, THEN CNS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→18 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 18 Å / Rfactor obs: 0.222 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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