+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bxq | |||||||||
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Title | Structure of the NTF2:RanGDP complex | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Nuclear transport / RanGDP / NTF2 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / RISC complex binding / pre-miRNA binding / nuclear pore central transport channel / nuclear export signal receptor activity / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear outer membrane ...negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / RISC complex binding / pre-miRNA binding / nuclear pore central transport channel / nuclear export signal receptor activity / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear outer membrane / RISC complex / GTP metabolic process / nuclear inner membrane / nuclear import signal receptor activity / ribosomal subunit export from nucleus / mitotic sister chromatid segregation / mRNA transport / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / melanosome / nuclear envelope / nuclear membrane / cell division / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Canis familiaris (dog) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Stewart, M. | |||||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 1998 Title: Structural basis for molecular recognition between nuclear transport factor 2 (NTF2) and the GDP-bound form of the Ras-family GTPase Ran. Authors: Stewart, M. / Kent, H.M. / McCoy, A.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bxq.cif.gz | 349.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bxq.ent.gz | 297.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bxq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/5bxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/5bxq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 14491.425 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Nutf2, Ntf2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P61972 #2: Protein | Mass: 24456.105 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Canis familiaris (dog) / Gene: RAN / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P62825 |
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-Non-polymers , 4 types, 350 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Li2SO4, 50 mM Na Citrate pH5.6, 15% PEG4000 / PH range: 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SRS / Beamline: PX9.6 / Wavelength: 0.88 Å |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 15, 1996 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.88 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→100 Å / Num. obs: 35633 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 33.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→24.946 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→24.946 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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