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- PDB-1fjs: CRYSTAL STRUCTURE OF THE INHIBITOR ZK-807834 (CI-1031) COMPLEXED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fjs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE INHIBITOR ZK-807834 (CI-1031) COMPLEXED WITH FACTOR XA
要素(COAGULATION FACTOR ...) x 2
キーワードBLOOD CLOTTING / Protein Inhibitor Complex / Coagulation Cofactor / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z34 / Coagulation factor X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT REPLACEMENT / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Adler, M. / Whitlow, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Preparation, characterization, and the crystal structure of the inhibitor ZK-807834 (CI-1031) complexed with factor Xa.
著者: Adler, M. / Davey, D.D. / Phillips, G.B. / Kim, S.H. / Jancarik, J. / Rumennik, G. / Light, D.R. / Whitlow, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Structural basis for chemical inhibition of human blood coagulation factor Xa
著者: Kamata, K. / Kawamoto, H. / Honma, T. / Iwama, T. / Kim, S.-H.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: X-ray structure of active site-inhibited clotting factor Xa. Implications for drug design and substrate recognition
著者: Brandstetter, H. / Kuhne, A. / Bode, W. / Huber, R. / von der Saal, W. / Wirthensohn, K. / Engh, R.A.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallographic analysis of potent and selective factor Xa inhibitors complexed to bovine trypsin
著者: Whitlow, M. / Arnaiz, D.O. / Buckman, B.O. / al., et
#4: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1998
タイトル: Discovery of N-[2-[5-[Amino(imino)methyl]-2-hydroxyphenoxy]-3, 5-difluoro-6-[3-(4, 5-dihydro-1-methyl-1H-imidazol-2-yl)phenoxy]pyridin-4-yl]-N-methylgl y cine (ZK-807834): a potent, ...タイトル: Discovery of N-[2-[5-[Amino(imino)methyl]-2-hydroxyphenoxy]-3, 5-difluoro-6-[3-(4, 5-dihydro-1-methyl-1H-imidazol-2-yl)phenoxy]pyridin-4-yl]-N-methylgl y cine (ZK-807834): a potent, selective, and orally active inhibitor of the blood coagulation enzyme factor Xa
著者: Phillips, G.B. / Buckman, B.O. / Davey, D.D. / al., et
#5: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: Design, synthesis, and activity of 2,6-diphenoxypyridine-derived factor Xa inhibitors
著者: Phillips, G.B. / Davey, D.D. / Eagen, K.A. / al., et
履歴
登録2000年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULATION FACTOR XA
L: COAGULATION FACTOR XA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,19111
ポリマ－32,0362
非ポリマー1,1559
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.77, 71.96, 80.23
Angle α, β, γ (deg.)90., 90., 90.
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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COAGULATION FACTOR ... , 2種, 2分子 AL

#1: タンパク質 COAGULATION FACTOR XA


分子量: 26447.104 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN, CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: EXTRACTED FROM BLOOD / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#2: タンパク質 COAGULATION FACTOR XA


分子量: 5589.234 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN, EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: EXTRACTED FROM BLOOD / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa

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非ポリマー , 5種, 172分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / SYNTHETIC FACTOR XA INHIBITOR / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 断片: SYNTHETIC FACTOR XA INHIBITOR / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / 詳細: Berlex Biosciences
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-Z34 / N-[2-[5-[AMINO(IMINO)METHYL]-2-HYDROXYPHENOXY]-3,5-DIFLUORO-6-[3-(4,5-DIHYDRO-1-METHYL-1H-IMIDAZOL-2-YL)PHENOXY]PYRIDIN-4-YL]-N-METHYLGLYCINE / ZK-807834


分子量: 526.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24F2N6O5
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
解説: 1XKA STRUCTURE WAS SUPERIMPOSED ON 1FAX THEN USED FOR DIRECT REPLACEMENT
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: Drop; 2 microliter, 12 mg/ml Factor Xa, 50 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl + 2 microlter reservoir: Reservoir; 15-21% PEG-1500 and 10mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
312 mg/mlprotein1drop
415-21 %PEG15001reservoir
510 mM1reservoirCaCl2
1inhibitor1drop3-fold excess
21dropHCl1 equiv

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.033
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→26.1 Å / Num. all: 104166 / Num. obs: 29450 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rsym value: 0.0557 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.82→1.93 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique all: 4727 / Rsym value: 0.379 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.92 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Num. measured all: 104166 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.92 Å / 最低解像度: 2.04 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT REPLACEMENT
開始モデル: 1XKA

1xka


解像度: 1.92→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
詳細: Final refinement had a 400 to 300 degree simulated annealing, followed by a powell minimization, B factor optimization and a final powell minimization.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 891 4 %random
Rwork0.196 ---
all-24059 --
obs-22885 91.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.136 Å20 Å20 Å2
2--4.32 Å20 Å2
3----4.457 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2236 0 76 163 2475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.976
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.777
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 1.92→2.01 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 109 4.5 %
Rwork0.257 2323 -
obs--79.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO,PARAM11.WAT / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.777
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.268 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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