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万見
- PDB-1ed0: NMR structural determination of viscotoxin A3 from Viscum album L. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ed0
タイトルNMR structural determination of viscotoxin A3 from Viscum album L.
要素VISCOTOXIN A3
キーワードTOXIN / THIONIN / CONCENTRIC MOTIF / HELIX-TURN-HELIX / ALPHA-BETA PROTEIN / AMPHIPATHIC HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Viscum album (ヤドリギ)
手法溶液NMR / RESTRAINED SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE, ITERATIVE RESTRAINTS REFINEMENT, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS IN CARTESIAN COORDINATE SPACE MINIMIZATION
データ登録者Romagnoli, S. / Ugolini, R. / Fogolari, F. / Schaller, G. / Urech, K. / Giannattasio, M. / Ragona, L. / Molinari, H.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2000
タイトル: NMR structural determination of viscotoxin A3 from Viscum album L.
著者: Romagnoli, S. / Ugolini, R. / Fogolari, F. / Schaller, G. / Urech, K. / Giannattasio, M. / Ragona, L. / Molinari, H.
履歴
登録2000年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VISCOTOXIN A3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8431
ポリマ－4,8431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 600target function
代表モデルモデル #8lowest average rmsd with other structures in the ensemble

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VISCOTOXIN A3


分子量: 4842.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viscum album (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P01538
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
1422D NOESY
152DQF-COSY
162TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM Viscotoxin A3 1H; 50mM H3PO4/NaOH aqueous buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22mM Viscotoxin A3 1H; 50mM H3PO4/NaOH aqueous buffer; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM / pH: 3.6 / 圧: ambient / 温度: 285 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.4Guentert, Wuethrich構造決定
Discover98MSI精密化
XwinNMR1.2Bruker Spectrospincollection
XEASY1.2Eccles, Xia, Bartels, Guentert, Billeter, Wuethrichデータ解析
精密化手法: RESTRAINED SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE, ITERATIVE RESTRAINTS REFINEMENT, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS IN CARTESIAN COORDINATE SPACE MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: 1010 distance restraints were calculated reduced to 734 (230 intraresidue, 172 sequential, 191 medium range, 141 long range) after removal of irrelevant restraints. Calculation started with ...詳細: 1010 distance restraints were calculated reduced to 734 (230 intraresidue, 172 sequential, 191 medium range, 141 long range) after removal of irrelevant restraints. Calculation started with 200 randomized conformers and consistently violated restraints were checked and relaxed where necessary. This procedure was repeated until no consistent violations were found in half or more of the structures. 600 new calculations were started and the 20 structures with lowest target function were analyzed. The structure with lowest target function and the structure exhibiting the largest RMSD with it were subjected to restrained molecular dynamics (20 cycles of 15 ps restrained molecular dynamics followed by minimization). All even structures from the last 10 minimized structures were retained from both sets and deposited.
代表構造選択基準: lowest average rmsd with other structures in the ensemble
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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