PDB-1yv8: Solution structure of crambin in acetone/water mixed solvent

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yv8

タイトル

Solution structure of crambin in acetone/water mixed solvent

要素

Crambin

キーワード

PLANT PROTEIN / crambin / mixed organic/aqueous solvent

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Crambe hispanica (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Ahn, H.-C. / Markley, J.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Water-Insoluble Protein Crambin in Dodecylphosphocholine Micelles and Its Minimal Solvent-Exposed Surface
著者: Ahn, H.-C. / Juranic, N. / Macura, S. / Markley, J.L.

履歴

登録	2005年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yv8.cif.gz	252.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yv8.ent.gz	210.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yv8_validation.pdf.gz	339.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yv8_full_validation.pdf.gz	466.4 KB	表示
XML形式データ	1yv8_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	1yv8_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yv8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yvaC 2eyaC 2eybC 2eycC 2eydC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1crn-d 2eya-d 3szs-3 3u7t-d 1ed0-d 3trv-1 1yrf-d 2fd9-d 1ejg-d 1ab1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6455

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Crambin

4.74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Crambin 分子量: 4738.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crambe hispanica (植物) / 株: subsp. abyssinica / 遺伝子: THI2 / プラスミド: pET3a/SN_crambin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01542
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM crambin U-15N,13C, 75% acetone, 15% H2O, 10% D2O 溶媒系: 75% acetone, 15% H2O, 10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Xplor-NIH	2.9.3	Schwieters	構造決定
Xplor-NIH	2.9.3	Schwieters	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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