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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e6k | ||||||
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タイトル | Two-component signal transduction system D12A mutant of CheY | ||||||
要素 | Chemotaxis protein CheY | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / TWO-COMPONENT SIGNAL TRANSDUCTION SYSTEM / CHEMOTAXIS / ACTIVE SITE MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / histidine phosphotransfer kinase activity / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / histidine phosphotransfer kinase activity / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / acetyltransferase activity / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sola, M. / Lopez-Hernandez, E. / Cronet, P. / Lacroix, E. / Serrano, L. / Coll, M. / Parraga, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Towards understanding a molecular switch mechanism: thermodynamic and crystallographic studies of the signal transduction protein CheY. 著者: Sola, M. / Lopez-Hernandez, E. / Cronet, P. / Lacroix, E. / Serrano, L. / Coll, M. / Parraga, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e6k.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e6k.ent.gz | 25.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e6k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1e6k_validation.pdf.gz | 363.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1e6k_full_validation.pdf.gz | 365.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1e6k_validation.xml.gz | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1e6k_validation.cif.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/1e6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/1e6k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14241.516 Da / 分子数: 1 / 変異: D12A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cheY, b1882, JW1871 / プラスミド: VECTOR DERIVED FROM PTZ 18 U / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0AE67 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | CHAIN A ENGINEERED MUTATION ASP12ALA TRANSMISSION OF SENSORY SIGNALS FROM THE CHEMORECEPTORS TO THE ...CHAIN A ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 29441 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.064 |
反射 | *PLUS Num. obs: 7957 / Num. measured all: 29441 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 85.3 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |