[日本語] English
万見
- PDB-1dz9: Putative oxo complex of P450cam from Pseudomonas putida -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dz9
タイトルPutative oxo complex of P450cam from Pseudomonas putida
要素CYTOCHROME P450-CAM
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE / HEME / REACTION INTERMEDIATE
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CAMPHOR / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / OXYGEN ATOM / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schlichting, I. / Berendzen, J. / Chu, K. / Stock, A.M. / Maves, S.A. / Benson, D.E. / Sweet, R.M. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Sligar, S.G.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The Catalytic Pathway of Cytochrome P450Cam at Atomic Resolution
著者: Schlichting, I. / Berendzen, J. / Chu, K. / Stock, A.M. / Maves, S.A. / Benson, D.E. / Sweet, R.M. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Sligar, S.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Understanding the Role of the Essential Asp251 in Cytochrome P450Cam Using Site-Directed Mcrystallography, and Kinetic Solvent Isotope Effectutagenesis, N
著者: Vidakovic, M. / Sligar, S.G. / Li, H. / Poulos, T.L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Cytochrome P450Cam
著者: Poulos, T.L. / Finzel, B.C. / Howard, A.J.
履歴
登録2000年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450-CAM
B: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,96911
ポリマ－93,1762
非ポリマー1,7939
水12,773709
1
A: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5346
ポリマ－46,5881
非ポリマー9465
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4355
ポリマ－46,5881
非ポリマー8474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.900, 61.700, 94.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9735, 0.016, 0.228), (0.021, 0.9996, 0.0193), (-0.2276, 0.0236, -0.9735)
ベクター: 32.8111, -29.7222, 47.1946)
詳細BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450-CAM


分子量: 46587.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OXYGEN BOUND TO HEME IRON. HEME ATTACHED VIA CYS357 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183

-
非ポリマー , 6種, 718分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#4: 化合物 ChemComp-CAM / CAMPHOR / (+)-カンファ-


分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細N-TERMINUS IS DISORDERED THE ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO THE SIXTH LIGAND AT THE HEME IN ...N-TERMINUS IS DISORDERED THE ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO THE SIXTH LIGAND AT THE HEME IN MOLECULE B WAS NOT MODELED NOR THE WATER MOLECULES CLOSE BY.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
解説: THE CRYSTAL WAS REDUCED BY SOAKING IN NITROGENATED RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MM DITHIONATE, 40 MM NAOH UNTIL A CLEAR COLOUR CHANGE OCCURED. THE OXYGEN COMPLEX WAS PREPARED BY EXPOSING ...解説: THE CRYSTAL WAS REDUCED BY SOAKING IN NITROGENATED RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MM DITHIONATE, 40 MM NAOH UNTIL A CLEAR COLOUR CHANGE OCCURED. THE OXYGEN COMPLEX WAS PREPARED BY EXPOSING THE CRYSTAL FOR 3 MIN. TO 120 BAR OXYGEN AT 2 DEG. C USING A PRESSURE CELL. 20% GLYCEROL WAS USED AS CRYOPROTECTANT, THE CRYSTALS WERE FREEZE QUENCHED IN LIQUID NITROGEN. AFTER COLLECTION OF A DATASET USING 0.91 A WAVELENGTH X-RAYS, THE CRYSTAL WAS ILLUMINATED FOR 3 HOURS WITH 1.5 A WAVELENGTH X-RAYS AND A SECOND DATASET WAS COLLECTED WITH 0.91 A X-RAYS.
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING DROP GEOMETRY AT 2 DEG. C. 5 UL OF 30 MG/ML P450 IN 50 MM TRIS HCL, 250 MM KCL, 0.5 MM CAMPHOR WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING DROP GEOMETRY AT 2 DEG. C. 5 UL OF 30 MG/ML P450 IN 50 MM TRIS HCL, 250 MM KCL, 0.5 MM CAMPHOR WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION (27-30% PEG 4000, 100 MM DTE, SAME BUFFER AS PROTEIN)., pH 7.40
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1reservoirpH7.4
3250 mM1reservoirKCl
4100 mMDTE1reservoir
51 mMcamphor1reservoir
627-30 %PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 96 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.91
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39 Å / Num. obs: 66465 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 59.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59.2 % / Rmerge(I) obs: 0.333

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.9→19 Å / SU B: 4.82237 / SU ML: 0.13688 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17864 / ESU R Free: 0.17393
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 4136 6.8 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs-69362 96.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6408 0 120 709 7237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0390.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る