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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dn0 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT FROM A HUMAN IGM COLD AGGLUTININ | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / FAB / IGM / ANTIBODY / COLD AGGLUTININ / HUMAN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cauerhff, A. / Braden, B. / Carvalho, J.G. / Leoni, J. / Polikarpov, I. / Goldbaum, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of the Fab from a human IgM cold agglutinin. 著者: Cauerhff, A. / Braden, B.C. / Carvalho, J.G. / Aparicio, R. / Polikarpov, I. / Leoni, J. / Goldbaum, F.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 395.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23301.770 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 抗体 | 分子量: 25134.043 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 17%PEG 8,000, 0.1M NA HEPES., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 詳細: Cauerhff, A., (1998) Protein Pept.Lett., 5, 177. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.28 Å / Num. all: 56015 / Num. obs: 50825 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.3 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.28→100 Å / σ(F): 0 / σ(I): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.023 |