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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cw2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF BACTERIAL TRYPTOPHAN SYNTHASE WITH THE TRANSITION STATE ANALOGUE INHIBITOR 4-(2-HYDROXYPHENYLSULFINYL)-BUTYLPHOSPHONIC ACID | ||||||
要素 | (TRYPTOPHAN SYNTHASE ...) x 2 | ||||||
キーワード | LYASE / 8-FOLD ALPHA-BETA BARREL / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sachpatzidis, A. / Dealwis, C. / Lubetsky, J.B. / Liang, P.H. / Anderson, K.S. / Lolis, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystallographic studies of phosphonate-based alpha-reaction transition-state analogues complexed to tryptophan synthase. 著者: Sachpatzidis, A. / Dealwis, C. / Lubetsky, J.B. / Liang, P.H. / Anderson, K.S. / Lolis, E. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Tryptophan Synthase Alpha 2 Beta 2 Multienzyme Complex from Salmonella typhimurium 著者: Hyde, C.C. / Ahmed, S.A. / Padlan, E.A. / Miles, E.W. / Davies, D.R. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Loop Closure and Intersubunit Communication in Tryptophan Synthase 著者: Schneider, T.R. / Gerhardt, E. / Lee, M. / Liang, P.H. / Anderson, K.S. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cw2.cif.gz | 137.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cw2.ent.gz | 106.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cw2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cw2_validation.pdf.gz | 771.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cw2_full_validation.pdf.gz | 785 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cw2_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cw2_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/1cw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/1cw2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-TRYPTOPHAN SYNTHASE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42988.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase |
-非ポリマー , 4種, 187分子
#3: 化合物 | ChemComp-HSP / |
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#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 12% PEG 4000, 0.75MM SPERMINE, 50MM SODIUM BICINE, 1MM EDTA, 5MM DTT, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 0 K / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 140 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→45.7 Å / Num. all: 47428 / Num. obs: 47428 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 14.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15.37 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / % possible all: 86.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 238914 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.8 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→30 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: RESTRAINED LEAST SQUARES REFINEMENT. CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION AND SIMULATED ANNEALING PROTOCOLS IMPLEMENTED IN XPLOR.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / Rfactor Rfree: 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |