PDB-1crn: WATER STRUCTURE OF A HYDROPHOBIC PROTEIN AT ATOMIC RESOLUTION. PE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1crn

タイトル

WATER STRUCTURE OF A HYDROPHOBIC PROTEIN AT ATOMIC RESOLUTION. PENTAGON RINGS OF WATER MOLECULES IN CRYSTALS OF CRAMBIN

要素

CRAMBIN

キーワード

PLANT PROTEIN / PLANT SEED PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)

手法

X線回折 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Hendrickson, W.A. / Teeter, M.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1984
タイトル: Water structure of a hydrophobic protein at atomic resolution: Pentagon rings of water molecules in crystals of crambin.
著者: Teeter, M.M.

履歴

登録	1981年4月30日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1981年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年7月11日	Group: Other
改定 1.4	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1crn.cif.gz	17.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1crn.ent.gz	10.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1crn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1crn_validation.pdf.gz	347.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1crn_full_validation.pdf.gz	347.2 KB	表示
XML形式データ	1crn_validation.xml.gz	2.1 KB	表示
CIF形式データ	1crn_validation.cif.gz	2.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/1crn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/1crn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ab1-d 1ejg-d 3u7t-d 1jxx-d 1jxy-d 1cbn-d 1cnr-d 1ccm-d 1yv8-d 1jxu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: CRAMBIN

4.74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.960, 18.650, 22.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	CRAMBIN 分子量: 4738.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物) 生物種: Crambe hispanica / 株: subsp. abyssinica / 参照: UniProt: P01542
構成要素の詳細	THE SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS ARE THOSE DEFINED IN REFERENCE 1 ABOVE AND DEPEND ON ...THE SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS ARE THOSE DEFINED IN REFERENCE 1 ABOVE AND DEPEND ON PARTICULAR DEFINITIONS THAT MAY AFFECT THE DETERMINATION OF END POINTS. PLEASE CONSULT THE PRIMARY REFERENCE AND EXAMINE STRUCTURAL DETAILS SUCH AS HYDROGEN BONDING AND CONFORMATION ANGLES WHEN MAKING USE OF THE SPECIFICATIONS.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.16 %
結晶化	*PLUS 手法: unknown
溶液の組成	PLUS 濃度: 60 % / 一般名*: ethanol

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	PLUS Num. obs: 21045 / Observed criterion σ(F): 2 / R_merge F obs*: 0.129

-
解析

ソフトウェア

名称: PROLSQ / 分類: 精密化

精密化

最高解像度: 1.5 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	327	0	0	0	327

精密化

*PLUS

Num. reflection obs: 6300 / R_factor obs: 0.144

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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