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- PDB-1cr9: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ANTI-PRION FAB 3F4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cr9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ANTI-PRION FAB 3F4
要素
  • FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN
  • FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-prion antibody / Fab 3F4
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kanyo, Z.F. / Pan, K.M. / Williamson, R.A. / Burton, D.R. / Prusiner, S.B. / Fletterick, R.J. / Cohen, F.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Antibody binding defines a structure for an epitope that participates in the PrPC-->PrPSc conformational change.
著者: Kanyo, Z.F. / Pan, K.M. / Williamson, R.A. / Burton, D.R. / Prusiner, S.B. / Fletterick, R.J. / Cohen, F.E.
履歴
登録1999年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN
H: FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4242
ポリマ－47,4242
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.900, 77.600, 70.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.56, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN / ANTI-PRION FAB 3F4


分子量: 24080.775 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN / ANTI-PRION FAB 3F4


分子量: 23342.943 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulphate, PEG 400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMMOPS1drop
220 mg/mlprotein1drop
350 mM1dropNaCl
42 mM1dropNaN3
52.0 Mammonium sulfate1reservoir
62 %(v/v)PEG4001reservoir
7100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 33314 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Num. unique all: 2242 / % possible all: 90.6
反射
*PLUS
Num. obs: 33314
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.6 % / Num. unique obs: 2242 / Rmerge(I) obs: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1651 5 %random
Rwork0.171 ---
all-33303 --
溶媒の処理溶媒モデル: Bulk-solvent model used
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3334 0 0 182 3516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.782
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.171
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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