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- PDB-1ccw: STRUCTURE OF THE COENZYME B12 DEPENDENT ENZYME GLUTAMATE MUTASE F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ccw
タイトルSTRUCTURE OF THE COENZYME B12 DEPENDENT ENZYME GLUTAMATE MUTASE FROM CLOSTRIDIUM COCHLEARIUM
要素(PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE)) x 2
キーワードISOMERASE / GLUTAMATE MUTASE / COENZYME B12 / RADICAL REACTION / TIM-BARREL / ROSSMAN-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


methylaspartate mutase / anaerobic glutamate catabolic process / methylaspartate mutase activity / glutamate catabolic process via L-citramalate / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate mutase, C-terminal domain / Glutamate mutase, C-terminal domain - #10 / Glutamate mutase epsilon subunit / Glutamate mutase E subunit, C-terminal domain superfamily / Methylaspartate mutase E chain (MutE) / Glutamate mutase sigma subunit / Methylmalonyl-CoA mutase / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / B12 binding domain ...Glutamate mutase, C-terminal domain / Glutamate mutase, C-terminal domain - #10 / Glutamate mutase epsilon subunit / Glutamate mutase E subunit, C-terminal domain superfamily / Methylaspartate mutase E chain (MutE) / Glutamate mutase sigma subunit / Methylmalonyl-CoA mutase / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANOCOBALAMIN / D(-)-TARTARIC ACID / Glutamate mutase epsilon subunit / Glutamate mutase sigma subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium cochlearium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Reitzer, R. / Gruber, K. / Kratky, C.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Glutamate mutase from Clostridium cochlearium: the structure of a coenzyme B12-dependent enzyme provides new mechanistic insights
著者: Reitzer, R. / Gruber, K. / Jogl, G. / Wagner, U.G. / Bothe, H. / Buckel, W. / Kratky, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of recombinant glutamate mutase and of the isolated component S from Clostridium cochlearium.
著者: Reitzer, R. / Krasser, M. / Jogl, G. / Buckel, W. / Bothe, H. / Kratky, C.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: Characterization of the coenzyme-B12-dependent glutamate mutase from Clostridium cochlearium produced in Escherichia coli.
著者: Zelder, O. / Beatrix, B. / Leutbecher, U. / Buckel, W.
履歴
登録1999年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE)
B: PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE)
C: PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE)
D: PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,9198
ポリマ－136,9064
非ポリマー3,0134
水33,2021843
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area40700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.430, 113.050, 108.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.79, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.980228, -0.006307, 0.197767), (-0.006522, 0.999978, 0.000439), (0.19776, -0.00172, -0.980249)
ベクター: -16.04166, 31.37638, 161.59927)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE) / E.C.5.4.99.1 / methylaspartate mutase / component S


分子量: 14830.046 Da / 分子数: 2 / 断片: B12-Binding Subunit / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHAINS A, C, B, D FORM HETEROTETRAMER WHICH IS THE BIOLOGICAL UNIT
由来: (組換発現) Clostridium cochlearium (バクテリア)
遺伝子: GLMS / プラスミド: POZ3 / 遺伝子 (発現宿主): GLMS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100 / 参照: UniProt: P80078, methylaspartate mutase
#2: タンパク質 PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE) / E.C.5.4.99.1 / METHYLASPARTATE MUTASE / E CHAIN


分子量: 53623.172 Da / 分子数: 2 / 断片: E chain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH CO-CYANOCOBALAMIN
由来: (組換発現) Clostridium cochlearium (バクテリア)
遺伝子: GLME / プラスミド: POZ5 / 遺伝子 (発現宿主): GLME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 ALPHA / 参照: UniProt: P80077, methylaspartate mutase
#3: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P
#4: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(2S,3S)-4-FLUOROGLUTAMATE11
2CDCL211
3VITAMIN B1211
4PEG 600011
5D/L TARTARIC ACID11
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.5 mg/mlprotein1drop
22 mM1dropCdCl2
35 mM(2S,4S)-45-fluoroglutamate1drop
42.5 mg/mlB12(cyano-or-methylcobalamin)1drop
510 mMNa cacodylate1drop
66 %(w/v)PEG40001reservoir
7100 MDL-tartaric acid1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9058
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9058 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 190420 / Num. obs: 190420 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.173 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 441525 / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / Rmerge(I) obs: 0.173

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4モデル構築
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→30 Å / Num. parameters: 46798 / Num. restraintsaints: 54934 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J. APPL. CRYST. 28 (1995) 53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1728 19177 11.2 %THIN SHELLS
all0.1371 171243 --
obs0.1369 -84.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 9641.9 / Occupancy sum non hydrogen: 11680
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9606 0 206 1843 11655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.136 / Rfactor obs: 0.123 / Rfactor Rfree: 0.171
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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