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- PDB-3zzm: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis PurH with a novel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zzm
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis PurH with a novel bound nucleotide CFAIR, at 2.2 A resolution.
要素BIFUNCTIONAL PURINE BIOSYNTHESIS PROTEIN PURH
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE / PURINE BIOSYNTHESIS / TUBERCULOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
AICAR transformylase, duplication domain / AICAR transformylase, duplicated domain superfamily / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH-like / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. ...AICAR transformylase, duplication domain / AICAR transformylase, duplicated domain superfamily / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH-like / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Cytidine Deaminase; domain 2 / Cytidine deaminase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JLN / : / PHOSPHATE ION / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Le Nours, J. / Bulloch, E.M.M. / Zhang, Z. / Greenwood, D.R. / Middleditch, M.J. / Dickson, J.M.J. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Analyses of a Purine Biosynthetic Enzyme from Mycobacterium Tuberculosis Reveal a Novel Bound Nucleotide.
著者: Le Nours, J. / Bulloch, E.M.M. / Zhang, Z. / Greenwood, D.R. / Middleditch, M.J. / Dickson, J.M.J. / Baker, E.N.
履歴
登録2011年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references / Other
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32013年11月27日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIFUNCTIONAL PURINE BIOSYNTHESIS PROTEIN PURH
B: BIFUNCTIONAL PURINE BIOSYNTHESIS PROTEIN PURH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8027
ポリマ－110,1702
非ポリマー6325
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12280 Å2
ΔGint-63.9 kcal/mol
Surface area39080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.594, 108.220, 130.634
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9711, -0.2038, 0.1243), (-0.2043, 0.44, -0.8744), (0.1235, -0.8745, -0.469)
ベクター: 141.8, 74.83, 90.26)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BIFUNCTIONAL PURINE BIOSYNTHESIS PROTEIN PURH / PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLECARBOXAMIDE FORMYLTRANSFERASE / AICAR TRANSFORMYLASE / IMP ...PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLECARBOXAMIDE FORMYLTRANSFERASE / AICAR TRANSFORMYLASE / IMP CYCLOHYDROLASE / ATIC / IMP SYNTHASE / INOSINICASE


分子量: 55084.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P67541, UniProt: P9WHM7*PLUS, phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase, IMP cyclohydrolase

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非ポリマー , 5種, 409分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-JLN / 5-(FORMYLAMINO)-1-(5-O-PHOSPHONO-BETA-D-RIBOFURANOSYL)-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXYLIC ACID


タイプ: RNA linking / 分子量: 367.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N3O10P
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 24-34% PEG 8000 0.2M SODIUM ACETATE 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 54907 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 40.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1PKX AND 1ZCZ

1pkx

1zcz


解像度: 2.2→28.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9438 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=K GOL JLN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=8147. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=30. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=K GOL JLN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=8147. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=30. NUMBER TREATED BY BAD NON- BONDED CONTACTS=2. RESIDUES A1 TO A3 AND B1 TO B5 WERE NOT MODELLED FOR LACK OF CLEAR ELECTRON DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 2779 5.07 %RANDOM
Rwork0.1976 ---
obs0.1995 54774 --
原子変位パラメータBiso mean: 42.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6616 Å20 Å20 Å2
2---7.2281 Å20 Å2
3---4.5665 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.305 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7700 0 37 404 8141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017945HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0310853HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3552SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes180HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1211HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7945HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1058SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9737SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3055 186 5.27 %
Rwork0.2441 3342 -
all0.2472 3528 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3963-0.23570.25560.726-0.30760.7084-0.00950.00950.085-0.0154-0.0397-0.1106-0.03920.11520.0492-0.15130.0251-0.00060.0098-0.016-0.086573.099195.246711.3289
20.39930.1131-0.01320.6523-0.21670.6590.01490.091-0.03380.00610.01650.0849-0.1054-0.051-0.0314-0.1560.022-0.0023-0.0031-0.0474-0.099152.810691.930610.5439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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