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万見
- PDB-5jm0: Structure of the S. cerevisiae alpha-mannosidase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jm0
タイトルStructure of the S. cerevisiae alpha-mannosidase 1
要素Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase
キーワードHYDROLASE / tetramer / cvt cargo / mannosidase / selective autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose catabolic process / Lysosomal oligosaccharide catabolism / Cvt complex / alpha-mannosidase / alpha-mannosidase activity / fungal-type vacuole membrane / oligosaccharide catabolic process / cellular response to nitrogen starvation / cellular response to glucose starvation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-mannosidase, jelly roll domain / Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain / Glycoside hydrolase family 38, central domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 38 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal domain ...: / Alpha-mannosidase, jelly roll domain / Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain / Glycoside hydrolase family 38, central domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 38 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal domain / Alpha mannosidase middle domain / Alpha mannosidase, middle domain / Glycoside hydrolase families 57/38, central domain superfamily / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Galactose mutarotase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Schneider, S. / Kosinski, J. / Jakobi, A.J. / Hagen, W.J.H. / Sachse, C.
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2016
タイトル: Higher-order assemblies of oligomeric cargo receptor complexes form the membrane scaffold of the Cvt vesicle.
著者: Chiara Bertipaglia / Sarah Schneider / Arjen J Jakobi / Abul K Tarafder / Yury S Bykov / Andrea Picco / Wanda Kukulski / Jan Kosinski / Wim Jh Hagen / Arvind C Ravichandran / Matthias ...著者: Chiara Bertipaglia / Sarah Schneider / Arjen J Jakobi / Abul K Tarafder / Yury S Bykov / Andrea Picco / Wanda Kukulski / Jan Kosinski / Wim Jh Hagen / Arvind C Ravichandran / Matthias Wilmanns / Marko Kaksonen / John Ag Briggs / Carsten Sachse /
要旨: Selective autophagy is the mechanism by which large cargos are specifically sequestered for degradation. The structural details of cargo and receptor assembly giving rise to autophagic vesicles ...Selective autophagy is the mechanism by which large cargos are specifically sequestered for degradation. The structural details of cargo and receptor assembly giving rise to autophagic vesicles remain to be elucidated. We utilize the yeast cytoplasm-to-vacuole targeting (Cvt) pathway, a prototype of selective autophagy, together with a multi-scale analysis approach to study the molecular structure of Cvt vesicles. We report the oligomeric nature of the major Cvt cargo Ape1 with a combined 2.8 Å X-ray and negative stain EM structure, as well as the secondary cargo Ams1 with a 6.3 Å cryo-EM structure. We show that the major dodecameric cargo prApe1 exhibits a tendency to form higher-order chain structures that are broken upon interaction with the receptor Atg19 in vitro The stoichiometry of these cargo-receptor complexes is key to maintaining the size of the Cvt aggregate in vivo Using correlative light and electron microscopy, we further visualize key stages of Cvt vesicle biogenesis. Our findings suggest that Atg19 interaction limits Ape1 aggregate size while serving as a vehicle for vacuolar delivery of tetrameric Ams1.
履歴
登録2016年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 1.32016年7月13日Group: Database references
改定 1.42017年8月2日Group: Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: em_3d_fitting / em_sample_support / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.grid_type / _em_software.name
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

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MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,7641
ポリマ－125,7641
非ポリマー00
水00
1
A: Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase

A: Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase

A: Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase

A: Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)503,0574
ポリマ－503,0574
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3
手法PISA
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D2 (2回x2回 2面回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase / Alpha-D-mannoside mannohydrolase


分子量: 125764.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The coordinate model contains a poly-alanine stretch that corresponds to residues 17-27 in the template sequence.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: AMS1, YGL156W, G1861 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168 / 参照: UniProt: P22855, alpha-mannosidase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Alpha-mannosidase 1 / タイプ: COMPLEX / 詳細: His-tagged / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 細胞内の位置: cytoplasm, vacuole
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 株: SMD1168 / プラスミド: pGAPz
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HCl1
2175 mMSodium chlorideNaCl1
375 mMImidazoleImidazole1
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: single particles alongside chains of tetramers
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K
詳細: 2.5 ul of sample was applied, offset -3, 9s blotting time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1735
詳細: The first six frames comprised each 7 e/A2 and the final frame consequently received 16 e/A2 dose. Relion's particle polishing procedure was used.
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION1.3粒子像選択autopicking
2EPU1画像取得
4CTFFIND3CTF補正determine
5RELION1.3CTF補正apply
8UCSF Chimera8.6モデルフィッティング
10EMAN2.06初期オイラー角割当
11RELION1.3最終オイラー角割当
12RELION1.3分類
13RELION1.3３次元再構成
14DireXv0.5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 85274
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33588 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: 1. From 85274 initially auto-picked particles, 16678 were eliminated after 2D classification. 2. From 68596, two classes making up 33588 particles were included in the final reconstruction.
クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 80 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: 1. Fitting of a homology model based on PDB 2wyh combined with a homology model based on PDB 2xbz and 3cmg for the C- (residues 287-1083) and N-terminal part (residues 45-203) respectively 2. ...詳細: 1. Fitting of a homology model based on PDB 2wyh combined with a homology model based on PDB 2xbz and 3cmg for the C- (residues 287-1083) and N-terminal part (residues 45-203) respectively 2. ab initio modelling for a three-helix bundle of the N-terminal part (residues 209-286) 3. creating an ideal poly-alanine helix for residues 17-27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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