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- PDB-1cbv: AN AUTOANTIBODY TO SINGLE-STRANDED DNA: COMPARISON OF THE THREE-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cbv
タイトルAN AUTOANTIBODY TO SINGLE-STRANDED DNA: COMPARISON OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF THE UNLIGANDED FAB AND A DEOXYNUCLEOTIDE-FAB COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
  • PROTEIN (FAB (BV04-01) AUTOANTIBODY-HEAVY CHAIN)
  • PROTEIN (FAB (BV04-01) AUTOANTIBODY-LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / SINGLE STRAND / IMMUNE SYSTEM-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of immune response / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / If kappa light chain / Immunoglobulin heavy constant gamma 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Herron, J.N. / He, X.M. / Ballard, D.W. / Blier, P.R. / Pace, P.E. / Bothwell, A.L.M. / Voss Junior, E.W. / Edmundson, A.B.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1991
タイトル: An autoantibody to single-stranded DNA: comparison of the three-dimensional structures of the unliganded Fab and a deoxynucleotide-Fab complex.
著者: Herron, J.N. / He, X.M. / Ballard, D.W. / Blier, P.R. / Pace, P.E. / Bothwell, A.L. / Voss Jr., E.W. / Edmundson, A.B.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1985
タイトル: Crystallographic Characterization of the FAB Fragment of a Monoclonal Anti-SS- DNA Antibody
著者: Gibson, A.L. / Herron, J.N. / Ballard, D.W. / Voss, E.W. / He, X.M. / Patrick, V.A. / Edmundson, A.B.
履歴
登録1993年3月16日処理サイト: NDB
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月5日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
L: PROTEIN (FAB (BV04-01) AUTOANTIBODY-LIGHT CHAIN)
H: PROTEIN (FAB (BV04-01) AUTOANTIBODY-HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5313
ポリマ－48,5313
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.500, 99.200, 36.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')


分子量: 867.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 抗体 PROTEIN (FAB (BV04-01) AUTOANTIBODY-LIGHT CHAIN)


分子量: 24109.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#3: 抗体 PROTEIN (FAB (BV04-01) AUTOANTIBODY-HEAVY CHAIN)


分子量: 23553.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01867*PLUS
構成要素の詳細TURNS L2, L4, AND L10 CONTAIN ONLY 3 RESIDUES.
Has protein modificationY
配列の詳細THE PROTEIN WAS SEQUENCED BY D. W. BALLARD, P. R. BLIER, P. E. PACE, AND A. L. M. BOTHWELL. SEE ...THE PROTEIN WAS SEQUENCED BY D. W. BALLARD, P. R. BLIER, P. E. PACE, AND A. L. M. BOTHWELL. SEE REFERENCE 1 ABOVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 7.6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1.7 M / 一般名: ammonium sulfate

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.66 Å / Num. obs: 8624 / % possible obs: 64 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Num. measured all: 13413

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
PROLSQ精密化
精密化解像度: 2.66→6 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.191 -
obs0.191 7759
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3347 61 0 0 3408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na0.033
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0260.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.025
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1550.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2430.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2270.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.63
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor2315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor2915
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.66 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 7759 / Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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