+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bu8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RAT PANCREATIC LIPASE RELATED PROTEIN 2 | ||||||
![]() | PROTEIN (PANCREATIC LIPASE RELATED PROTEIN 2) | ||||||
![]() | HYDROLASE / LIPID DEGRADATION / PANCREATIC LIPASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() intestinal lipid catabolic process / Digestion of dietary lipid / galactolipase / galactolipid catabolic process / galactolipase activity / 1-18:1-2-16:0-monogalactosyldiacylglycerol lipase activity / triglyceride catabolic process / phospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / zymogen granule membrane ...intestinal lipid catabolic process / Digestion of dietary lipid / galactolipase / galactolipid catabolic process / galactolipase activity / 1-18:1-2-16:0-monogalactosyldiacylglycerol lipase activity / triglyceride catabolic process / phospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / zymogen granule membrane / phospholipid catabolic process / lipase activity / phosphatidylcholine catabolic process / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / response to food / response to lipid / cellular defense response / lipid catabolic process / response to glucocorticoid / post-embryonic development / response to bacterium / response to peptide hormone / calcium ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roussel, A. / Cambillau, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and activity of rat pancreatic lipase-related protein 2. 著者: Roussel, A. / Yang, Y. / Ferrato, F. / Verger, R. / Cambillau, C. / Lowe, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 80.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 447.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1thgS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50920.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P54318, triacylglycerol lipase |
---|---|
#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 8.4 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 8% PEG 8000 WITH 0.1 M TRIS/HCL PH 8.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: LURE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 47899 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 81.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.9 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1THG 解像度: 1.8→10 Å / Data cutoff high absF: 750 / Data cutoff low absF: 50 / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 5 % |