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万見
- PDB-1bfv: MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bfv
タイトルMONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI
要素(FV4155) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / FV FRAGMENT / STEROID HORMONE / FINE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / adaptive immune response / immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRIOL 3-(B-D-GLUCURONIDE) / Ig kappa chain V-II region 26-10 / Ig heavy chain V region 5-76
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Trinh, C.H. / Phillips, S.E.V.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Antibody fragment Fv4155 bound to two closely related steroid hormones: the structural basis of fine specificity.
著者: Trinh, C.H. / Hemmington, S.D. / Verhoeyen, M.E. / Phillips, S.E.
履歴
登録1997年5月27日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: FV4155
H: FV4155
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2906
ポリマ－25,6302
非ポリマー6614
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area10530 Å2
手法PISA
2
L: FV4155
H: FV4155
ヘテロ分子

L: FV4155
H: FV4155
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,58112
ポリマ－51,2604
非ポリマー1,3218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area8010 Å2
ΔGint-335 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
3
H: FV4155
ヘテロ分子

H: FV4155
ヘテロ分子

L: FV4155
ヘテロ分子

L: FV4155
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,58112
ポリマ－51,2604
非ポリマー1,3218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area3770 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area22600 Å2
手法PISA
4
H: FV4155
ヘテロ分子

L: FV4155
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2906
ポリマ－25,6302
非ポリマー6614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area1600 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.900, 89.900, 59.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-202-

HOH

21L-205-

HOH

31L-286-

HOH

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要素

#1: 抗体 FV4155


分子量: 12437.998 Da / 分子数: 1 / 断片: MONOCLONAL ANTIBODY FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P01631
#2: 抗体 FV4155


分子量: 13191.760 Da / 分子数: 1 / 断片: MONOCLONAL ANTIBODY FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P18529*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-STG / ESTRIOL 3-(B-D-GLUCURONIDE) / エストリオ-ル3-グルクロニド


分子量: 464.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32O9
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% (W/V) PEG 8000, 200MM ZN ACETATE AND 100MM NA CACODYLATE, PH 7.5
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5-3 mg/mlprotein1drop
20.1 Mzinc acetate1drop
30.05 Msodium cacodylate1drop
49 %(w/v)PEG80001drop
50.2 Mzinc acetate1reservoir
60.1 Msodium cacodylate1reservoir
718 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日 / 詳細: MSC DOUBLE FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 14834 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9.53
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 129898 / Rmerge(I) obs: 0.074

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
PROLSQ精密化
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NBV

1nbv


解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: VAL L 56 HAS DIHEDRAL ANGLES WHICH LIE OUTSIDE THEIR EXPECTED RANGE IN THE GAMMA QUADRANT OF THE RAMACHANDRAN PLOT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 724 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all-14473 --
obs-13749 98.42 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1794 0 36 182 2012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0390.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord00.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5622
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4352.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.7895
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.8726
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1090.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1930.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1750.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.87920
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.64720
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.00820
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor020
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'PROLSQ (CCP4)' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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