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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bfv | ||||||
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タイトル | MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI | ||||||
要素 | (FV4155) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN / FV FRAGMENT / STEROID HORMONE / FINE SPECIFICITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / adaptive immune response / blood microparticle / immune response / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Trinh, C.H. / Phillips, S.E.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: Antibody fragment Fv4155 bound to two closely related steroid hormones: the structural basis of fine specificity. 著者: Trinh, C.H. / Hemmington, S.D. / Verhoeyen, M.E. / Phillips, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bfv.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bfv.ent.gz | 46.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bfv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bfv_validation.pdf.gz | 760.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bfv_full_validation.pdf.gz | 768.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bfv_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bfv_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/1bfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/1bfv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12437.998 Da / 分子数: 1 / 断片: MONOCLONAL ANTIBODY FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P01631 | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 13191.760 Da / 分子数: 1 / 断片: MONOCLONAL ANTIBODY FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P18529*PLUS | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-STG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% (W/V) PEG 8000, 200MM ZN ACETATE AND 100MM NA CACODYLATE, PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日 / 詳細: MSC DOUBLE FOCUSING MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 14834 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9.53 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 129898 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NBV 解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: VAL L 56 HAS DIHEDRAL ANGLES WHICH LIE OUTSIDE THEIR EXPECTED RANGE IN THE GAMMA QUADRANT OF THE RAMACHANDRAN PLOT.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'PROLSQ (CCP4)' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |