PDB-3juy: Crystal Structure of a 3B3 Variant, a Broadly Neutralizing HIV-1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3juy

タイトル

Crystal Structure of a 3B3 Variant, a Broadly Neutralizing HIV-1 scFv Antibody

要素

3B3 single chain variant HIV-1 antibody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV / envelope protein gp120 / broadly neutralizing antibody / 3B3 single chain variable fragment

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Clark, K.R. / Walsh, S.T.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a 3B3 variant-A broadly neutralizing HIV-1 scFv antibody.
著者: Clark, K.R. / Walsh, S.T.

履歴

登録	2009年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3juy.cif.gz	283 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3juy.ent.gz	229.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3juy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3juy_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3juy_full_validation.pdf.gz	485.7 KB	表示
XML形式データ	3juy_validation.xml.gz	59.8 KB	表示
CIF形式データ	3juy_validation.cif.gz	78 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5tbd-4 3nn8-3 6lfv-d 3cdc-d 1dsf-d 3nn8-4 1bfv-d 5yd4-1 1n4x-2 3wbd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

A: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

C: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

E: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

F: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

D: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

168 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

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28.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

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28.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

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28.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: 3B3 single chain variant HIV-1 antibody

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	199.172, 115.130, 92.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.76, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	3B3 single chain variant HIV-1 antibody 分子量: 28060.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) プラスミド: custom alakaline phosphatase single sequence vector 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus RP
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% w/v PEG-8000, 0.1 M MES, 0.2 M calcium acetate, pH 6.0, sitting drop, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 61604 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.124 / Χ²: 1.029 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	1.5	0.411	4354	1.039	65.8
2.59-2.69	1.8	0.405	5061	1.065	76.4
2.69-2.82	2	0.351	5860	1.04	88
2.82-2.96	2.4	0.279	6435	1.038	96.8
2.96-3.15	2.8	0.22	6573	1.028	99.2
3.15-3.39	3	0.172	6683	1.017	99.8
3.39-3.73	3.1	0.128	6634	1.023	99.7
3.73-4.27	3.2	0.101	6654	1.038	99.6
4.27-5.38	3.1	0.075	6645	1.018	98.9
5.38-30	3.1	0.069	6705	1.028	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→29.752 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.802 / SU ML: 2.5 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	5927	10.1 %
R_work	0.195	-	-
obs	0.201	58690	87.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 22.863 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.37 Å² / B_iso mean: 24.64 Å² / B_iso min: 3.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.988 Å²	-0 Å²	-0.229 Å²
2-	-	-3.976 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.964 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.752 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11000	0	0	275	11275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11302
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	15312
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1599
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1981
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.113	3890

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.528	0.354	106	0.295	927	1033	48
2.528-2.558	0.335	129	0.273	1148	1277	56
2.558-2.589	0.345	126	0.273	1204	1330	61
2.589-2.622	0.367	125	0.281	1250	1375	62
2.622-2.657	0.363	161	0.285	1301	1462	66
2.657-2.693	0.379	175	0.285	1420	1595	72
2.693-2.731	0.346	171	0.258	1485	1656	74
2.731-2.772	0.407	171	0.253	1527	1698	78
2.772-2.815	0.322	181	0.249	1667	1848	82
2.815-2.862	0.329	200	0.232	1737	1937	87
2.862-2.911	0.303	196	0.223	1806	2002	91
2.911-2.964	0.328	219	0.219	1879	2098	93
2.964-3.021	0.274	216	0.207	1876	2092	95
3.021-3.082	0.285	229	0.206	1899	2128	96
3.082-3.149	0.262	219	0.208	1894	2113	96
3.149-3.222	0.281	240	0.21	1958	2198	97
3.222-3.303	0.283	191	0.201	1982	2173	97
3.303-3.392	0.273	240	0.187	1926	2166	97
3.392-3.492	0.233	185	0.167	1997	2182	98
3.492-3.604	0.222	222	0.164	1981	2203	99
3.604-3.733	0.243	205	0.17	1970	2175	99
3.733-3.882	0.22	213	0.159	1982	2195	99
3.882-4.058	0.199	254	0.154	1973	2227	99
4.058-4.272	0.209	204	0.15	1985	2189	99
4.272-4.538	0.188	231	0.132	1975	2206	98
4.538-4.887	0.182	243	0.142	1997	2240	99
4.887-5.377	0.198	205	0.141	1989	2194	98
5.377-6.149	0.221	222	0.164	2005	2227	99
6.149-7.724	0.243	214	0.184	2013	2227	98
7.724-29.754	0.235	234	0.208	2010	2244	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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