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- PDB-5tbd: Crystal Structure of anti-MSP2 Fv fragment (mAb4D11) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tbd
タイトルCrystal Structure of anti-MSP2 Fv fragment (mAb4D11) in complex with 3D7-MSP2 215-222
要素
  • (Fv fragment (mAb4D1) heavy chain) x 2
  • Merozoite surface protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / C-terminal MSP2 / Unstructured antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell adhesion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Merozoite surface antigen 2 (MSA-2) / Merozoite Surface Antigen 2 (MSA-2) family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Merozoite surface protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seow, J. / Morales, R.A.V. / MacRaild, C.A. / Bankala, K. / Drinkwater, N. / Dingjan, T. / Jaipuria, G. / Wilde, K. / Anders, R.F. / Atreya, H.S. ...Seow, J. / Morales, R.A.V. / MacRaild, C.A. / Bankala, K. / Drinkwater, N. / Dingjan, T. / Jaipuria, G. / Wilde, K. / Anders, R.F. / Atreya, H.S. / Christ, D. / McGowan, S. / Norton, R.S.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Indo-Australian Biotechnology fundBF050053 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1042520 オーストラリア
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structure and Characterisation of a Key Epitope in the Conserved C-Terminal Domain of the Malaria Vaccine Candidate MSP2.
著者: Seow, J. / Morales, R.A. / MacRaild, C.A. / Krishnarjuna, B. / McGowan, S. / Dingjan, T. / Jaipuria, G. / Rouet, R. / Wilde, K.L. / Atreya, H.S. / Richards, J.S. / Anders, R.F. / Christ, D. / ...著者: Seow, J. / Morales, R.A. / MacRaild, C.A. / Krishnarjuna, B. / McGowan, S. / Dingjan, T. / Jaipuria, G. / Rouet, R. / Wilde, K.L. / Atreya, H.S. / Richards, J.S. / Anders, R.F. / Christ, D. / Drinkwater, N. / Norton, R.S.
履歴
登録2016年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Data collection / Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
F: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
I: Merozoite surface protein 2
A: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
B: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
C: Merozoite surface protein 2
D: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
G: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
H: Merozoite surface protein 2
J: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
K: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
L: Merozoite surface protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,88612
ポリマ－101,88612
非ポリマー00
水6,575365
1
E: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
F: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
I: Merozoite surface protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4723
ポリマ－25,4723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
2
A: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
B: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
C: Merozoite surface protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4723
ポリマ－25,4723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
3
D: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
G: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
H: Merozoite surface protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4723
ポリマ－25,4723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10550 Å2
手法PISA
4
J: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
K: Fv fragment (mAb4D1) heavy chain
L: Merozoite surface protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4723
ポリマ－25,4723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.975, 72.970, 81.965
Angle α, β, γ (deg.)68.19, 78.75, 73.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
Fv fragment (mAb4D1) heavy chain


分子量: 12444.808 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
Fv fragment (mAb4D1) heavy chain


分子量: 12195.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド
Merozoite surface protein 2


分子量: 830.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P50498*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 23% (w/v) PEG3350 0.1 M BIS TRIS (pH 6.0) 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→32.05 Å / Num. obs: 4359 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 20.49 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.258 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC1/2: 0.683 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QYO

4qyo


解像度: 2.2→32.05 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.63
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2115 4.83 %Random selection
Rwork0.2066 ---
obs0.2086 4359 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7061 0 0 365 7426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037234
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6829825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7322577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.25120.32371540.27592733X-RAY DIFFRACTION100
2.2512-2.30750.3351400.26362792X-RAY DIFFRACTION100
2.3075-2.36990.29741340.25512772X-RAY DIFFRACTION100
2.3699-2.43960.2911310.2642788X-RAY DIFFRACTION100
2.4396-2.51830.29791550.25662763X-RAY DIFFRACTION100
2.5183-2.60830.31721200.25442842X-RAY DIFFRACTION100
2.6083-2.71260.2681300.2422760X-RAY DIFFRACTION100
2.7126-2.8360.29441430.23022760X-RAY DIFFRACTION100
2.836-2.98540.28431400.22492798X-RAY DIFFRACTION100
2.9854-3.17230.29341550.22862778X-RAY DIFFRACTION100
3.1723-3.4170.25831210.21162757X-RAY DIFFRACTION100
3.417-3.76040.23431530.182788X-RAY DIFFRACTION100
3.7604-4.30340.18831460.16422786X-RAY DIFFRACTION100
4.3034-5.41760.15811480.14282739X-RAY DIFFRACTION100
5.4176-32.05380.19651450.16062785X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.0893 Å / Origin y: -18.6189 Å / Origin z: 34.3203 Å
111213212223313233
T0.1016 Å20.0042 Å2-0.0133 Å2-0.1394 Å20.0006 Å2--0.148 Å2
L0.0996 °2-0.0457 °20.0471 °2-0.2792 °20.1023 °2--0.7522 °2
S-0.0155 Å °0.0041 Å °0.0244 Å °-0.0685 Å °0.0053 Å °0.0405 Å °-0.0573 Å °0.0096 Å °0.0086 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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