PDB-6qf6: Structure of an E.coli expressed anti-Mcl1 scFv

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qf6

タイトル

Structure of an E.coli expressed anti-Mcl1 scFv

要素

E.coli expressed scFv

キーワード

APOPTOSIS / Mcl1 / scFv / AZD5991

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Luptak, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of an E.coli expressed anti-Mcl1 scFv
著者: Luptak, J.

履歴

登録	2019年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qf6.cif.gz	181.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qf6.ent.gz	145.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qf6_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qf6_full_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示
XML形式データ	6qf6_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	6qf6_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/6qf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/6qf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qb3S 6qb6 6qb9 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6k4z-2 3auv-2 6ehx-d 1cfv-d 1bfv-d 1p4i-d 3umt-d 6fzr-d 1mfa-d 1a7o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E.coli expressed scFv

B: E.coli expressed scFv

C: E.coli expressed scFv

D: E.coli expressed scFv

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E.coli expressed scFv

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E.coli expressed scFv

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: E.coli expressed scFv

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: E.coli expressed scFv

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.175, 180.175, 88.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: 抗体	E.coli expressed scFv 分子量: 25507.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.4 M Ammonium Sulphate, 25% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→127.403 Å / Num. obs: 23417 / % possible obs: 91.27 % / 冗長度: 12.92 % / B_iso Wilson estimate: 42.46 Å² / CC_1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 5.75
反射シェル	解像度: 2.59→3.01 Å / Num. unique obs: 26817 / CC_1/2: 0.369

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6qb3

6qb3

解像度: 2.59→127.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	-	-	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	-	23382	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.01 Å² / B_iso mean: 35.9746 Å² / B_iso min: 3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→127.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6803	0	0	231	7034

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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