[日本語] English
万見
- PDB-1ay1: ANTI TAQ FAB TP7 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ay1
タイトルANTI TAQ FAB TP7
要素(TP7 FAB) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / ANTIBODY / FAB / ENZYME INHIBITOR / PCR / HOT START
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Murali, R. / Helmer-Citterich, M. / Sharkey, D.J. / Scalice, E.R. / Daiss, J.L. / Sullivan, M.A. / Murthy, H.M.K.
引用ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1998
タイトル: Structural studies on an inhibitory antibody against Thermus aquaticus DNA polymerase suggest mode of inhibition.
著者: Murali, R. / Helmer-Citterich, M. / Sharkey, D.J. / Scalice, E.R. / Daiss, J.L. / Sullivan, M.A. / Krishna Murthy, H.M.
履歴
登録1997年11月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: TP7 FAB
H: TP7 FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6732
ポリマ－46,6732
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.500, 72.700, 82.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 TP7 FAB


分子量: 23082.521 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91W12
#2: 抗体 TP7 FAB


分子量: 23590.266 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1513182
Has protein modificationY
配列の詳細THE FAB LIGHT CHAIN HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR *L*. THE FAB HEAVY CHAIN HAS BEEN ASSIGNED ...THE FAB LIGHT CHAIN HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR *L*. THE FAB HEAVY CHAIN HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR *H*. FRAGMENT IS NUMBERED ACCORDING TO THE NUMBER CONVENTION OF E. KABAT (E.A.KABAT,T.T.WU,M.REID-MILLER,H.M.PERRY, K.S.GOTTESMAN (1987) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 4TH ED., NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD) INSERTIONS IN HYPERVARIABLE REGIONS WITH RESPECT TO THE CANONICAL SEQUENCE HAVE BEEN DESIGNATED BY SUFFIXES OF A,B, ETC.. THERE IS ONE DELETION AT RESIDUE 28 IN THE L CHAIN COMPARED TO THE CANONICAL SEQUENCE. THUS NO RESIDUE WITH NUMBER 28 EXISTS IN THE LIGHT CHAIN.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 9
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 16% PEG3350, 0.4% BETA OCTYL GLUCOSIDE, 100MM TRIS, PH 9.0
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 mg/mlprotein1drop
20.2 %beta-octylglucoside1drop
360 mMTris-HCl1drop
48 %PEG33501drop
516 %PEG33501reservoir
6100 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 50786 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.068 / % possible all: 68.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HIL

1hil


解像度: 2.2→7 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: SIDE CHAINS OF RESIDUES 130 - 134 IN THE HEAVY CHAIN ARE DISORDERED AND ARE MODELED TO BE IN THEIR MOST PROBABLE CONFORMATIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1669 8.6 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 19212 82.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 0 0 3282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d18.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.71
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it22.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it22.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 105 11.5 %
Rwork0.239 908 -
obs--68.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1F / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.71
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.239

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る