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万見
- PDB-12e8: 2E8 FAB FRAGMENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1200000000
タイトル2E8 FAB FRAGMENT
要素
  • IGG1-KAPPA 2E8 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG1-KAPPA 2E8 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rupp, B. / Trakhanov, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structure of a monoclonal 2E8 Fab antibody fragment specific for the low-density lipoprotein-receptor binding region of apolipoprotein E refined at 1.9 A.
著者: Trakhanov, S. / Parkin, S. / Raffai, R. / Milne, R. / Newhouse, Y.M. / Weisgraber, K.H. / Rupp, B.
履歴
登録1998年3月14日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG1-KAPPA 2E8 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG1-KAPPA 2E8 FAB (HEAVY CHAIN)
M: IGG1-KAPPA 2E8 FAB (LIGHT CHAIN)
P: IGG1-KAPPA 2E8 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8394
ポリマ－94,8394
非ポリマー00
水13,818767
1
L: IGG1-KAPPA 2E8 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG1-KAPPA 2E8 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4202
ポリマ－47,4202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA, PQS
2
M: IGG1-KAPPA 2E8 FAB (LIGHT CHAIN)
P: IGG1-KAPPA 2E8 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4202
ポリマ－47,4202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.560, 65.570, 103.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.981807, 0.162499, 0.098229), (0.160259, 0.986609, -0.030336), (-0.101843, -0.014042, -0.994701)96.4331, -2.1854, 2.2392
2given(-0.990419, 0.137999, 0.005096), (0.136567, 0.98428, -0.111995), (-0.020471, -0.110226, -0.993696)99.4533, 0.0349, 2.457
3given(-0.997869, 0.0608, 0.023663), (0.060892, 0.998139, 0.003195), (-0.023425, 0.004629, -0.999715)101.545, -1.3038, -1.0226
4given(-0.990478, 0.137268, -0.010491), (0.137523, 0.983072, -0.121069), (-0.006306, -0.121359, -0.992589)100.0034, 0.4615, 2.1677

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要素

#1: 抗体 IGG1-KAPPA 2E8 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23540.990 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: LYMPHOCYTE-PLASMA CELL / 細胞株: 2E8 HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 10121892
#2: 抗体 IGG1-KAPPA 2E8 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23878.586 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: LYMPHOCYTE-PLASMA CELL / 細胞株: 2E8 HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C / 参照: PIR: S49220
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AMINO ACIDS ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT NUMBERING SYSTEM FOR ANTIBODIES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 23% PEG 4000 (W/V), 0.10 M SODIUM CITRATE, AND 0.2 M AMMONIUM ACETATE (PH 5.6). CRYSTALS (0.2 X 0.2 X 0.5 MM) WERE OBTAINED IN 4-6 WEEKS.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14 mg/mlprotein1drop
223 %(w/v)PEG40001reservoir
30.10 Msodium citrate1reservoir
40.2 Mammonium acetate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ADSC / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 63078 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.85→2 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 82
反射
*PLUS
Num. measured all: 237795

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
UCSDDATA PROCESSING SOFTWAREデータ収集
UCSDDATA PROCESSING SOFTWAREデータ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
UCSDデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 6FAB AND 1FLR

6fab

1flr


解像度: 1.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THE CONNECTING LOOP BETWEEN BETA STRANDS B AND C IN THE CH1 DOMAIN IS POORLY DEFINED IN THE STRUCTURE. ATTEMPTS TO IMPROVE THE LOOP H123-H133 USING VARIOUS NCS ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THE CONNECTING LOOP BETWEEN BETA STRANDS B AND C IN THE CH1 DOMAIN IS POORLY DEFINED IN THE STRUCTURE. ATTEMPTS TO IMPROVE THE LOOP H123-H133 USING VARIOUS NCS AVERAGING SCHEMES AS WELL AS AUTOMATED REBUILDING AND REFINEMENT WITH ARP DID NOT IMPROVE THIS REGION. HOWEVER, USING ARP THE TRACING OF CH BETA STRANDS B-E WAS CONFIRMED INDEPENDENT OF ANY STARTING MODEL. THE CONNECTING LOOP BETWEEN BETA STRANDS B AND C IN THE CH1 DOMAIN IS POORLY DEFINED IN THE STRUCTURE. ATTEMPTS TO IMPROVE THE LOOP H123-H133 USING VARIOUS NCS AVERAGING SCHEMES AS WELL AS AUTOMATED REBUILDING AND REFINEMENT WITH ARP DID NOT IMPROVE THIS REGION. HOWEVER, USING ARP THE TRACING OF CH BETA STRANDS B-E WAS CONFIRMED INDEPENDENT OF ANY STARTING MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1143 1.9 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 58785 84.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6662 0 0 767 7429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.55
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.211.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.112
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.512
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.842.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 187 2.1 %
Rwork0.309 8652 -
obs--76.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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