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- EMDB-7890: Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7890
タイトルNegative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3419 at post boost 2.
マップデータNegative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3419 at post boost 2
試料
  • 複合体: Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3419 at post boost 2. Serum digested and Fab purified before adding trimer.
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Ward AB / Turner HL
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Electron-Microscopy-Based Epitope Mapping Defines Specificities of Polyclonal Antibodies Elicited during HIV-1 BG505 Envelope Trimer Immunization.
著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton ...著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Lars Hangartner /
要旨: Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a ...Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a barrier to fully understanding the humoral response to antigens and hinders rational vaccine design efforts. Here, we describe a method of characterizing polyclonal responses by using electron microscopy, and we applied this method to the immunization of rabbits with an HIV-1 envelope glycoprotein vaccine candidate, BG505 SOSIP.664. We detected known epitopes within the polyclonal sera and revealed how antibody responses evolved during the prime-boosting strategy to ultimately result in a neutralizing antibody response. We uncovered previously unidentified epitopes, including an epitope proximal to one recognized by human broadly neutralizing antibodies as well as potentially distracting non-neutralizing epitopes. Our method provides an efficient and semiquantitative map of epitopes that are targeted in a polyclonal antibody response and should be of widespread utility in vaccine and infection studies.
履歴
登録2018年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月20日-
マップ公開2018年9月5日-
更新2018年9月5日-
現状2018年9月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7890.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3419 at post boost 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å		2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å		2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0325 / ムービー #1: 0.0325
最小 - 最大-0.030829389 - 0.079793386
平均 (標準偏差)0.00069226016 (±0.0070912456)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 295.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.200295.200295.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0310.0800.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 S...

全体名称: Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3419 at post boost 2. Serum digested and Fab purified before adding trimer.
要素
  • 複合体: Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3419 at post boost 2. Serum digested and Fab purified before adding trimer.

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超分子 #1: Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 S...

超分子名称: Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3419 at post boost 2. Serum digested and Fab purified before adding trimer.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.063 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: TBS
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CELLULOSE ACETATE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 50 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 17487
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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