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- EMDB-6788: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6788
タイトルSmall subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 33種
キーワードTrichomonas vaginalis ribosome / rRNA / rprotein / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity ...negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e ...Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / 40S ribosomal protein S13, putative / 40S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S3 / Ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS4 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S17-B, putative / 40S ribosomal protein S28 ...40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / 40S ribosomal protein S13, putative / 40S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S3 / Ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS4 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S17-B, putative / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S13p/S18e, putative / Ribosomal protein S19, putative / 40S ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S8 / 40s ribosomal protein S5-B, putative / Plectin/S10 domain containing protein / Small ribosomal subunit protein uS2 / Ribosomal protein S19e, putative / Small ribosomal subunit protein uS5 / Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative / 40S ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24e, putative / Ribosomal protein L7Ae, putative / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein S10p/S20e, putative / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S7 / Ribosomal protein S3Ae, putative / Small ribosomal subunit protein eS32A / Ribosomal protein S14
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Li Z / Guo Q
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao /
要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High- ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors.
履歴
登録2017年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月30日-
マップ公開2017年8月30日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.036
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.036
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xyi
  • 表面レベル: 0.036
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.036 / ムービー #1: 0.036
最小 - 最大-0.13911201 - 0.26773617
平均 (標準偏差)0.00029812296 (±0.005232952)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1390.2680.000

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_6788_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome

全体名称: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
要素
  • 複合体: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
    • RNA: 18S
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein SA
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S3Ae, putative
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S3, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 40s ribosomal protein S5-B, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: Plectin/S10 domain containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L7Ae, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S19, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17-B, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S13p/S18e, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S19e, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S10p/S20e, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S15a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S24e, putative
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative
    • タンパク質・ペプチド: eL41

+
超分子 #1: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome

超分子名称: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

+
分子 #1: 18S

分子名称: 18S / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 508.656188 KDa
配列文字列: ACUUGGUUGA UCCUGCCAAG GAAGCACACU UAGGUCAUAG AUUAAGCCAU GCAAGUGUUA GUUCAGGUAA CGAAACUGCG AAUAGCUCA UUAAUACGCU CAGAAUCUAU UUGGCGGCGA CCAACAGGUC UUAAAUGGAU AGCAGCAGCA ACUCUGGUGC U AAUACAUG ...文字列:
ACUUGGUUGA UCCUGCCAAG GAAGCACACU UAGGUCAUAG AUUAAGCCAU GCAAGUGUUA GUUCAGGUAA CGAAACUGCG AAUAGCUCA UUAAUACGCU CAGAAUCUAU UUGGCGGCGA CCAACAGGUC UUAAAUGGAU AGCAGCAGCA ACUCUGGUGC U AAUACAUG CGAUUGUUUC UCCAGAUGUG AAUUAUGGAG GAAAAGUUGA CCUCAUCAGA GGCACGCCAU UCGACUGAGU GA CCUAUCA GCUUGUACUU AGGGUCUUUA CCUAGGUAGG CUAUCACGGG UAACGGGCGG UUACCGUCGG ACUGCCGGAG AAG GCGCCU GAGAGAUAGC GACUAUAUCC ACGGGUAGCA GCAGGCGCGA AACUUUCCCA CUCGAGACUU UCGGAGGAGG UAAU GACCA GUUCCAUUGG UGCCUUUUGG UACUGUGGAU AGGGGUACGG UUUUCCACCG UACCGAAACC UAGCAGAGGG CCAGU CUGG UGCCAGCAGC UGCGGUAAUU CCAGCUCUGC GAGUUUGCUC CCAUAUUGUU GCAGUUAAAA CGCCCGUAGU CUGAAU UGG CCAGCAAUGG UCGUACGUAU UUUUACGUUC ACUGUGAACA AAUCAGGACG CUUAGAGUAU GGCCACAUGA AUGACUC AG CGCAGUAUGA AGUCUUUGUU UUCUUCCGAA AACAAGCUCA AUGAGAGCCA UCGGGGGUAG AUCUAUCUCA UGACGAGU G GUGGAAUACU UUGACUCAUG AGAGAGAAGC UGAGGCGAAG GCGUCUACCU AGAGGGUUUC UGUCGAUCAA GGGCGAGAG UAGGAGUAUC CAACAGGAUU AGAGACCCUG GUAGUUCCUA CCUUAAACGA UGCCGACAGG AGUUUGUCAU UUGUUAAUGG CAGAAUCUU UGGAGAAAUC AUAGUUCUUG GGCUCUGGGG GAAAUACGAC CGCAAGGCUG AAACUUGAAG GAAUUGACGG A AGGGCACA CCAGGGGUGG AGCCUGUGGC UUAAUUUGAA UCAACACGGG GAAACUACCC AGGACCAGAU GUUUUUUAUG AC UGACAGG CUUCGGGUCU UUCAGGAUAU UGUUUUUGGU GGUGCAUGGC CGUUGGUGGU GCGUGGGUUG ACCUGUCUAG CGU UGAUUC AGCUAACGAG CGAGAUUAUC GCCAAUUAUU UACUUUGCCG AAGUCCUUCG GUUAAAGUUC UAAUUGGGAC UCCC UGCGA UUUUAGCAGG UGGAAGAGGG UAGCAAUAAC AGGUCCGUGA UGCCCUUUAG AUGCUCUGGG CUGCACGCGU GCUAC AAUG UUAGGAUCAA UAGGACUGCG AGCCUGAGAG GGUGCGCUAC UCUUAUAAUC CCUAACGUAG UUGGGAUUGA CGUUUG UAA UCAGCGUCAU GAACCAGGAA UCCCUUGUAA AUGUGUGUCA ACAACGCACG UUGAAUACGU CCCUGCCCUU UGUACAC AC CGCCCGUCGC UCCUACCGAU UGGAUGACUC GGUGAAAUCA CCGGAUGCUU ACGAGCAGAA AGUGAUUAAA UCACGUUA U CUAGAGGAAG GAGAAGUCGU AACAAGGUAA CGGUAGGUGA ACCUGCCGUU GGAUCA

+
分子 #2: 40S ribosomal protein SA

分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 28.584676 KDa
配列文字列: MTTAANADRE AVIKMMLAAK VYLGSTNLSF GMKPYVFTCR KDGTHVINLA MTYEKIKLAA RMIYAVEEPK DVLAISTKSF GTRAVHKFA EFLGANYVEQ RFTPGLFTNY SIKNFCEPRL MIVCDPNTDS QAVHEAAYAN IPCIALCDTD AHLDYVDCVI P CNTKNKNS ...文字列:
MTTAANADRE AVIKMMLAAK VYLGSTNLSF GMKPYVFTCR KDGTHVINLA MTYEKIKLAA RMIYAVEEPK DVLAISTKSF GTRAVHKFA EFLGANYVEQ RFTPGLFTNY SIKNFCEPRL MIVCDPNTDS QAVHEAAYAN IPCIALCDTD AHLDYVDCVI P CNTKNKNS MGLVMWLLTR EVLRLRGALT RTQEWSVLPD LFFYRDAADE AKIAEALEAE GEETVSEEGA IINAAVPKAE IK AGATNEE WENKQEWDA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: Ribosomal protein S3Ae, putative

分子名称: Ribosomal protein S3Ae, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 28.085471 KDa
配列文字列: MGASKQQRPK TSKKIKQDSF IKKEWRHVMV PAYFTGKHDI GVTVSNKCAR GRVPMDYVNN RVWELSHADM VNDLSHAYRL FSWRSIAAG SEVYTQFAGM RLTHDKLDSI MRKYRTLINA SVDAKTADGF ILRLFTVGFT KKLANSHKNH TYANSHKARQ V RDVMVKCL ...文字列:
MGASKQQRPK TSKKIKQDSF IKKEWRHVMV PAYFTGKHDI GVTVSNKCAR GRVPMDYVNN RVWELSHADM VNDLSHAYRL FSWRSIAAG SEVYTQFAGM RLTHDKLDSI MRKYRTLINA SVDAKTADGF ILRLFTVGFT KKLANSHKNH TYANSHKARQ V RDVMVKCL TDACESNGVE QLCKDFVDEK IENEIVEKCK QICQIEGVYI TKVKVIKAPA LSNEQVKVLK ISKDAAQLSL AP TERPAEE

UniProtKB: Ribosomal protein S3Ae, putative

+
分子 #4: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 30.083736 KDa
配列文字列: MSTQQAAPVE AQAQAPQEQQ QLRGEMRGRR EGRGPRGPRA PRGQQKGGWQ PRTKLGRLVK SGKIKSIEEI FYHAIPIKEA EIVEHLLGE DLKDEIMKIM PVQKQTRAGQ RTRFKAIAAV GDGKGHIGLG IKTAAEVANA IKGATIYAKL SILPVRRGYW G NKIGLPHT ...文字列:
MSTQQAAPVE AQAQAPQEQQ QLRGEMRGRR EGRGPRGPRA PRGQQKGGWQ PRTKLGRLVK SGKIKSIEEI FYHAIPIKEA EIVEHLLGE DLKDEIMKIM PVQKQTRAGQ RTRFKAIAAV GDGKGHIGLG IKTAAEVANA IKGATIYAKL SILPVRRGYW G NKIGLPHT VPNTVTGKCG SIRMRLIPAP RGSGIVAGTA AKKLLTMAGF EDLFTSSLGH TKTTFNFLVA TYKAMEETFK FL TPDQWED RAFEEHPFVK NSDWLHGKKK VDAEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #5: Ribosomal protein S3, putative

分子名称: Ribosomal protein S3, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 24.505658 KDa
配列文字列: MKAQRCTKVR RIIETGLFYA ELNELLTREL TKEGYGGCEV RQTPTRTEII IKAANTKEFV DNHGRRLQEV RMMIQKRWRL KEDSLEIFI DRIQRKGLSA LNQLESLRYK LIARIPARRA AYSIIRFVMD AGARGCEVAI SGKLRGARAS TSKYKEGYMV K SGDVTKQF ...文字列:
MKAQRCTKVR RIIETGLFYA ELNELLTREL TKEGYGGCEV RQTPTRTEII IKAANTKEFV DNHGRRLQEV RMMIQKRWRL KEDSLEIFI DRIQRKGLSA LNQLESLRYK LIARIPARRA AYSIIRFVMD AGARGCEVAI SGKLRGARAS TSKYKEGYMV K SGDVTKQF VTQAVGHIPM KQATIGIRVL IMLAQDPSGI SGPKESQPDV IKVHEAKD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S3

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S4

分子名称: 40S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 28.589561 KDa
配列文字列: MPRCQRFHLK RLTAPHHWLL AKSAGKFASH PSTGPHKLRE CLPINIFLRD RLKYALTAKE AVAIVKRRLV KVDGKVRTNY RYPTGLMDV IGLGKSNELF RIIYDCKGRF CVHHIEAKEA SFKLLRVNQF KIGAKGIPHV VTHDGRTISY VDPSVRVHDA L KFNIKTGE ...文字列:
MPRCQRFHLK RLTAPHHWLL AKSAGKFASH PSTGPHKLRE CLPINIFLRD RLKYALTAKE AVAIVKRRLV KVDGKVRTNY RYPTGLMDV IGLGKSNELF RIIYDCKGRF CVHHIEAKEA SFKLLRVNQF KIGAKGIPHV VTHDGRTISY VDPSVRVHDA L KFNIKTGE VESVIKFKVG DVAMVTAGGN VGRVGTIQKI EKQMASFDIV HLKDTSGAVF ATRIMNVFVI GENEHPLISL PA REGVRPS ILEGINQE

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #7: 40s ribosomal protein S5-B, putative

分子名称: 40s ribosomal protein S5-B, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 21.672889 KDa
配列文字列: MEGVKLFGKY DYSDVDFSQL DPALVDYISV HEKQHVMVPH TAGRYVHKRF QKVSCPLVER LCNHLMSRGR NTGKKLLAIR IVEHAFDII ALSTGQNPIV TFVKGVQYCG AREDSTRIGV GGTVRRQACD VSPLRRIDQA LSLITEGVRK AAFRSSRNIA E CLADELIA ...文字列:
MEGVKLFGKY DYSDVDFSQL DPALVDYISV HEKQHVMVPH TAGRYVHKRF QKVSCPLVER LCNHLMSRGR NTGKKLLAIR IVEHAFDII ALSTGQNPIV TFVKGVQYCG AREDSTRIGV GGTVRRQACD VSPLRRIDQA LSLITEGVRK AAFRSSRNIA E CLADELIA ASNNDQTSYA CRKKDELERI AKSNR

UniProtKB: 40s ribosomal protein S5-B, putative

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 24.583883 KDa
配列文字列: MRITLAYPEN GTQVVVDIDD PAALNALYEK RVGQDIEGEK LGGQFKGYLF RIGGGFDKQG FPMKQGVITP RRIRLLLKTG ASCYRPRKD GERKRKTVRG CIISDEISAL HCVVLQKGEK EIDGLTTTVV PRRFGPKRAS TLRAMFGITD SKFDASKLVL K REVKPGKF ...文字列:
MRITLAYPEN GTQVVVDIDD PAALNALYEK RVGQDIEGEK LGGQFKGYLF RIGGGFDKQG FPMKQGVITP RRIRLLLKTG ASCYRPRKD GERKRKTVRG CIISDEISAL HCVVLQKGEK EIDGLTTTVV PRRFGPKRAS TLRAMFGITD SKFDASKLVL K REVKPGKF TSPKVQRLIT ARRVARKNRM LKERKEKREA TKKKAEQYQA LLKQQQKQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S6

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S7, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S7, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 18.708568 KDa
配列文字列:
MSETVTAAFN EIAAGKPELK DLKIESVKEV KSEGATVLVI TVPYKQIKAF QSAQATFLPD LEKKLNAQIC IIGKHRAFPK TPEHGRRFK AIRNYGRTLR SVNDAILDDL VFPTAIVGKR VHYDVNGKQV TRVILDKHDA TRVEERLSGF AAAYNRLTGI V SVFEVAQN

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 22.118488 KDa
配列文字列: MGITRMGDLK HTKSGARQVA WRKKRNFLAG RPSAQTRIGE KRIHAVRVRG GNLKMRALRL ETGTFAWASE NCTRKTRILN VTYHPADND LVRTNTLARG SVVSIDAAPF KQWYERQFGK ALGKSQYVKP EKVTDKMTQR WAANKDGGVV APELVAEFDQ G RLLAVITS ...文字列:
MGITRMGDLK HTKSGARQVA WRKKRNFLAG RPSAQTRIGE KRIHAVRVRG GNLKMRALRL ETGTFAWASE NCTRKTRILN VTYHPADND LVRTNTLARG SVVSIDAAPF KQWYERQFGK ALGKSQYVKP EKVTDKMTQR WAANKDGGVV APELVAEFDQ G RLLAVITS RPGQCGRADG YILEGEELAF YSDKIAKKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #11: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 21.811295 KDa
配列文字列:
MSSRNFSRTF KKPMRPYEKE RMHKELQVVG EYGLKNKREI WRVSYTLSKI RHAARELLTL PENDSKRIFE GAALLRRLTK LGVLDESKQ KLDYVLSLTV NDLMDRRLQT QVHKRALANS VHHARTLVSH RHISVENQLV NQPAFLVWKE SEKNIKYADT S VMTTEKLG RKKRMRAHAQ TKKADEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #12: Plectin/S10 domain containing protein

分子名称: Plectin/S10 domain containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 16.251438 KDa
配列文字列:
MYMPTAIRRR ILRCLFENGV LCVSDIQSGT HEELDCLNIY PYQIGRAFVT KGFCIKTYAW SHAYYTLTDK GIEYLRNYFG LPANAAPAT LREAEAKVLE TRRDRPQGRG PRRFGNGPRG DRPQRGGFRG PRREQAEQPQ QE

UniProtKB: Plectin/S10 domain containing protein

+
分子 #13: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 18.015252 KDa
配列文字列:
MSTVQTERAF QKQPQLFLAS KKHANAEKKQ RYVKSIGLKI ETPKTAEERE YIDAKCPFTG TVSIRGRVLR GVVVSTKMRR TIIIRRDYL QWIRKYKRFE KRHTKIPAHI SPAFLVKEGD LVTVAECRPL SKTVHFNVIH VKPAAVGADK RQFRVF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #14: Ribosomal protein L7Ae, putative

分子名称: Ribosomal protein L7Ae, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 13.714954 KDa
配列文字列:
METVIEHGLH QINLSGNVAK GIRCTIKAIL KGKARLVLLA DDCENKDYKN LVAGLCKKHN VKLQAVEKKE LLGRALGLTH FKADGSVRR QMNCGACAII RYGSVDTQEL DEFRKAFDPA VEEQA

UniProtKB: Ribosomal protein L7Ae, putative

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S13, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S13, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 17.071031 KDa
配列文字列:
MGRLHSQGKG ISSSTCPYRR SAPHWLQLSA ENCVQMICDY AKKGVRPSQI GALLRDRNGV GMVRAVTGVK VLRILKANGL APALPEELY HLIKKATNVR KHLEHAKHDV DGKYRLILIE SRIHRLTRYY KTRRVLAPNW KYNAQTASAL VA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S13, putative

+
分子 #16: Ribosomal protein S14

分子名称: Ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 16.689012 KDa
配列文字列:
MSAPEAAPAA PADQTATTGK KDVQLGPVKR DGEIVMGVAH IYASKNDTFV HVTDLSGSET LARCTGGIAV RAQRDEATPY AAMLAAQAV AARLKELGVD GVHIKFRGEG GSSRRLPAQG AQSALRALAR AGVKIGRIED VTPLPHDSTR RKGGRRGRRL

UniProtKB: Ribosomal protein S14

+
分子 #17: Ribosomal protein S19, putative

分子名称: Ribosomal protein S19, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 16.28608 KDa
配列文字列:
MSASGKFAQR NYTYRGKTLD DLRAMELKDF VELLPTKRRR FISRSFDLKH VHLIEKLKKA RQAVEGQAGV RPPVVKTHLR HMVILPEFV DNVIGIYDGH VFFEVQIKPE MIGHVLADFA PSKKVVKHSK AGVGATRSSS ATSLK

UniProtKB: Ribosomal protein S19, putative

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S16, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S16, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 15.626175 KDa
配列文字列:
MKSVQVFGRK KTATAVAYCC EGSGLIKLNG TPINMVSSET LRAKILEPLQ LIGEESWGNL DIRVRVHGGG HVAQVYAIRQ AVAKAIVAY YQKYVDEATK TEIKNTLLGY DRTLLVADPR RMEPKKFGGQ GARVRRQMSY R

UniProtKB: 40S ribosomal protein S16, putative

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S17-B, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S17-B, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 14.964434 KDa
配列文字列:
MGRIRTKTTK RAARLVIERF YGQLSFDFQD NKRVCDAVAD IPSKRMRNKI AGYVTHLMRR LERGPVRGIS FKLQEQEREK RDNWMPTTS KLNVPKILVD PETKEMLAAI GLGEMEGVEV FTRRAGARQQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S17-B, putative

+
分子 #20: Ribosomal protein S13p/S18e, putative

分子名称: Ribosomal protein S13p/S18e, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 17.564523 KDa
配列文字列:
MPIEVTDPAA FRDMVRMLST NVDGRRPLYL ALTNISGIGR RFAYAVVRRA GLDPLRRAGT LTPKEEELIV SIIQNPTEHQ IPVWMLNRR FDRATGQNTH WVATDLGANI RAEIERMKKM RMKRGIRHGL GLKVRGQCTK STGRRGGALG VERKKD

UniProtKB: Ribosomal protein S13p/S18e, putative

+
分子 #21: Ribosomal protein S19e, putative

分子名称: Ribosomal protein S19e, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 16.584188 KDa
配列文字列:
MIGGKTGHKG FQAREISADV FVNALAKHFQ ENRIVKPPEW ADLVKTAALK QMAPSNQNWF YTRAAAVIRQ IYMHHDASLS GLSFHYGAN LKAVTMPKHH HNASRKVIRS ILQQLEKSDL VKVGEKGRQL TPKGQRLLDQ VATSCGKKQ

UniProtKB: Ribosomal protein S19e, putative

+
分子 #22: Ribosomal protein S10p/S20e, putative

分子名称: Ribosomal protein S10p/S20e, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 13.933201 KDa
配列文字列:
MADHVVPTGD EKKEIIEDLP VQKIRLTITS SKLPNLQRVV GNLMGKLKKG NLEVRGPIPM PRRRLRITTR RAPCGNGTET YDHFELRIY KRVIDFQGTA EAVKQVTQIA LEPDVHVEVS VITE

UniProtKB: Ribosomal protein S10p/S20e, putative

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 9.85313 KDa
配列文字列:
MQNDAGEIVD MLIPRKCMAT DRLIPPHDHA SVQIQIAKVN DDGLPTGEFE TVVFSGYVRA LGESDYALNR IATEKGLLTG VYRNEAHKQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S21

+
分子 #24: Ribosomal protein S15a

分子名称: Ribosomal protein S15a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 14.583213 KDa
配列文字列:
MVRTSVLADA LKAITNAERR GMRQVLIRPS SKVIIAFLKV MASRNYIGDF EVIDDHRSGK IVINLLGRLN KCVAICPRFD VGLGDLEMW QAKLLPSRQF GYVVLSTDKG IMDHEEARKH NAGGKILGMF F

UniProtKB: Ribosomal protein S15a

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S23, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S23, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 15.592457 KDa
配列文字列:
MGKSKACGRL AARKLRLAHK SNLWASNAYR RSLGTSIYKT PLEGTSMASG IVVGKVAVEA KQPNSAIRKA VRVQLKKNSK VVTAFVPRD GSLRLIDDND RVLIAGMGRS GRSVGDLPGC RFKVIKVAGF SLLALWLGKK EKPRS

UniProtKB: 40S ribosomal protein S23, putative

+
分子 #26: Ribosomal protein S24e, putative

分子名称: Ribosomal protein S24e, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 16.069884 KDa
配列文字列:
MSKVSVHIRK YIVNKLLDRK QFVIDMQHLG AKAPTRDEIK DEVASRLKAN KDLVVIFGLE TKFGGGHTTG FGFVYDSLDA LKKTEPKHR LIKAGLAEKG KVTRRMRKNA RRQKVKVWGS GKRAEAHKIR RQQRKEELGS H

UniProtKB: Ribosomal protein S24e, putative

+
分子 #27: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 12.645859 KDa
配列文字列:
MSAKGGARKK WTKATNKEKR EWAVIITPEQ AADMVKSVPK NKVISAGKLA ERYKISLTCA RKALEALTAE GKIVPVINGH DLKCYGPHP DHVVEKVEEV KEETKKPAGK KGGKKQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 13.889256 KDa
配列文字列:
MPVKRRNHGR SKMNRGHTRT VNCMNCGRQV PKDKAITRFA IKNMVDASSA KDVSDACIYQ GYELPKTYQK QYYCVSCAVH RHVVRPRNV NVRRNRVPLF LKLRLEKLEQ RNAQRLSKE

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #29: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 9.467907 KDa
配列文字列:
MTTLDVDILH PSVEQELHTN KKKTLVPNPR SEFLSLRCPS CTGLTTAFSH SNVPVFCKNC QTPLATPTGG RILLADQVEI RPRVNA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S27

+
分子 #30: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 7.650717 KDa
配列文字列:
MESTQEQVKL AVVKQVIGRT GSRGGVTQVR VEFLDDSNRS LVRNVKGAVR EGDILSLLET EREARRLR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S28

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S29, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S29, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 6.8431 KDa
配列文字列:
MPVDFVPKHP RDNAKGSVER SCRICGKRRG VIRQYRLNIC RRCFRERAEL LGFKKYD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S29, putative

+
分子 #32: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 6.919079 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAQ AGKVRSNTPK VAKMDKPKEV RGRARLRKIY NQRFLAVNPD AKRKTGPNSQ SQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #33: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative
タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 37.151832 KDa
配列文字列: MSAEQPVEQV EQVEVEETQS AHFAPRATFV GHNAAIESIE IDNEHNYLVS ASRDKSALVW KLNRTQEQWA TPFTRLIGHN HFVSDVSLS RDASHLLTSS WDSTLRLWDL STRTTKKLFL GHKKDVLGVT FSPCNRRIIS VGRDNQVKIW NILGENKAEL Q CSSWVTSV ...文字列:
MSAEQPVEQV EQVEVEETQS AHFAPRATFV GHNAAIESIE IDNEHNYLVS ASRDKSALVW KLNRTQEQWA TPFTRLIGHN HFVSDVSLS RDASHLLTSS WDSTLRLWDL STRTTKKLFL GHKKDVLGVT FSPCNRRIIS VGRDNQVKIW NILGENKAEL Q CSSWVTSV ACAPMADETS PLVIAVGCWD GKVYIWSIEK EAKLIKEFKA HDGRCTSVDF TPDGKWVITG GSDRKVVMWL TE NGAKTIS FTAPSPVHAV AACPTQAWIC AATYEGIAVW DIGAKQQIDL VQPNFKHEGK RNAGRTPDCT CLAWAADGSV LYS GYNDGS IRAWEVKSA

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative

+
分子 #34: eL41

分子名称: eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 3.354243 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRT RRLKRKRRKV RARSK

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57162
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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