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万見
- EMDB-4641: Structure of a bacterial 70S ribosomal subunit in complex with ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4641
タイトルStructure of a bacterial 70S ribosomal subunit in complex with cadazolid, reconstruction focused around the 30S ribosomal subunit
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of a bacterial 70S ribosomal subunit in complex with cadazolid, reconstruction focused around the 30S ribosomal subunit
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Scaiola A / Leibundgut M / Boehringer D / Ritz D
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural basis of translation inhibition by cadazolid, a novel quinoxolidinone antibiotic.
著者: Alain Scaiola / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Patrick Caspers / Daniel Bur / Hans H Locher / Georg Rueedi / Daniel Ritz /
要旨: Oxazolidinones are synthetic antibiotics used for treatment of infections caused by Gram-positive bacteria. They target the bacterial protein synthesis machinery by binding to the peptidyl ...Oxazolidinones are synthetic antibiotics used for treatment of infections caused by Gram-positive bacteria. They target the bacterial protein synthesis machinery by binding to the peptidyl transferase centre (PTC) of the ribosome and interfering with the peptidyl transferase reaction. Cadazolid is the first member of quinoxolidinone antibiotics, which are characterized by combining the pharmacophores of oxazolidinones and fluoroquinolones, and it is evaluated for treatment of Clostridium difficile gastrointestinal infections that frequently occur in hospitalized patients. In vitro protein synthesis inhibition by cadazolid was shown in Escherichia coli and Staphylococcus aureus, including an isolate resistant against linezolid, the prototypical oxazolidinone antibiotic. To better understand the mechanism of inhibition, we determined a 3.0 Å cryo-electron microscopy structure of cadazolid bound to the E. coli ribosome in complex with mRNA and initiator tRNA. Here we show that cadazolid binds with its oxazolidinone moiety in a binding pocket in close vicinity of the PTC as observed previously for linezolid, and that it extends its unique fluoroquinolone moiety towards the A-site of the PTC. In this position, the drug inhibits protein synthesis by interfering with the binding of tRNA to the A-site, suggesting that its chemical features also can enable the inhibition of linezolid-resistant strains.
履歴
登録2019年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月10日-
マップ公開2019年4月10日-
更新2021年1月27日-
現状2021年1月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4641.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.12 Å		1.08 Å/pix.
x 290 pix.
= 312.91 Å		1.08 Å/pix.
x 290 pix.
= 312.91 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.079 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.10092925 - 0.22667907
平均 (標準偏差)0.0009855794 (±0.008579834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ290290280
Spacing290290280
セルA: 312.91 Å / B: 312.91 Å / C: 302.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0791.0791.079
M x/y/z290290280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.910312.910302.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-225-225-225
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS290290280
D min/max/mean-0.1010.2270.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4641_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_4641_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_4641_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of a bacterial 70S ribosomal subunit in complex with ca...

全体名称: Structure of a bacterial 70S ribosomal subunit in complex with cadazolid, reconstruction focused around the 30S ribosomal subunit
要素
  • 複合体: Structure of a bacterial 70S ribosomal subunit in complex with cadazolid, reconstruction focused around the 30S ribosomal subunit

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超分子 #1: Structure of a bacterial 70S ribosomal subunit in complex with ca...

超分子名称: Structure of a bacterial 70S ribosomal subunit in complex with cadazolid, reconstruction focused around the 30S ribosomal subunit
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 1.14 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4ybb

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 59148
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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