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- PDB-5xxb: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xxb
タイトルLarge subunit of Toxoplasma gondii ribosome
要素
  • (Ribosomal protein ...) x 41
  • 25S RNA
  • 5.8S RNA
  • 5S RNA
キーワードRIBOSOME / parasitic ribosome / rRNA / rproteins
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao /
要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High- ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors.
履歴
登録2017年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6778
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 25S RNA
3: 5S RNA
4: 5.8S RNA
A: Ribosomal protein uL2
B: Ribosomal protein uL3
C: Ribosomal protein uL4
D: Ribosomal protein uL18
E: Ribosomal protein eL6
F: Ribosomal protein uL30
G: Ribosomal protein eL8
H: Ribosomal protein uL6
I: Ribosomal protein uL16
J: Ribosomal protein uL5
K: Ribosomal protein eL13
L: Ribosomal protein eL14
M: Ribosomal protein eL15
N: Ribosomal protein uL13
O: Ribosomal protein uL22
P: Ribosomal protein eL18
Q: Ribosomal protein eL19
R: Ribosomal protein eL20
S: Ribosomal protein eL21
T: Ribosomal protein eL22
U: Ribosomal protein uL14
V: Ribosomal protein eL24
W: Ribosomal protein uL23
X: Ribosomal protein uL24
Y: Ribosomal protein eL27
Z: Ribosomal protein uL15
a: Ribosomal protein eL29
b: Ribosomal protein eL30
c: Ribosomal protein eL31
d: Ribosomal protein eL32
e: Ribosomal protein eL33
f: Ribosomal protein eL34
g: Ribosomal protein uL29
h: Ribosomal protein eL36
i: Ribosomal protein eL37
j: Ribosomal protein eL38
k: Ribosomal protein eL39
l: Ribosomal protein eL40
n: Ribosomal protein eL42
o: Ribosomal protein eL43
p: Ribosomal protein eL28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,027,34644
ポリマ－2,027,34644
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area361790 Å2
ΔGint-3074 kcal/mol
Surface area621290 Å2

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 134

#1: RNA鎖 25S RNA


分子量: 1120153.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#2: RNA鎖 5S RNA


分子量: 39921.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#3: RNA鎖 5.8S RNA


分子量: 50787.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
Ribosomal protein ... , 41種, 41分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#4: タンパク質 Ribosomal protein uL2


分子量: 28314.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#5: タンパク質 Ribosomal protein uL3


分子量: 44150.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#6: タンパク質 Ribosomal protein uL4


分子量: 45837.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#7: タンパク質 Ribosomal protein uL18


分子量: 35408.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#8: タンパク質 Ribosomal protein eL6


分子量: 21563.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#9: タンパク質 Ribosomal protein uL30


分子量: 30187.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#10: タンパク質 Ribosomal protein eL8


分子量: 31095.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#11: タンパク質 Ribosomal protein uL6


分子量: 21459.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#12: タンパク質 Ribosomal protein uL16


分子量: 24846.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#13: タンパク質 Ribosomal protein uL5


分子量: 20240.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#14: タンパク質 Ribosomal protein eL13


分子量: 39757.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#15: タンパク質 Ribosomal protein eL14


分子量: 15492.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#16: タンパク質 Ribosomal protein eL15


分子量: 24387.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#17: タンパク質 Ribosomal protein uL13


分子量: 31757.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#18: タンパク質 Ribosomal protein uL22


分子量: 22319.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#19: タンパク質 Ribosomal protein eL18


分子量: 21223.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#20: タンパク質 Ribosomal protein eL19


分子量: 22221.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#21: タンパク質 Ribosomal protein eL20


分子量: 21372.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#22: タンパク質 Ribosomal protein eL21


分子量: 17932.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#23: タンパク質 Ribosomal protein eL22


分子量: 15103.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#24: タンパク質 Ribosomal protein uL14


分子量: 14842.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#25: タンパク質 Ribosomal protein eL24


分子量: 17644.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#26: タンパク質 Ribosomal protein uL23


分子量: 18600.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#27: タンパク質 Ribosomal protein uL24


分子量: 16353.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#28: タンパク質 Ribosomal protein eL27


分子量: 16841.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#29: タンパク質 Ribosomal protein uL15


分子量: 16384.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#30: タンパク質 Ribosomal protein eL29


分子量: 6387.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#31: タンパク質 Ribosomal protein eL30


分子量: 11682.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#32: タンパク質 Ribosomal protein eL31


分子量: 14389.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#33: タンパク質 Ribosomal protein eL32


分子量: 15652.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#34: タンパク質 Ribosomal protein eL33


分子量: 12873.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#35: タンパク質 Ribosomal protein eL34


分子量: 15427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#36: タンパク質 Ribosomal protein uL29


分子量: 14231.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#37: タンパク質 Ribosomal protein eL36


分子量: 11437.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#38: タンパク質 Ribosomal protein eL37


分子量: 11256.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#39: タンパク質 Ribosomal protein eL38


分子量: 9606.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#40: タンパク質 Ribosomal protein eL39


分子量: 6172.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#41: タンパク質 Ribosomal protein eL40


分子量: 14714.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#42: タンパク質 Ribosomal protein eL42


分子量: 12098.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#43: タンパク質 Ribosomal protein eL43


分子量: 10426.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#44: タンパク質 Ribosomal protein eL28


分子量: 14787.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細Sequences used in this study were derived from Toxoplasma gondii RH strain, which were not ...Sequences used in this study were derived from Toxoplasma gondii RH strain, which were not available at UNIPROT at the time of data processing.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108162 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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