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- PDB-3j79: Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j79
タイトルCryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine, large subunit
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 42
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME/INHIBITOR / emetine / RIBOSOME-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual Incision in GG-NER ...Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Iron uptake and transport / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Aggrephagy / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family ...: / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L44e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L6e / : / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L18-2, putative / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L27a, putative ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L18-2, putative / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L27a, putative / 60S ribosomal protein L41 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L26, putative / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL42 / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L32 / 60S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L31 / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L11a, putative / 60S ribosomal protein L34 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Large ribosomal subunit protein uL22 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L6-2, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L6, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L35ae, putative / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L38 / 60S ribosomal protein L35, putative / 60S ribosomal protein L3 / 60S ribosomal protein L30e, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L21 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L10, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wong, W. / Bai, X.C. / Brown, A. / Fernandez, I.S. / Hanssen, E. / Condron, M. / Tan, Y.H. / Baum, J. / Scheres, S.H.W.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine.
著者: Wilson Wong / Xiao-chen Bai / Alan Brown / Israel S Fernandez / Eric Hanssen / Melanie Condron / Yan Hong Tan / Jake Baum / Sjors H W Scheres /
要旨: Malaria inflicts an enormous burden on global human health. The emergence of parasite resistance to front-line drugs has prompted a renewed focus on the repositioning of clinically approved drugs as ...Malaria inflicts an enormous burden on global human health. The emergence of parasite resistance to front-line drugs has prompted a renewed focus on the repositioning of clinically approved drugs as potential anti-malarial therapies. Antibiotics that inhibit protein translation are promising candidates for repositioning. We have solved the cryo-EM structure of the cytoplasmic ribosome from the human malaria parasite, Plasmodium falciparum, in complex with emetine at 3.2 Å resolution. Emetine is an anti-protozoan drug used in the treatment of ameobiasis that also displays potent anti-malarial activity. Emetine interacts with the E-site of the ribosomal small subunit and shares a similar binding site with the antibiotic pactamycin, thereby delivering its therapeutic effect by blocking mRNA/tRNA translocation. As the first cryo-EM structure that visualizes an antibiotic bound to any ribosome at atomic resolution, this establishes cryo-EM as a powerful tool for screening and guiding the design of drugs that target parasite translation machinery.
履歴
登録2014年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1VX6, 1VX7
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22014年12月17日Group: Other
改定 1.32015年6月3日Group: Database references
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2660
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • PDB-3j7a との合成表示
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2660
  • + PDB-3j7a
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 28S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 5.8S ribosomal RNA
D: 60S ribosomal protein uL2
E: 60S ribosomal protein uL3
F: 60S ribosomal protein uL4
G: 60S ribosomal protein uL5
H: 60S ribosomal protein uL6
I: 60S ribosomal protein eL6
J: 60S ribosomal protein eL8
K: 60S ribosomal protein uL13
L: 60S ribosomal protein eL13
M: 60S ribosomal protein uL14
N: 60S ribosomal protein eL14
O: 60S ribosomal protein uL15
P: 60S ribosomal protein eL15
Q: 60S ribosomal protein uL16
R: 60S ribosomal protein uL18
S: 60S ribosomal protein eL18
T: 60S ribosomal protein eL19
U: 60S ribosomal protein eL20
V: 60S ribosomal protein eL21
W: 60S ribosomal protein uL22
X: 60S ribosomal protein eL22
Y: 60S ribosomal protein uL23
Z: 60S ribosomal protein uL24
0: 60S ribosomal protein eL24
1: 60S ribosomal protein eL27
2: 60S ribosomal protein eL28
3: 60S ribosomal protein uL29
4: 60S ribosomal protein eL29
5: 60S ribosomal protein uL30
6: 60S ribosomal protein eL30
7: 60S ribosomal protein eL31
8: 60S ribosomal protein eL32
9: 60S ribosomal protein eL33
a: 60S ribosomal protein eL34
b: 60S ribosomal protein eL36
c: 60S ribosomal protein eL37
d: 60S ribosomal protein eL38
e: 60S ribosomal protein eL39
f: 60S ribosomal protein eL40
g: 60S ribosomal protein eL41
h: 60S ribosomal protein eL43
i: 60S ribosomal protein eL44
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,135,889213
ポリマ－2,131,60045
非ポリマー4,289168
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1216212.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38410.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 51206.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7

+
60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 DEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ0123456...

#4: タンパク質 60S ribosomal protein uL2


分子量: 28064.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8I3T9
#5: タンパク質 60S ribosomal protein uL3


分子量: 44318.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IJC6
#6: タンパク質 60S ribosomal protein uL4


分子量: 46311.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8I431
#7: タンパク質 60S ribosomal protein uL5


分子量: 20268.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IBQ6
#8: タンパク質 60S ribosomal protein uL6


分子量: 21638.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IE85
#9: タンパク質 60S ribosomal protein eL6


分子量: 25587.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IDV1
#10: タンパク質 60S ribosomal protein eL8


分子量: 32760.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8ILL2
#11: タンパク質 60S ribosomal protein uL13


分子量: 23805.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IJZ7
#12: タンパク質 60S ribosomal protein eL13


分子量: 25508.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IAX6
#13: タンパク質 60S ribosomal protein uL14


分子量: 15015.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IE09
#14: タンパク質 60S ribosomal protein eL14


分子量: 19340.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8ILE8
#15: タンパク質 60S ribosomal protein uL15


分子量: 16765.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C6KT23
#16: タンパク質 60S ribosomal protein eL15


分子量: 24197.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C0H4A6
#17: タンパク質 60S ribosomal protein uL16


分子量: 25265.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8ILV2
#18: タンパク質 60S ribosomal protein uL18


分子量: 34067.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8ILL3
#19: タンパク質 60S ribosomal protein eL18


分子量: 21508.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C0H5G3
#20: タンパク質 60S ribosomal protein eL19


分子量: 21641.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C6KSY6
#21: タンパク質 60S ribosomal protein eL20


分子量: 21793.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IDS6
#22: タンパク質 60S ribosomal protein eL21


分子量: 18840.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8ILK3
#23: タンパク質 60S ribosomal protein uL22


分子量: 23469.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IDI5
#24: タンパク質 60S ribosomal protein eL22


分子量: 16422.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IB51
#25: タンパク質 60S ribosomal protein uL23


分子量: 22152.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IE82
#26: タンパク質 60S ribosomal protein uL24


分子量: 14855.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O77364
#27: タンパク質 60S ribosomal protein eL24


分子量: 19295.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IEM3
#28: タンパク質 60S ribosomal protein eL27


分子量: 16785.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IKM5
#29: タンパク質 60S ribosomal protein eL28


分子量: 14437.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IHU0
#30: タンパク質 60S ribosomal protein uL29


分子量: 14787.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IIB4
#31: タンパク質 60S ribosomal protein eL29


分子量: 8041.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C6S3J6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein uL30


分子量: 30593.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O97250
#33: タンパク質 60S ribosomal protein eL30


分子量: 11794.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IJK8
#34: タンパク質 60S ribosomal protein eL31


分子量: 14099.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8I463
#35: タンパク質 60S ribosomal protein eL32


分子量: 15565.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8I3B0
#36: タンパク質 60S ribosomal protein eL33


分子量: 16306.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IHT9
#37: タンパク質 60S ribosomal protein eL34


分子量: 17406.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IBY4
#38: タンパク質 60S ribosomal protein eL36


分子量: 12825.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8I713
#39: タンパク質 60S ribosomal protein eL37


分子量: 10571.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C0H4L5
#40: タンパク質 60S ribosomal protein eL38


分子量: 10341.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8II62
#41: タンパク質 60S ribosomal protein eL39


分子量: 6540.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C0H4H3
#42: タンパク質 60S ribosomal protein eL40


分子量: 14645.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8ID50
#43: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein eL41


分子量: 5108.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C6S3G4
#44: タンパク質 60S ribosomal protein eL43


分子量: 10826.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O96184
#45: タンパク質 60S ribosomal protein eL44


分子量: 12194.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O97231

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非ポリマー , 2種, 168分子

#46: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#47: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine
タイプ: RIBOSOME
分子量値: 4.2 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 20 mM HEPES, pH 7.4, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 10 mM magnesium acetate, 5 mM BME
pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 10 mM magnesium acetate, 5 mM BME
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: holey carbon grids (Quantifoil R2/2) with home-made continuous carbon film, glow-discharged 30 seconds
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
手法: Blot 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年1月19日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 78000 X / 倍率（補正後）: 104748 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 85 K / 最高温度: 90 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
詳細: An in-house system was used to intercept videos from the detector at a rate of 17 frames/second (1 second exposures).
画像スキャンデジタル画像の数: 1083
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0077 2014/05/16 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105247 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.34 Å
詳細: A newly developed statistical movie processing approach was used to compensate for beam-induced movement.
Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数50662 73684 168 0 124514

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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