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- PDB-5xxb: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5xxb
タイトルLarge subunit of Toxoplasma gondii ribosome
構成要素
  • (Ribosomal protein ...) x 41
  • 25S RNA
  • 5.8S RNA
  • 5S RNA5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / parasitic ribosome / rRNA (リボソームRNA) / rproteins
試料の由来Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.17 Å 分解能
データ登録者Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用ジャーナル: Cell Res. / : 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月3日 / 公開: 2017年8月30日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年8月30日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年10月18日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6778
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
1: 25S RNA
3: 5S RNA
4: 5.8S RNA
A: Ribosomal protein uL2
B: Ribosomal protein uL3
C: Ribosomal protein uL4
D: Ribosomal protein uL18
E: Ribosomal protein eL6
F: Ribosomal protein uL30
G: Ribosomal protein eL8
H: Ribosomal protein uL6
I: Ribosomal protein uL16
J: Ribosomal protein uL5
K: Ribosomal protein eL13
L: Ribosomal protein eL14
M: Ribosomal protein eL15
N: Ribosomal protein uL13
O: Ribosomal protein uL22
P: Ribosomal protein eL18
Q: Ribosomal protein eL19
R: Ribosomal protein eL20
S: Ribosomal protein eL21
T: Ribosomal protein eL22
U: Ribosomal protein uL14
V: Ribosomal protein eL24
W: Ribosomal protein uL23
X: Ribosomal protein uL24
Y: Ribosomal protein eL27
Z: Ribosomal protein uL15
a: Ribosomal protein eL29
b: Ribosomal protein eL30
c: Ribosomal protein eL31
d: Ribosomal protein eL32
e: Ribosomal protein eL33
f: Ribosomal protein eL34
g: Ribosomal protein uL29
h: Ribosomal protein eL36
i: Ribosomal protein eL37
j: Ribosomal protein eL38
k: Ribosomal protein eL39
l: Ribosomal protein eL40
n: Ribosomal protein eL42
o: Ribosomal protein eL43
p: Ribosomal protein eL28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,027,34644
ポリマ-2,027,34644
非ポリマ-00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: none
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)361790
ΔGint (kcal/M)-3074
Surface area (Å2)621290

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構成要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 134

#1: RNA鎖 25S RNA


分子量: 1120153.125 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#2: RNA鎖 5S RNA / 5S ribosomal RNA


分子量: 39921.641 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#3: RNA鎖 5.8S RNA


分子量: 50787.980 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
Ribosomal protein ... , 41種, 41分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#4: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL2 /


分子量: 28314.898 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#5: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL3 /


分子量: 44150.738 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#6: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL4 /


分子量: 45837.258 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#7: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL18 /


分子量: 35408.742 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#8: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL6 /


分子量: 21563.535 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#9: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL30 /


分子量: 30187.777 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#10: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL8 /


分子量: 31095.934 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#11: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL6 /


分子量: 21459.178 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#12: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL16 /


分子量: 24846.014 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#13: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL5 /


分子量: 20240.361 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#14: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL13 /


分子量: 39757.371 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#15: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL14 /


分子量: 15492.432 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#16: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL15 /


分子量: 24387.846 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#17: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL13 /


分子量: 31757.688 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#18: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL22 /


分子量: 22319.188 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#19: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL18 /


分子量: 21223.158 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#20: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL19 /


分子量: 22221.574 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#21: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL20 /


分子量: 21372.252 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#22: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL21 /


分子量: 17932.977 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#23: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL22 /


分子量: 15103.659 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#24: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL14 /


分子量: 14842.553 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#25: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL24 /


分子量: 17644.857 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#26: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL23 /


分子量: 18600.809 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#27: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL24 /


分子量: 16353.228 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#28: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL27 /


分子量: 16841.355 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#29: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL15 /


分子量: 16384.355 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#30: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL29 /


分子量: 6387.679 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#31: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL30 /


分子量: 11682.658 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#32: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL31 /


分子量: 14389.729 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#33: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL32 /


分子量: 15652.334 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#34: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL33 /


分子量: 12873.091 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#35: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL34 /


分子量: 15427.309 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#36: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uL29 /


分子量: 14231.108 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#37: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL36 /


分子量: 11437.687 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#38: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL37 /


分子量: 11256.210 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#39: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL38 /


分子量: 9606.386 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#40: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL39 /


分子量: 6172.519 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#41: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL40 /


分子量: 14714.291 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#42: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL42 /


分子量: 12098.689 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#43: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL43 /


分子量: 10426.384 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#44: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL28 /


分子量: 14787.717 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

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詳細

配列の詳細Sequences used in this study were derived from Toxoplasma gondii RH strain, which were not ...Sequences used in this study were derived from Toxoplasma gondii RH strain, which were not available at UNIPROT at the time of data processing.

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome / タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 3.17 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108162 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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