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- PDB-5xxb: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5xxb
タイトルLarge subunit of Toxoplasma gondii ribosome
記述子uL2, uL3, uL4, uL18, eL6, uL30, eL8, uL6, uL16, uL5, eL13, eL14, eL15, uL13, uL22, eL18, eL19, eL20, eL21, eL22, uL14, eL24, uL23, uL24, eL27, uL15, eL29, eL30, eL31, eL32, eL33, eL34, uL29, eL36, eL37, eL38, eL39, eL40, eL42, eL43, eL28/RNA Complex
キーワードRIBOSOME / parasitic ribosome / rRNA / rproteins
試料の由来Toxoplasma gondii / 真核生物 / トキソプラズマ, トクソプラズマ・ゴンディイ /
手法電子顕微鏡 (3.17 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用Cell Res., 2017

Cell Res., 2017 StrPapers
Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月3日 / 公開: 2017年8月30日

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集合体

登録構造単位
1: 25S RNA
3: 5S RNA
4: 5.8S RNA
A: Ribosomal protein uL2
B: Ribosomal protein uL3
C: Ribosomal protein uL4
D: Ribosomal protein uL18
E: Ribosomal protein eL6
F: Ribosomal protein uL30
G: Ribosomal protein eL8
H: Ribosomal protein uL6
I: Ribosomal protein uL16
J: Ribosomal protein uL5
K: Ribosomal protein eL13
L: Ribosomal protein eL14
M: Ribosomal protein eL15
N: Ribosomal protein uL13
O: Ribosomal protein uL22
P: Ribosomal protein eL18
Q: Ribosomal protein eL19
R: Ribosomal protein eL20
S: Ribosomal protein eL21
T: Ribosomal protein eL22
U: Ribosomal protein uL14
V: Ribosomal protein eL24
W: Ribosomal protein uL23
X: Ribosomal protein uL24
Y: Ribosomal protein eL27
Z: Ribosomal protein uL15
a: Ribosomal protein eL29
b: Ribosomal protein eL30
c: Ribosomal protein eL31
d: Ribosomal protein eL32
e: Ribosomal protein eL33
f: Ribosomal protein eL34
g: Ribosomal protein uL29
h: Ribosomal protein eL36
i: Ribosomal protein eL37
j: Ribosomal protein eL38
k: Ribosomal protein eL39
l: Ribosomal protein eL40
n: Ribosomal protein eL42
o: Ribosomal protein eL43
p: Ribosomal protein eL28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,027,34644
ポリマ-2,027,34644
非ポリマ-00
0
#1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)361790
ΔGint (kcal/M)-3074
Surface area (Å2)621290

-
構成要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 134

#1: RNA鎖25S RNA


分子量: 1120153.125 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#2: RNA鎖5S RNA


分子量: 39921.641 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#3: RNA鎖5.8S RNA


分子量: 50787.980 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii

+
Ribosomal protein ... , 41種, 41分子 ABCDEFGHIJ...

#4: L型ポリペプチドRibosomal protein uL2


分子量: 28314.898 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#5: L型ポリペプチドRibosomal protein uL3


分子量: 44150.738 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#6: L型ポリペプチドRibosomal protein uL4


分子量: 45837.258 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#7: L型ポリペプチドRibosomal protein uL18


分子量: 35408.742 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#8: L型ポリペプチドRibosomal protein eL6


分子量: 21563.535 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#9: L型ポリペプチドRibosomal protein uL30


分子量: 30187.777 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#10: L型ポリペプチドRibosomal protein eL8


分子量: 31095.934 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#11: L型ポリペプチドRibosomal protein uL6


分子量: 21459.178 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#12: L型ポリペプチドRibosomal protein uL16


分子量: 24846.014 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#13: L型ポリペプチドRibosomal protein uL5


分子量: 20240.361 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#14: L型ポリペプチドRibosomal protein eL13


分子量: 39757.371 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#15: L型ポリペプチドRibosomal protein eL14


分子量: 15492.432 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#16: L型ポリペプチドRibosomal protein eL15


分子量: 24387.846 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#17: L型ポリペプチドRibosomal protein uL13


分子量: 31757.688 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#18: L型ポリペプチドRibosomal protein uL22


分子量: 22319.188 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#19: L型ポリペプチドRibosomal protein eL18


分子量: 21223.158 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#20: L型ポリペプチドRibosomal protein eL19


分子量: 22221.574 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#21: L型ポリペプチドRibosomal protein eL20


分子量: 21372.252 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#22: L型ポリペプチドRibosomal protein eL21


分子量: 17932.977 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#23: L型ポリペプチドRibosomal protein eL22


分子量: 15103.659 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#24: L型ポリペプチドRibosomal protein uL14


分子量: 14842.553 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#25: L型ポリペプチドRibosomal protein eL24


分子量: 17644.857 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#26: L型ポリペプチドRibosomal protein uL23


分子量: 18600.809 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#27: L型ポリペプチドRibosomal protein uL24


分子量: 16353.228 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#28: L型ポリペプチドRibosomal protein eL27


分子量: 16841.355 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#29: L型ポリペプチドRibosomal protein uL15


分子量: 16384.355 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#30: L型ポリペプチドRibosomal protein eL29


分子量: 6387.679 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#31: L型ポリペプチドRibosomal protein eL30


分子量: 11682.658 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#32: L型ポリペプチドRibosomal protein eL31


分子量: 14389.729 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#33: L型ポリペプチドRibosomal protein eL32


分子量: 15652.334 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#34: L型ポリペプチドRibosomal protein eL33


分子量: 12873.091 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#35: L型ポリペプチドRibosomal protein eL34


分子量: 15427.309 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#36: L型ポリペプチドRibosomal protein uL29


分子量: 14231.108 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#37: L型ポリペプチドRibosomal protein eL36


分子量: 11437.687 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#38: L型ポリペプチドRibosomal protein eL37


分子量: 11256.210 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#39: L型ポリペプチドRibosomal protein eL38


分子量: 9606.386 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#40: L型ポリペプチドRibosomal protein eL39


分子量: 6172.519 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#41: L型ポリペプチドRibosomal protein eL40


分子量: 14714.291 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#42: L型ポリペプチドRibosomal protein eL42


分子量: 12098.689 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#43: L型ポリペプチドRibosomal protein eL43


分子量: 10426.384 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii
#44: L型ポリペプチドRibosomal protein eL28


分子量: 14787.717 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii

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詳細

配列の詳細Sequences used in this study were derived from Toxoplasma gondii RH strain, which were not available at UNIPROT at the time of data processing.

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

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試料調製

構成要素名称: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome / タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 3.17 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108162 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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