[日本語] English
万見
- PDB-3oto: Crystal Structure of the 30S ribosomal subunit from a KsgA mutant... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oto
タイトルCrystal Structure of the 30S ribosomal subunit from a KsgA mutant of Thermus thermophilus (HB8)
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • 16S rRNA
キーワードRIBOSOME / 30S ribosomal subunit / KsgA Knock-out / Post transcriptional rRNA modification / Antibiotic resistance / Decoding / decoding of genetic code / tRNA / mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain ...S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / S15/NS1, RNA-binding / Helix hairpin bin / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / K homology (KH) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S14, type Z / Double Stranded RNA Binding Domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Few Secondary Structures / Irregular / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...: / : / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein Thx / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Demirci, H. / Murphy IV, F. / Belardinelli, R. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Modification of 16S ribosomal RNA by the KsgA methyltransferase restructures the 30S subunit to optimize ribosome function.
著者: Demirci, H. / Murphy, F. / Belardinelli, R. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.
履歴
登録2010年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
C: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
D: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
E: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
I: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
J: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
K: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
L: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
M: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
N: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
O: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
P: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
Q: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
R: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
S: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
T: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
U: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)787,726159
ポリマ－783,66821
非ポリマー4,058138
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)402.089, 402.089, 173.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 155076

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 13446664, UniProt: P80371*PLUS
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 13446666, UniProt: P80372*PLUS
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 13446668, UniProt: P80374*PLUS
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 4519421, UniProt: P80376*PLUS
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P17293, UniProt: Q5SHN3*PLUS
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 4519420, UniProt: P80377*PLUS
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80379, UniProt: Q5SJH3*PLUS
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P24321, UniProt: P0DOY7*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80382, UniProt: Q5SLQ0*PLUS
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P32193, UniProt: Q5SIH3*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 138分子

#22: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#23: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#24: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHOR HAS INDICATED THAT THE UNIPROT ENTRY FOR CHAIN T HAS A SEQUENCING ERROR AND THAT VAL 41 IS CORRECT.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月6日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.2 % / Av σ(I) over netI: 9.74 / 数: 476713 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.39 / D res high: 3.7 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 148472 / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
9.933091.610.0722.0963.1
7.939.9395.210.0751.9623.1
6.947.9397.610.081.7873.1
6.316.9498.310.11.7823.1
5.866.3198.810.1131.6913.2
5.525.8699.110.1171.6113.2
5.245.5299.210.1231.4833.2
5.025.2499.310.1331.4473.2
4.825.0299.310.1451.3533.3
4.664.8299.310.1621.3143.2
4.514.6699.210.181.2633.3
4.394.5199.210.2091.1923.3
4.274.3999.210.2351.1763.3
4.174.279910.2791.1083.3
4.074.1798.810.3231.1533.3
3.994.0798.710.3771.143.3
3.913.9998.610.4211.1863.3
3.833.9198.210.4621.1033.2
3.763.8397.710.551.0993.2
3.73.7697.310.5891.0963.1
反射解像度: 3.69→30 Å / Num. obs: 148472 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.395 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.69-3.763.10.5891.872281.09697.3
3.76-3.833.20.5572941.09997.7
3.83-3.913.20.46273531.10398.2
3.91-3.993.30.42173801.18698.6
3.99-4.073.30.37773981.1498.7
4.07-4.173.30.32373981.15398.8
4.17-4.273.30.27974161.10899
4.27-4.393.30.23574691.17699.2
4.39-4.513.30.20974531.19299.2
4.51-4.663.30.1874331.26399.2
4.66-4.823.20.16274891.31499.3
4.82-5.023.30.14574601.35399.3
5.02-5.243.20.13375181.44799.3
5.24-5.523.20.12374881.48399.2
5.52-5.863.20.11775071.61199.1
5.86-6.313.20.11375051.69198.8
6.31-6.943.10.175091.78298.3
6.94-7.933.10.0874791.78797.6
7.93-9.933.10.07573571.96295.2
9.93-303.10.07273382.09691.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VQE

2vqe


解像度: 3.69→29.842 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8534 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 7073 5.04 %
Rwork0.1728 --
obs0.1757 140210 92.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.448 Å2 / ksol: 0.223 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 403.91 Å2 / Biso mean: 127.0008 Å2 / Biso min: 17.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.5355 Å2-0 Å20 Å2
2---12.5355 Å20 Å2
3---25.0709 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.69→29.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19126 32511 138 0 51775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00555830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75982876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07310405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.60425857
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.69-3.73180.32412010.26853685388679
3.7318-3.77560.34362080.25813910411882
3.7756-3.82160.31772020.24423914411683
3.8216-3.86990.29192190.23034009422885
3.8699-3.92070.26522080.21714117432587
3.9207-3.97430.25992220.21014150437288
3.9743-4.03090.27512630.21694191445489
4.0309-4.09090.26392480.21284201444989
4.0909-4.15470.27122500.19914214446490
4.1547-4.22260.24661960.18824402459892
4.2226-4.29520.24912050.16634404460992
4.2952-4.37310.22392480.16354416466493
4.3731-4.45690.23672320.16444483471594
4.4569-4.54760.21392540.15784514476895
4.5476-4.64610.2062460.15744512475895
4.6461-4.75380.23742210.15234613483496
4.7538-4.87220.20412580.14774601485996
4.8722-5.00330.22252270.13934618484597
5.0033-5.14980.20092510.13984632488397
5.1498-5.31520.21292360.13784655489198
5.3152-5.5040.19752470.13054686493398
5.504-5.72290.20012640.13774690495498
5.7229-5.98140.19912410.13794739498098
5.9814-6.29390.20552710.14284667493898
6.2939-6.68410.21662300.14714744497498
6.6841-7.19350.2132440.14314738498298
7.1935-7.90520.19442340.14224741497597
7.9052-9.02130.21262550.16894644489995
9.0213-11.26340.24242440.17894657490194
11.2634-29.84310.24712480.2274590483890
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2128-0.0468-0.06950.3530.0670.22170.01520.0435-0.12880.18560.04430.12930.14430.044-0.04250.25930.03890.08060.16140.02720.2863143.025682.9878-12.4817
21.5787-0.34970.27810.0289-0.01510.09910.0579-1.05730.59540.00090.1312-0.18950.0144-0.017-0.17940.2151-0.13170.03751.1975-0.64670.7753222.1687128.21599.9025
30.2314-0.0206-0.35450.1278-0.11860.4269-0.1097-0.1192-0.314-0.03250.1372-0.33090.16070.19650.00910.36380.1286-0.00630.37970.05220.5973165.211470.9249-25.4416
40.50930.64370.03281.15510.36830.37690.1045-0.02640.3686-0.66970.32190.0419-0.5030.0459-0.36920.6781-0.11250.42180.2768-0.14040.7221164.6866157.8256-17.6023
50.3183-0.18540.39090.1602-0.10310.8063-0.1796-1.08050.25150.0190.4123-0.0301-0.0004-0.4525-0.11710.21740.06790.02042.3012-0.76090.4138197.7936135.186327.0948
60.42660.1929-0.00310.4482-0.02580.02050.0431-0.15880.03280.77050.0405-0.1381-0.08790.0672-0.09560.69010.20590.32480.0862-0.2355-0.4546141.5594108.409732.3771
70.41570.1776-0.13090.33450.31860.68250.2461-0.24440.15160.18530.00470.03760.0720.3195-0.21390.2889-0.06320.12060.3688-0.16960.2289155.6932124.56480.4871
80.49090.005-0.30650.11020.03680.2831-0.29740.42670.0582-0.22110.0028-0.00650.14240.08390.28631.04760.14190.0011.3942-0.03130.3785173.2907116.3009-87.7854
90.93150.15210.64370.3920.2010.44390.2970.56261.2450.0255-0.22490.17090.05780.0707-0.08220.6869-0.01090.33270.98790.06681.4204235.7985137.4501-31.1272
100.40150.0775-0.14020.1917-0.11980.3593-0.02360.01250.12880.02770.05170.2080.15280.0846-0.01670.35040.08560.09710.33260.09070.3347133.741124.1517-23.6094
110.1957-0.11220.0740.12160.00980.076-0.0184-0.12550.80750.00940.1265-0.08020.01790.1162-0.11020.4063-0.20730.15430.7567-0.73052.1845235.1824157.7259-6.5403
120.018-0.11050.11460.4989-0.03380.5806-0.4647-0.55560.6610.00330.2019-0.3393-0.0334-0.64790.26750.78140.1032-0.11161.9814-1.23131.7936221.5359153.752326.0262
130.7677-0.062-0.40890.0920.03420.2147-0.07540.24930.28410.00540.0723-0.11460.0712-0.1305-0.02580.49380.04330.14730.58880.03730.6638210.399119.051-64.426
140.2587-0.1104-0.20260.4751-0.18180.3174-0.1165-0.00990.03010.20120.0131-0.0631-0.0349-0.07380.05510.31180.173-0.04730.28160.0120.1932168.165980.28175.6513
150.0801-0.1085-0.17020.26280.02570.76040.2874-0.49380.4321-0.1634-0.0301-0.00380.08690.4069-0.23950.59030.2128-0.1271.3907-0.35951.2084263.5703112.06712.1967
160.1760.2557-0.23880.4944-0.32180.3595-0.2248-0.46660.27320.0327-0.3432-0.0703-0.0471-0.0610.40730.65410.0345-0.20742.0302-0.51690.8891219.5555125.956326.2799
170.6938-0.0171-0.04230.88820.4470.22430.16220.4372-0.0264-0.44640.17670.030.1590.4-0.27850.38510.015-0.13730.59470.02840.0527141.2906103.1235-64.1592
180.92090.7117-0.07020.6308-0.12460.12990.4995-0.03380.88940.3111-0.12990.70190.0431-0.0249-0.30710.7936-0.09710.45080.34440.00050.9592108.890877.620212.7988
190.14540.14990.17090.49560.02740.1828-0.0424-0.0732-0.0213-0.01540.12130.17720.0285-0.1707-0.11510.3937-0.0776-0.00270.44040.14060.5489125.882583.7347-38.0322
200.5125-0.11720.23930.1020.06481.11330.216-0.0490.1021-0.0863-0.1184-0.06980.1195-0.3998-0.05070.5150.09730.12040.68640.06180.4631180.1351129.5933-69.0458
210.3051-0.1398-0.04720.08-0.02010.1653-0.3501-0.8090.05880.00890.0716-0.041-0.0526-0.1570.17591.15640.1169-0.41552.25350.1181.3248248.842297.9930.0531
220.0460.00950.03710.28140.12010.23250.0607-0.01460.05480.18940.29450.44610.2033-0.0373-0.25150.6811-0.15730.13540.47550.2460.9555105.138444.7744-24.2175
230.03670.0235-0.01090.0156-0.00440.00370.0378-0.1195-0.00870.0059-0.07410.1152-0.01550.0740.02051.1787-0.0587-0.1141.5874-0.67021.6962250.9303129.31367.1849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 5:920A5 - 920
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 921:1400A921 - 1400
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 1401:1544A1401 - 1544
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resseq 6:241B6 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and resseq 2:208C2 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6chain D and resseq 2:209D2 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7chain E and resseq 5:155E5 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8chain F and resseq 1:101F1 - 101
9X-RAY DIFFRACTION9chain G and resseq 2:156G2 - 156
10X-RAY DIFFRACTION10chain H and resseq 1:138H1 - 138
11X-RAY DIFFRACTION11chain I and resseq 2:128I2 - 128
12X-RAY DIFFRACTION12chain J and resseq 3:101J3 - 101
13X-RAY DIFFRACTION13chain K and resseq 11:129K11 - 129
14X-RAY DIFFRACTION14chain L and resseq 5:129L5 - 129
15X-RAY DIFFRACTION15chain M and resseq 2:126M2 - 126
16X-RAY DIFFRACTION16chain N and resseq 2:61N2 - 61
17X-RAY DIFFRACTION17chain O and resseq 2:89O2 - 89
18X-RAY DIFFRACTION18chain P and resseq 1:84P1 - 84
19X-RAY DIFFRACTION19chain Q and resseq 2:105Q2 - 105
20X-RAY DIFFRACTION20chain R and resseq 16:88R16 - 88
21X-RAY DIFFRACTION21chain S and resseq 2:82S2 - 82
22X-RAY DIFFRACTION22chain T and resseq 8:106T8 - 106
23X-RAY DIFFRACTION23chain U and resseq 2:26U2 - 26

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る