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- PDB-3oto: Crystal Structure of the 30S ribosomal subunit from a KsgA mutant... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oto | ||||||
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Title | Crystal Structure of the 30S ribosomal subunit from a KsgA mutant of Thermus thermophilus (HB8) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RIBOSOME / 30S ribosomal subunit / KsgA Knock-out / Post transcriptional rRNA modification / Antibiotic resistance / Decoding / decoding of genetic code / tRNA / mRNA | ||||||
Function / homology | ![]() ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Demirci, H. / Murphy IV, F. / Belardinelli, R. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Modification of 16S ribosomal RNA by the KsgA methyltransferase restructures the 30S subunit to optimize ribosome function. Authors: Demirci, H. / Murphy, F. / Belardinelli, R. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
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-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 209.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2vqeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-RNA chain , 1 types, 1 molecules A
#1: RNA chain | Mass: 493958.281 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: cell / Source: (natural) ![]() ![]() |
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-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20 types, 20 molecules BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: Protein | Mass: 29317.703 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#3: Protein | Mass: 26751.076 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#5: Protein | Mass: 17583.416 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 3 types, 138 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#22: Chemical | ChemComp-MG / #23: Chemical | ChemComp-K / #24: Chemical | |
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-Details
Sequence details | THE AUTHOR HAS INDICATED THAT THE UNIPROT ENTRY FOR CHAIN T HAS A SEQUENCING |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.47 Å3/Da / Density % sol: 72.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: hanging drop / pH: 6.5 / Details: pH 6.5, hanging drop, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 6, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Kohzu HLD8-24 monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3.2 % / Av σ(I) over netI: 9.74 / Number: 476713 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.39 / D res high: 3.7 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 148472 / % possible obs: 98.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 3.69→30 Å / Num. obs: 148472 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.395 / Net I/σ(I): 10.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2VQE Resolution: 3.69→29.842 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8534 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / Phase error: 21.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.448 Å2 / ksol: 0.223 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.69→29.842 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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