[日本語] English
万見
- PDB-4yy3: 30S ribosomal subunit- HigB complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yy3
タイトル30S ribosomal subunit- HigB complex
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • 16S rRNA
  • Killer protein
キーワードRIBOSOME / Bacterial toxins / Stringent response / translational control / RNase
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Toxin HigB-1 / RelE-like toxin of type II toxin-antitoxin system HigB / RelE-like / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 ...Toxin HigB-1 / RelE-like toxin of type II toxin-antitoxin system HigB / RelE-like / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / S15/NS1, RNA-binding / Helix hairpin bin / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / K homology (KH) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S14, type Z / Double Stranded RNA Binding Domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS2 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Endoribonuclease HigB
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Schureck, M.A. / Maehigashi, T. / Dunham, C.M.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2016
タイトル: mRNA bound to the 30S subunit is a HigB toxin substrate.
著者: Schureck, M.A. / Maehigashi, T. / Miles, S.J. / Marquez, J. / Dunham, C.M.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
B: 30S ribosomal protein S2
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14 type Z
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
V: 30S ribosomal protein Thx
Y: Killer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)801,954218
ポリマ－797,10822
非ポリマー4,846196
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90820 Å2
ΔGint-760 kcal/mol
Surface area280230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)402.594, 402.594, 176.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: P0DOY6*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: P0DOY7*PLUS
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AY

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382
#22: タンパク質 Killer protein


分子量: 13713.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: higB / プラスミド: pBAD/Myc-HisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BW25113 / 参照: UniProt: Q7A225

-
非ポリマー , 2種, 196分子

#23: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#24: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14% MPD, 0.2 M KCL , 75 mM NH4Cl, 15 mM MgCl2 , 0.1M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: KOHZU DIAMOND MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 163739 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 109.99 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J5E

1j5e


解像度: 3.6→46.158 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 7843 4.79 %Inherited from 1J5E
Rwork0.2144 ---
obs0.2156 163571 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→46.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19930 32514 196 0 52640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00756646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22883971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.33226170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10310522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0145029
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.64090.34892570.31135150X-RAY DIFFRACTION100
3.6409-3.68370.33512620.30265211X-RAY DIFFRACTION100
3.6837-3.72860.31622860.29515167X-RAY DIFFRACTION100
3.7286-3.77580.31252850.27735156X-RAY DIFFRACTION100
3.7758-3.82550.29992360.26995281X-RAY DIFFRACTION100
3.8255-3.87780.25952420.25645146X-RAY DIFFRACTION100
3.8778-3.93320.29182750.25825199X-RAY DIFFRACTION99
3.9332-3.99190.29012510.25225235X-RAY DIFFRACTION100
3.9919-4.05420.26872760.25485170X-RAY DIFFRACTION100
4.0542-4.12060.27882800.24335170X-RAY DIFFRACTION100
4.1206-4.19170.27852510.2285253X-RAY DIFFRACTION100
4.1917-4.26780.2712570.22975201X-RAY DIFFRACTION100
4.2678-4.34990.27222720.22265199X-RAY DIFFRACTION100
4.3499-4.43860.25452780.22215178X-RAY DIFFRACTION99
4.4386-4.5350.23612850.21815190X-RAY DIFFRACTION99
4.535-4.64040.22222560.20965207X-RAY DIFFRACTION99
4.6404-4.75630.22352280.20625217X-RAY DIFFRACTION99
4.7563-4.88480.23892410.20115273X-RAY DIFFRACTION99
4.8848-5.02840.2262740.19755159X-RAY DIFFRACTION99
5.0284-5.19050.19992480.1995224X-RAY DIFFRACTION99
5.1905-5.37570.21692420.19115226X-RAY DIFFRACTION99
5.3757-5.59060.21962460.19165236X-RAY DIFFRACTION99
5.5906-5.84460.21232630.18515212X-RAY DIFFRACTION99
5.8446-6.1520.20322350.1875221X-RAY DIFFRACTION98
6.152-6.53650.21942560.19195219X-RAY DIFFRACTION98
6.5365-7.03950.21452680.18325216X-RAY DIFFRACTION98
7.0395-7.7450.22382750.18365182X-RAY DIFFRACTION97
7.745-8.85880.2312780.19495160X-RAY DIFFRACTION96
8.8588-11.13520.19832670.1995153X-RAY DIFFRACTION95
11.1352-46.1620.2222730.21654917X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24380.2444-0.07780.6091-0.0260.34830.0336-0.1078-0.07020.27710.05340.21240.1197-0.0305-0.0770.73080.0910.16650.61150.06950.8272132.036675.19077.3605
20.6009-0.0372-0.21340.25550.00120.35720.05370.2460.0629-0.14770.0323-0.0311-0.04460.0358-0.09880.58510.0450.09260.6908-0.01250.5867170.5718111.3016-51.3805
30.7842-0.17260.01160.3952-0.07180.1872-0.0087-0.34470.270.17230.0813-0.2187-0.09450.1626-0.07390.7983-0.05130.06071.0236-0.31430.91220.6473133.37745.2587
43.66732.5613-0.65182.2267-0.42070.2590.0354-0.1955-0.74430.1255-0.0059-0.58440.1270.0743-0.03030.7670.16110.0050.72410.020.7473166.403871.6798-25.4683
55.3624-1.7714-4.2225.2071.54316.12810.5617-1.21411.24920.51770.1986-0.0569-0.33980.5409-0.75440.5687-0.06970.08530.6705-0.21190.5887167.9778128.96293.6954
67.47260.27591.00495.2801-5.96197.38040.4279-0.31720.8410.0768-0.01990.6219-0.2106-0.702-0.42950.43660.00340.09440.4996-0.15280.7617146.0653120.6828-1.4441
75.2748-1.01443.1892.6662-2.16058.423-0.2085-0.10450.21370.2918-0.08710.0711-0.2084-0.11540.28930.4802-0.10290.21930.3852-0.12750.4645149.5203124.6049-2.538
85.3244-4.71185.19465.0028-3.37826.8470.1593-0.6117-0.2304-0.12140.41970.39970.6088-0.2716-0.55260.61440.01480.09260.62850.07980.5713153.326491.0139-15.9421
92.6283.8501-0.20587.63771.87362.5105-0.15920.6381-0.3174-0.11240.1675-0.31790.35030.7407-0.04830.59270.1554-0.00610.89910.03130.5661174.700477.94196.7489
103.06521.0602-2.05018.50211.752.11430.0868-1.5470.46721.30260.4595-1.18771.15371.721-0.55220.81630.1652-0.28881.19080.03130.9311171.461683.285925.4345
112.78480.71272.5381.7202-0.18987.3250.12380.0722-0.1615-0.33180.23480.1860.8705-0.0723-0.36250.8609-0.09750.10530.45580.13210.8044112.105741.9953-17.1389
124.31974.18425.15854.92454.50116.5689-0.1633-0.14340.9792-0.34710.1131.3270.659-0.24880.06010.885-0.11110.12030.78260.26631.162102.614448.6635-23.2427
139.7868-2.91724.96433.76922.9769.3716-0.87770.03390.313-0.3455-0.16231.0950.11540.14591.03030.8049-0.1922-0.09931.15530.57271.365297.283949.9677-37.6436
140.1716-0.12460.13950.9347-0.40780.19430.00430.00730.03240.22980.11740.5178-0.0438-0.2441-0.12470.70860.05210.20280.73330.07191.0877121.722101.4671-12.5371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1((chain A and (resid 5:560)) or (chain D) or (chain P) or (chain Q))
2X-RAY DIFFRACTION2((chain A and ((resid 561:587) or (resid 654:920))) or (chain O) or (chain R) or (chain K) or (chain F) or (chain H))
3X-RAY DIFFRACTION3((chain A and (resid 921:1400)) or (chain C) or (chain I) or (chain G) or (chain M) or (chain S) or (chain B) or (chain N))
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and (resid 1401:1544))
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and (resid 5:69))
6X-RAY DIFFRACTION6(chain E and (resid 70:101))
7X-RAY DIFFRACTION7(chain E and (resid 102:154))
8X-RAY DIFFRACTION8(chain L and (resid 5:28))
9X-RAY DIFFRACTION9(chain L and (resid 29:105))
10X-RAY DIFFRACTION10(chain L and (resid 106:128))
11X-RAY DIFFRACTION11(chain T and (resid 8:50))
12X-RAY DIFFRACTION12(chain T and (resid 51:83))
13X-RAY DIFFRACTION13(chain T and (resid 84:106))
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and (resid 588:653))

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る