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- EMDB-6788: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 6788
タイトルSmall subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
試料Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
由来Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス
マップデータ
手法単粒子再構成法, 3.35Å分解能
データ登録者Li Z / Guo Q
引用Cell Res., 2017

Cell Res., 2017 StrPapers
Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao

構造検証レポートPDB-ID: 5xyi

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月8日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年8月30日 / マップ公開: 2017年8月30日 / 最新の更新: 2017年8月30日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.036
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.036
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5xyi
  • 表面レベル: 0.036
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
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断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
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添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_6788.map.gz (map file in CCP4 format, 131073 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
320 pix
1.32 Å/pix.
= 422.4 Å
320 pix
1.32 Å/pix.
= 422.4 Å
320 pix
1.32 Å/pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面のレベル:0.036 (by author), 0.036 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.13911201 - 0.26773617
平均 (標準偏差)0.00029812296 (0.005232952)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions320320320
Origin000
Limit319319319
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-190
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1390.2680.000

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_6788_msk_1.map ( map file in CCP4 format, 131073 KB )
投影像・断面図
ZYX
投影像
断面 (1/2)
密度ヒストグラム
Data typeImage stored as Reals
Space group number1

-
マスク #1~

ファイルemd_6788_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX
投影像
断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome

全体名称: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / 構成要素数: 35

+
構成要素 #1: タンパク質, Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome

タンパク質名称: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / 組換発現: No
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #2: 核酸, 18S

核酸名称: 18S / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
ACUUGGUUGA UCCUGCCAAG GAAGCACACU UAGGUCAUAG AUUAAGCCAU GCAAGUGUUA GUUCAGGUAA CGAAACUGCG AAUAGCUCAU UAAUACGCUC AGAAUCUAUU UGGCGGCGAC CAACAGGUCU UAAAUGGAUA GCAGCAGCAA CUCUGGUGCU AAUACAUGCG AUUGUUUCUC CAGAUGUGAA UUAUGGAGGA AAAGUUGACC UCAUCAGAGG CACGCCAUUC GACUGAGUGA CCUAUCAGCU UGUACUUAGG GUCUUUACCU AGGUAGGCUA UCACGGGUAA CGGGCGGUUA CCGUCGGACU GCCGGAGAAG GCGCCUGAGA GAUAGCGACU AUAUCCACGG GUAGCAGCAG GCGCGAAACU UUCCCACUCG AGACUUUCGG AGGAGGUAAU GACCAGUUCC AUUGGUGCCU UUUGGUACUG UGGAUAGGGG UACGGUUUUC CACCGUACCG AAACCUAGCA GAGGGCCAGU CUGGUGCCAG CAGCUGCGGU AAUUCCAGCU CUGCGAGUUU GCUCCCAUAU UGUUGCAGUU AAAACGCCCG UAGUCUGAAU UGGCCAGCAA UGGUCGUACG UAUUUUUACG UUCACUGUGA ACAAAUCAGG ACGCUUAGAG UAUGGCCACA UGAAUGACUC AGCGCAGUAU GAAGUCUUUG UUUUCUUCCG AAAACAAGCU CAAUGAGAGC CAUCGGGGGU AGAUCUAUCU CAUGACGAGU GGUGGAAUAC UUUGACUCAU GAGAGAGAAG CUGAGGCGAA GGCGUCUACC UAGAGGGUUU CUGUCGAUCA AGGGCGAGAG UAGGAGUAUC CAACAGGAUU AGAGACCCUG GUAGUUCCUA CCUUAAACGA UGCCGACAGG AGUUUGUCAU UUGUUAAUGG CAGAAUCUUU GGAGAAAUCA UAGUUCUUGG GCUCUGGGGG AAAUACGACC GCAAGGCUGA AACUUGAAGG AAUUGACGGA AGGGCACACC AGGGGUGGAG CCUGUGGCUU AAUUUGAAUC AACACGGGGA AACUACCCAG GACCAGAUGU UUUUUAUGAC UGACAGGCUU CGGGUCUUUC AGGAUAUUGU UUUUGGUGGU GCAUGGCCGU UGGUGGUGCG UGGGUUGACC UGUCUAGCGU UGAUUCAGCU AACGAGCGAG AUUAUCGCCA AUUAUUUACU UUGCCGAAGU CCUUCGGUUA AAGUUCUAAU UGGGACUCCC UGCGAUUUUA GCAGGUGGAA GAGGGUAGCA AUAACAGGUC CGUGAUGCCC UUUAGAUGCU CUGGGCUGCA CGCGUGCUAC AAUGUUAGGA UCAAUAGGAC UGCGAGCCUG AGAGGGUGCG CUACUCUUAU AAUCCCUAAC GUAGUUGGGA UUGACGUUUG UAAUCAGCGU CAUGAACCAG GAAUCCCUUG UAAAUGUGUG UCAACAACGC ACGUUGAAUA CGUCCCUGCC CUUUGUACAC ACCGCCCGUC GCUCCUACCG AUUGGAUGAC UCGGUGAAAU CACCGGAUGC UUACGAGCAG AAAGUGAUUA AAUCACGUUA UCUAGAGGAA GGAGAAGUCG UAACAAGGUA ACGGUAGGUG AACCUGCCGU UGGAUCA
分子量理論値: 508.656188 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #3: タンパク質, 40S ribosomal protein SA

タンパク質名称: 40S ribosomal protein SA / 組換発現: No
分子量理論値: 28.584676 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #4: タンパク質, Ribosomal protein S3Ae, putative

タンパク質名称: Ribosomal protein S3Ae, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 28.085471 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #5: タンパク質, Uncharacterized protein

タンパク質名称: Uncharacterized protein / 組換発現: No
分子量理論値: 30.083736 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #6: タンパク質, Ribosomal protein S3, putative

タンパク質名称: Ribosomal protein S3, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 24.505658 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #7: タンパク質, 40S ribosomal protein S4

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S4 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.589561 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #8: タンパク質, 40s ribosomal protein S5-B, putative

タンパク質名称: 40s ribosomal protein S5-B, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 21.672889 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #9: タンパク質, 40S ribosomal protein S6

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S6 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.583883 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #10: タンパク質, 40S ribosomal protein S7, putative

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S7, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 18.708568 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #11: タンパク質, 40S ribosomal protein S8

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S8 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.118488 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #12: タンパク質, Uncharacterized protein

タンパク質名称: Uncharacterized protein / 組換発現: No
分子量理論値: 21.811295 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #13: タンパク質, Plectin/S10 domain containing protein

タンパク質名称: Plectin/S10 domain containing protein / 組換発現: No
分子量理論値: 16.251438 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #14: タンパク質, Uncharacterized protein

タンパク質名称: Uncharacterized protein / 組換発現: No
分子量理論値: 18.015252 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #15: タンパク質, Ribosomal protein L7Ae, putative

タンパク質名称: Ribosomal protein L7Ae, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 13.714954 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #16: タンパク質, 40S ribosomal protein S13, putative

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S13, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 17.071031 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #17: タンパク質, Ribosomal protein S14

タンパク質名称: Ribosomal protein S14 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.689012 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #18: タンパク質, Ribosomal protein S19, putative

タンパク質名称: Ribosomal protein S19, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 16.28608 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #19: タンパク質, 40S ribosomal protein S16, putative

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S16, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 15.626175 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #20: タンパク質, 40S ribosomal protein S17-B, putative

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S17-B, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 14.964434 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #21: タンパク質, Ribosomal protein S13p/S18e, putative

タンパク質名称: Ribosomal protein S13p/S18e, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 17.564523 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #22: タンパク質, Ribosomal protein S19e, putative

タンパク質名称: Ribosomal protein S19e, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 16.584188 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #23: タンパク質, Ribosomal protein S10p/S20e, putative

タンパク質名称: Ribosomal protein S10p/S20e, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 13.933201 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #24: タンパク質, 40S ribosomal protein S21

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S21 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.85313 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #25: タンパク質, Ribosomal protein S15a

タンパク質名称: Ribosomal protein S15a / 組換発現: No
分子量理論値: 14.583213 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #26: タンパク質, 40S ribosomal protein S23, putative

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S23, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 15.592457 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #27: タンパク質, Ribosomal protein S24e, putative

タンパク質名称: Ribosomal protein S24e, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 16.069884 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #28: タンパク質, Uncharacterized protein

タンパク質名称: Uncharacterized protein / 組換発現: No
分子量理論値: 12.645859 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #29: タンパク質, 40S ribosomal protein S26

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S26 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.889256 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #30: タンパク質, 40S ribosomal protein S27

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S27 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.467907 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #31: タンパク質, Uncharacterized protein

タンパク質名称: Uncharacterized protein / 組換発現: No
分子量理論値: 7.650717 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #32: タンパク質, 40S ribosomal protein S29, putative

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S29, putative / 組換発現: No
分子量理論値: 6.8431 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #33: タンパク質, 40S ribosomal protein S30

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S30 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.919079 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #34: タンパク質, Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative

タンパク質名称: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative
組換発現: No
分子量理論値: 37.151832 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

+
構成要素 #35: タンパク質, eL41

タンパク質名称: eL41 / 組換発現: No
分子量理論値: 3.354243 kDa
由来生物種: Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
試料溶液pH: 7.4
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 2 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 57162
3次元再構成分解能: 3.35 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSCプロット (分解能の見積もり)

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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