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万見
- EMDB-4241: Cryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4241
タイトルCryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The core Centromere Binding Factor 3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Suppressor of kinetochore protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
キーワードCentromere / CDEIII-binding / LRR domain / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis / kinetochore assembly / vacuolar acidification / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / protein neddylation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitochondrial fusion / regulation of metabolic process / DNA binding, bending / silent mating-type cassette heterochromatin formation / exit from mitosis / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Orc1 removal from chromatin / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / DNA replication origin binding / regulation of protein-containing complex assembly / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of cytoplasmic translation / endomembrane system / regulation of mitotic cell cycle / kinetochore / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / SKP1 component, dimerisation ...: / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Suppressor of kinetochore protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang WJ / Lukoynova N / Vaughan C
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J007595/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Insights into Centromere DNA Bending Revealed by the Cryo-EM Structure of the Core Centromere Binding Factor 3 with Ndc10.
著者: Wenjuan Zhang / Natalya Lukoyanova / Shomon Miah / Jonathan Lucas / Cara K Vaughan /
要旨: The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the ...The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the kinetochore in these organisms, as it facilitates genetic centromere specification and allows association of all other kinetochore components. We determined high-resolution structures of the core complex of CBF3 alone and in association with a monomeric construct of Ndc10, using cryoelectron microscopy (cryo-EM). We identify the DNA-binding site of the complex and present a model in which CBF3 induces a tight bend in centromeric DNA, thus facilitating assembly of the centromeric nucleosome.
履歴
登録2017年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月10日-
マップ公開2018年8月1日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0664
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0664
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6fe8
  • 表面レベル: 0.0664
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4241.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4241.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0664 / ムービー #1: 0.0664
最小 - 最大-0.18915181 - 0.3365617
平均 (標準偏差)0.00065497926 (±0.0142806135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 211.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.000212.000212.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1890.3370.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4241_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the final map, which was used for FSC calculation.

ファイルemd_4241_half_map_1.map
注釈Half map of the final map, which was used for FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The other half map of the final map,...

ファイルemd_4241_half_map_2.map
注釈The other half map of the final map, which was used for FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The core Centromere Binding Factor 3 complex

全体名称: The core Centromere Binding Factor 3 complex
要素
  • 複合体: The core Centromere Binding Factor 3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Suppressor of kinetochore protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C

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超分子 #1: The core Centromere Binding Factor 3 complex

超分子名称: The core Centromere Binding Factor 3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The core CBF3 complex, recombinantly expressed in Saccharomyces cerevisiae. It comprises a Cep3 homodimer, in which the binuclear zinc cluster domains are truncated, and full length Skp1 and Ctf13 components.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 220 KDa

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分子 #1: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B

分子名称: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Model is numbered according to / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 68.454125 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGGSSHHHHH HSSGLVPRGS HMKLITASSS KEYLPDLLLF WQNYEYWITN IGLYKTKQRD LTRTPANLDT DTEECMFWMN YLQKDQSFQ LMNFAMENLG ALYFGSIGDI SELYLRVEQY WDRRADKNHS VDGKYWDALI WSVFTMCIYY MPVEKLAEIF S VYPLHEYL ...文字列:
MGGSSHHHHH HSSGLVPRGS HMKLITASSS KEYLPDLLLF WQNYEYWITN IGLYKTKQRD LTRTPANLDT DTEECMFWMN YLQKDQSFQ LMNFAMENLG ALYFGSIGDI SELYLRVEQY WDRRADKNHS VDGKYWDALI WSVFTMCIYY MPVEKLAEIF S VYPLHEYL GSNKRLNWED GMQLVMCQNF ARCSLFQLKQ CDFMAHPDIR LVQAYLILAT TTFPYDEPLL ANSLLTQCIH TF KNFHVDD FRPLLNDDPV ESIAKVTLGR IFYRLCGCDY LQSGPRKPIA LHTEVSSLLQ HAAYLQDLPN VDVYREENST EVL YWKIIS LDRDLDQYLN KSSKPPLKTL DAIRRELDIF QYKVDSLEED FRSNNSRFQK FIALFQISTV SWKLFKMYLI YYDT ADSLL KVIHYSKVII SLIVNNFHAK SEFFNRHPMV MQTITRVVSF ISFYQIFVES AAVKQLLVDL TELTANLPTI FGSKL DKLV YLTERLSKLK LLWDKVQLLD SGDSFYHPVF KILQNDIKII ELKNDEMFSL IKGLGSLVPL NKLRQESLLE EEDENN TEP SDFRTIVEEF QSEYNISDIL S

UniProtKB: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B

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分子 #2: Suppressor of kinetochore protein 1

分子名称: Suppressor of kinetochore protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.558451 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGVTSNVVLV SGEGERFTVD KKIAERSLLL KNYLNDMHDS NLQNNSDSES DSDSETNHKS KDNNNGDDDD EDDDEIVMPV PNVRSSVLQ KVIEWAEHHR DSNFPDEDDD DSRKSAPVDS WDREFLKVDQ EMLYEIILAA NYLNIKPLLD AGCKVVAEMI R GRSPEEIR ...文字列:
MGVTSNVVLV SGEGERFTVD KKIAERSLLL KNYLNDMHDS NLQNNSDSES DSDSETNHKS KDNNNGDDDD EDDDEIVMPV PNVRSSVLQ KVIEWAEHHR DSNFPDEDDD DSRKSAPVDS WDREFLKVDQ EMLYEIILAA NYLNIKPLLD AGCKVVAEMI R GRSPEEIR RTFNIVNDFT PEEEAAIRRE NEWAEDRGS

UniProtKB: Suppressor of kinetochore protein 1

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分子 #3: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C

分子名称: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 60.899961 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGPSFNPVRF LELPIDIRKE VYFHLDGNFC GAHPYPIDIL YKSNDVELPG KPSYKRSKRS KKLLRYMYPV FATYLNIFEY SPQLIEKWL EYAFWLRYDC LVLDCFKVNH LYDGTLIDAL EWTYLDNELR LAYFNKASML EVWYTFKEYK KWVIDSVAFD E LDLLNVSN ...文字列:
MGPSFNPVRF LELPIDIRKE VYFHLDGNFC GAHPYPIDIL YKSNDVELPG KPSYKRSKRS KKLLRYMYPV FATYLNIFEY SPQLIEKWL EYAFWLRYDC LVLDCFKVNH LYDGTLIDAL EWTYLDNELR LAYFNKASML EVWYTFKEYK KWVIDSVAFD E LDLLNVSN IQFNIDNLTP QLVDKCLSIL EQKDLFATIG EVQFGQDEEV GEEKDVDVSG ANSDENSSPS STIKNKKRSA SK RSHSDNG NVGATHNQLT SISVIRTIRS MESMKSLRKI TVRGEKLYEL LINFHGFRDN PGKTISYIVK RRINEIRLSR MNQ ISRTGL ADFTRWDNLQ KLVLSRVAYI DLNSIVFPKN FKSLTMKRVS KIKWWNIEEN ILKELKVDKR TFKSLYIKED DSKF TKFFN LRHTRIKELD KSEINQITYL RCQAIVWLSF RTLNHIKLQN VSEVFNNIIV PRALFDSKRV EIYRCEKISQ VLVIG SRSG SENLYFQGSK RRWKKNFIAV SAANRFKKIS SSGAL

UniProtKB: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
15.0 mMTris base
2.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I
詳細The sample is homogeneous and well-dispersed on grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 1236 / #0 - 平均露光時間: 0.4 sec. / #0 - 平均電子線量: 4.6 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: COUNTING / #1 - デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 1101 / #1 - 平均露光時間: 0.375 sec. / #1 - 平均電子線量: 4.06 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
Image recording ID1
詳細The selected images were high-pass filtered and normalized.
粒子像選択選択した数: 139303
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An ovoid generated from SPIDER was used as an initial model for 3D classification.
最終 再構成使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: 3D auto-refinement of all the good particles from 2D classification, provided a reconstruction at 4.7 angstrom overall resolution. After post-process by RELION and sharpened by a negative B- ...詳細: 3D auto-refinement of all the good particles from 2D classification, provided a reconstruction at 4.7 angstrom overall resolution. After post-process by RELION and sharpened by a negative B-factor using an automated procedure resulting in a 4.1 angstrom reconstruction.
使用した粒子像数: 69392
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 17348 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: The automatically picked particles were screened manually followed by reference-free 2D classification, which yielded 69,392 particles for subsequent 3D classification.
FSC曲線 (解像度の算出)

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画像解析 #2

Image processing ID2
Image recording ID2
詳細The selected images were high-pass filtered and normalized.
粒子像選択選択した数: 289281
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An ovoid generated from SPIDER was used as an initial model for 3D classification.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: 187, 606 particles were in the best two 3D classes. 3D auto-refinement of the 3D joined classes against the corresponding particles resulted in a final reconstruction.
使用した粒子像数: 187606
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 94038 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: After joining the two dataset of selection from 2D classification , 282,116 particles were input to 3D classification using an initial 3D reference obtained by low pass-filtering the ...詳細: After joining the two dataset of selection from 2D classification , 282,116 particles were input to 3D classification using an initial 3D reference obtained by low pass-filtering the reconstruction of map from the first dataset, resulting two best 3D classes, which in total contain 67 percent of the whole particles.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2veq

chain_id: A, residue_range: 48-608, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1nex

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6fe8:
Cryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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