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万見
- PDB-3mmp: Structure of the Qb replicase, an RNA-dependent RNA polymerase co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mmp
タイトルStructure of the Qb replicase, an RNA-dependent RNA polymerase consisting of viral and host proteins
要素
  • Elongation factor Tu 2, Elongation factor Ts
  • RNA-directed RNA polymerase beta chain
キーワードTRANSFERASE / RdRp / host-factor complex / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RNA-directed RNA polymerase / response to antibiotic / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity ...guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RNA-directed RNA polymerase / response to antibiotic / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase beta-chain / RNA replicase, beta-chain / Translation elongation factor EFTs/EF1B / Translation elongation factor EFTs/EF1B, dimerisation / Translation elongation factor Ts, conserved site / Elongation factor Ts, dimerisation domain superfamily / Elongation factor TS / Elongation factor Ts signature 1. / Elongation factor Ts signature 2. / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain ...RNA-directed RNA polymerase beta-chain / RNA replicase, beta-chain / Translation elongation factor EFTs/EF1B / Translation elongation factor EFTs/EF1B, dimerisation / Translation elongation factor Ts, conserved site / Elongation factor Ts, dimerisation domain superfamily / Elongation factor TS / Elongation factor Ts signature 1. / Elongation factor Ts signature 2. / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / UBA-like superfamily / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PXN / Elongation factor Ts / Elongation factor Tu 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Enterobacteria phage Qbeta (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kidmose, R.T. / Vasiliev, N.N. / Chetverin, A.B. / Knudsen, C.R. / Andersen, G.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of the Qbeta replicase, an RNA-dependent RNA polymerase consisting of viral and host proteins.
著者: Kidmose, R.T. / Vasiliev, N.N. / Chetverin, A.B. / Andersen, G.R. / Knudsen, C.R.
履歴
登録2010年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor Tu 2, Elongation factor Ts
G: RNA-directed RNA polymerase beta chain
C: Elongation factor Tu 2, Elongation factor Ts
F: RNA-directed RNA polymerase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,8376
ポリマ－279,1004
非ポリマー7372
水16,664925
1
A: Elongation factor Tu 2, Elongation factor Ts
G: RNA-directed RNA polymerase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,9183
ポリマ－139,5502
非ポリマー3681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area51620 Å2
手法PISA
2
C: Elongation factor Tu 2, Elongation factor Ts
F: RNA-directed RNA polymerase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,9183
ポリマ－139,5502
非ポリマー3681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area51420 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13880 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area100910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)254.710, 139.400, 101.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21F
12A
22C
13A
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERPROPROCHAIN G AND (RESSEQ 7:113 OR RESSEQ 119:519 OR RESSEQ 533:573 )GB7 - 1137 - 113
121PHEPHESERSERCHAIN G AND (RESSEQ 7:113 OR RESSEQ 119:519 OR RESSEQ 533:573 )GB119 - 519119 - 519
131CYSCYSALAALACHAIN G AND (RESSEQ 7:113 OR RESSEQ 119:519 OR RESSEQ 533:573 )GB533 - 573533 - 573
211SERSERPROPROCHAIN F AND (RESSEQ 7:113 OR RESSEQ 119:519 OR RESSEQ 533:573 )FD7 - 1137 - 113
221PHEPHESERSERCHAIN F AND (RESSEQ 7:113 OR RESSEQ 119:519 OR RESSEQ 533:573 )FD119 - 519119 - 519
231CYSCYSALAALACHAIN F AND (RESSEQ 7:113 OR RESSEQ 119:519 OR RESSEQ 533:573 )FD533 - 573533 - 573
112LYSLYSGLYGLYCHAIN A AND (RESSEQ 1009:1041 OR RESSEQ 1064:1392 )AA1009 - 1041294 - 326
122THRTHRLEULEUCHAIN A AND (RESSEQ 1009:1041 OR RESSEQ 1064:1392 )AA1064 - 1392349 - 677
212LYSLYSGLYGLYCHAIN C AND (RESSEQ 1009:1041 OR RESSEQ 1064:1392 )CC1009 - 1041294 - 326
222THRTHRLEULEUCHAIN C AND (RESSEQ 1009:1041 OR RESSEQ 1064:1392 )CC1064 - 1392349 - 677
113ILEILESERSERCHAIN A AND (RESSEQ 3:282 )AA3 - 2824 - 283
213ILEILESERSERCHAIN C AND (RESSEQ 3:282 )CC3 - 2824 - 283

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor Tu 2, Elongation factor Ts / EF-Tu 2 / P-43 / EF-Ts


分子量: 73954.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tufB, b3980, JW3943, tsf, b0170, JW0165 / プラスミド: pBAD33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6P1, UniProt: P0CE48
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase beta chain / RNA replicase beta chain


分子量: 65595.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Qbeta (ファージ)
プラスミド: pBAD33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14647, RNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-PXN / (2S)-1-[3-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}-2,2-bis({[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}methyl)propoxy]propan-2-ol / PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH)


分子量: 368.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAINS A AND C ARE A CHIMERA OF UNP ENTRIES P0A6P1 AND P0CE48 WITH A SINGLE HIS AS LINKER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M KCL, 0.05M Hepes pH 7.5, 27%-30% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 122568 / Num. obs: 122568 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 18.29
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Rsym value: 0.571 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EFU

1efu


解像度: 2.5→47.283 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2303 1993 1.63 %
Rwork0.21 --
obs0.2103 122547 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.625 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.95 Å2-0 Å2-0.2204 Å2
2---5.9852 Å2-0 Å2
3----5.9648 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18444 0 50 925 19419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05325452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7096978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752888
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043298
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11G4318X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
12F4318X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
21A2790X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
22C2790X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
31A2108X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
32C2108X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56250.33531410.27298530X-RAY DIFFRACTION100
2.5625-2.63180.29431450.26618601X-RAY DIFFRACTION100
2.6318-2.70920.29761490.25578540X-RAY DIFFRACTION100
2.7092-2.79670.3211430.25948639X-RAY DIFFRACTION100
2.7967-2.89660.29461390.25158588X-RAY DIFFRACTION100
2.8966-3.01260.27571400.24878598X-RAY DIFFRACTION100
3.0126-3.14970.27521360.23558592X-RAY DIFFRACTION100
3.1497-3.31570.21981490.23378611X-RAY DIFFRACTION100
3.3157-3.52330.231420.21478630X-RAY DIFFRACTION100
3.5233-3.79530.23351350.20228591X-RAY DIFFRACTION100
3.7953-4.1770.20491280.18888641X-RAY DIFFRACTION100
4.177-4.78090.1781480.16638632X-RAY DIFFRACTION100
4.7809-6.02150.20491470.17548677X-RAY DIFFRACTION100
6.0215-47.29170.18191510.17178684X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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