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万見
- EMDB-22337: Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22337
タイトルCryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Fab and nanobody
マップデータStructure of AMPK with Fab and nanobody
試料
  • 複合体: AMPK complex with Fab and nanobody
    • 複合体: AMPK
      • タンパク質・ペプチド: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
      • タンパク質・ペプチド: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
      • タンパク質・ペプチド: Maltodextrin-binding protein
    • 複合体: Fab, nanobody
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
キーワードAMPK / ATP / fully inactive / KD-displaced / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glucosylceramide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / positive regulation of mitochondrial transcription / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / cold acclimation / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / lipid droplet disassembly ...negative regulation of glucosylceramide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / positive regulation of mitochondrial transcription / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / cold acclimation / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / lipid droplet disassembly / Lipophagy / regulation of carbon utilization / positive regulation of skeletal muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / import into nucleus / regulation of vesicle-mediated transport / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / Carnitine shuttle / tau-protein kinase / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / cellular response to ethanol / protein kinase regulator activity / negative regulation of TOR signaling / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to caffeine / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / motor behavior / tau-protein kinase activity / lipid biosynthetic process / negative regulation of tubulin deacetylation / Macroautophagy / cellular response to stress / cholesterol biosynthetic process / AMP binding / fatty acid oxidation / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / positive regulation of protein kinase activity / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / fatty acid homeostasis / cellular response to nutrient levels / negative regulation of lipid catabolic process / response to UV / cellular response to glucose starvation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / energy homeostasis / positive regulation of protein localization / positive regulation of adipose tissue development / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to calcium ion / positive regulation of glycolytic process / response to activity / response to gamma radiation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / regulation of circadian rhythm / ADP binding / tau protein binding / autophagy / positive regulation of T cell activation / cellular response to hydrogen peroxide / Wnt signaling pathway / neuron cellular homeostasis / response to estrogen / glucose metabolic process / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / cellular response to prostaglandin E stimulus / glucose homeostasis / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to oxidative stress / spermatogenesis / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity
類似検索 - 分子機能
PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain ...PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltodextrin-binding protein / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å
データ登録者Yan Y / Murkherjee S / Zhou XE / Xu TH / Xu HE / Kossiakoff AA / Melcher K
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM117372 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM129436 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structure of an AMPK complex in an inactive, ATP-bound state.
著者: Yan Yan / Somnath Mukherjee / Kaleeckal G Harikumar / Timothy S Strutzenberg / X Edward Zhou / Kelly Suino-Powell / Ting-Hai Xu / Ryan D Sheldon / Jared Lamp / Joseph S Brunzelle / Katarzyna ...著者: Yan Yan / Somnath Mukherjee / Kaleeckal G Harikumar / Timothy S Strutzenberg / X Edward Zhou / Kelly Suino-Powell / Ting-Hai Xu / Ryan D Sheldon / Jared Lamp / Joseph S Brunzelle / Katarzyna Radziwon / Abigail Ellis / Scott J Novick / Irving E Vega / Russell G Jones / Laurence J Miller / H Eric Xu / Patrick R Griffin / Anthony A Kossiakoff / Karsten Melcher /
要旨: Adenosine monophosphate (AMP)-activated protein kinase (AMPK) regulates metabolism in response to the cellular energy states. Under energy stress, AMP stabilizes the active AMPK conformation, in ...Adenosine monophosphate (AMP)-activated protein kinase (AMPK) regulates metabolism in response to the cellular energy states. Under energy stress, AMP stabilizes the active AMPK conformation, in which the kinase activation loop (AL) is protected from protein phosphatases, thus keeping the AL in its active, phosphorylated state. At low AMP:ATP (adenosine triphosphate) ratios, ATP inhibits AMPK by increasing AL dynamics and accessibility. We developed conformation-specific antibodies to trap ATP-bound AMPK in a fully inactive, dynamic state and determined its structure at 3.5-angstrom resolution using cryo-electron microscopy. A 180° rotation and 100-angstrom displacement of the kinase domain fully exposes the AL. On the basis of the structure and supporting biophysical data, we propose a multistep mechanism explaining how adenine nucleotides and pharmacological agonists modulate AMPK activity by altering AL phosphorylation and accessibility.
履歴
登録2020年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月21日-
マップ公開2021年7月21日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jhh
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22337.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22337.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of AMPK with Fab and nanobody
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 240 pix.
= 246.96 Å		1.03 Å/pix.
x 240 pix.
= 246.96 Å		1.03 Å/pix.
x 240 pix.
= 246.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.029 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.04410703 - 0.081703946
平均 (標準偏差)0.00027798326 (±0.0022904756)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 246.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0291.0291.029
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z246.960246.960246.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0440.0820.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AMPK complex with Fab and nanobody

全体名称: AMPK complex with Fab and nanobody
要素
  • 複合体: AMPK complex with Fab and nanobody
    • 複合体: AMPK
      • タンパク質・ペプチド: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
      • タンパク質・ペプチド: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
      • タンパク質・ペプチド: Maltodextrin-binding protein
    • 複合体: Fab, nanobody
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

+
超分子 #1: AMPK complex with Fab and nanobody

超分子名称: AMPK complex with Fab and nanobody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
分子量理論値: 220 KDa

+
超分子 #2: AMPK

超分子名称: AMPK / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Fab, nanobody

超分子名称: Fab, nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#7
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1

分子名称: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.004395 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: VKIGHYILGD TLGVGTFGKV KVGKHELTGH KVAVKILNRQ KIRSLDVVGK IRREIQNLKL FRHPHIIKLY QVISTPSDIF MVMEYVSGG ELFDYICKNG RLDEKESRRL FQQILSGVDY CHRHMVVHRD LKPENVLLDA HMNAKIADFG LSNMMSDGEF L RTSCGSPN ...文字列:
VKIGHYILGD TLGVGTFGKV KVGKHELTGH KVAVKILNRQ KIRSLDVVGK IRREIQNLKL FRHPHIIKLY QVISTPSDIF MVMEYVSGG ELFDYICKNG RLDEKESRRL FQQILSGVDY CHRHMVVHRD LKPENVLLDA HMNAKIADFG LSNMMSDGEF L RTSCGSPN YAAPEVISGR LYAGPEVDIW SSGVILYALL CGTLPFDDDH VPTLFKKICD GIFYTPQYLN PSVISLLKHM LQ VDPMKRA TIKDIREHEW FKQDLPKYLF PEDPSYSSTM IDDEALKEVC EKFECSEEEV LSCLYNRNHQ DPLAVAYHLI IDN RRIMNE AKDFYLATSP PDSFLDDHHL TRPHPERVPF LVAETPRARH TLDELNPQKS KHQGVRKAKW HLGIRSQSRP NDIM AEVCR AIKQLDYEWK VVNPYYLRVR RKNPVTSTYS KMSLQLYQVD SRTYLLDFRS IDDELTPRPG SHTIEFFEMC ANLIK ILAQ

UniProtKB: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1, 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1

+
分子 #2: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2

分子名称: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.38465 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MARPTVIRWS EGGKEVFISG SFNNWSTKIP LIKSHNDFVA ILDLPEGEHQ YKFFVDGQWV HDPSEPVVTS QLGTINNLIH VKKSDFEVF DALKLDSMES SETSCRDLSS SPPGPYGQEM YAFRSAARFK SPPILPPHLL QVILNKDTNI SCDPALLPEP N HVMLNHLY ...文字列:
MARPTVIRWS EGGKEVFISG SFNNWSTKIP LIKSHNDFVA ILDLPEGEHQ YKFFVDGQWV HDPSEPVVTS QLGTINNLIH VKKSDFEVF DALKLDSMES SETSCRDLSS SPPGPYGQEM YAFRSAARFK SPPILPPHLL QVILNKDTNI SCDPALLPEP N HVMLNHLY ALSIKDSVMV LSATHRYKKK YVTTLLYKPI

UniProtKB: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2

+
分子 #3: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1

分子名称: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.833359 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MGSNNSVYTS FMKSHRCYDL IPTSSKLVVF DTSLQVKKAF FALVTNGVRA APLWDSKKQS FVGMLTITDF INILHRYYKS ALVQIYELE EHKIETWREV YLQDSFKPLV CISPNASLFD AVSSLIRNKI HRLPVIDPES GNTLYILTHK RILKFLKLFI T EFPKPEFM ...文字列:
MGSNNSVYTS FMKSHRCYDL IPTSSKLVVF DTSLQVKKAF FALVTNGVRA APLWDSKKQS FVGMLTITDF INILHRYYKS ALVQIYELE EHKIETWREV YLQDSFKPLV CISPNASLFD AVSSLIRNKI HRLPVIDPES GNTLYILTHK RILKFLKLFI T EFPKPEFM SKSLEELQIG TYANIAMVRT TTPVYVALGI FVQHRVSALP VVDEKGRVVD IYSKFDVINL AAEKTYNNLD VS VTKALQH RSHYFEGVLK CYLHETLETI INRLVEAEVH RLVVVDENDV VKGIVSLSDI LQALVLTGG

UniProtKB: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1

+
分子 #4: Maltodextrin-binding protein

分子名称: Maltodextrin-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 40.827125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MAKIEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPAAAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL MFNLQEPYFT W PLIAADGG ...文字列:
MAKIEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPAAAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL MFNLQEPYFT W PLIAADGG YAFKYENGKY DIKDVGVDNA GAKAGLTFLV DLIKNKHMNA DTDYSIAEAA FNKGETAMTI NGPWAWSNID TS AVNYGVT VLPTFKGQPS KPFVGVLSAG INAASPNKEL AKEFLENYLL TDEGLEAVNK DKPLGAVALK SYEEELAKDP RIA ATMENA QKGEIMPNIP QMSAFWYAVR TAVINAASGR QTVDEALKDA QTNAAEF

UniProtKB: Maltodextrin-binding protein

+
分子 #5: Fab light chain

分子名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.212715 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSGPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSGPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

+
分子 #6: Fab heavy chain

分子名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.483488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NIYYYSIHWV RQAPGKGLEW VASIYPYSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYYPYFISY YSKMEAMDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NIYYYSIHWV RQAPGKGLEW VASIYPYSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYYPYFISY YSKMEAMDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDKTHT

+
分子 #7: Nanobody

分子名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.414383 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAMHHHHHHG ENLYFQGSQV QLQESGGGLV QPGGSLRLSC AASGRTISRY AMSWFRQAPG KEREFVAVA RRSGDGAFYA DSVQGRFTVS RDDAKNTVYL QMNSLKPEDT AVYYCAIDSD TFYSGSYDYW GQGTQVTVSS

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 7659 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 88.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1501939
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 360824
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4rer

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6cmo

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6h16

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-7jhh:
Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Fab and nanobody

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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