[日本語] English
万見
- PDB-6h16: Structure of LRP6 P3E3P4E4 in complex with VHH L-P2-D07 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h16
タイトルStructure of LRP6 P3E3P4E4 in complex with VHH L-P2-D07
要素
  • Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
  • VHH L-P2-D07
キーワードSIGNALING PROTEIN / Inhibitor / complex / signalling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / cellular response to cholesterol / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / Wnt signalosome / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / neural crest cell differentiation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / Regulation of FZD by ubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein localization to plasma membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / Wnt signaling pathway / endocytosis / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / 6 Propeller / Neuraminidase / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gros, P. / van Scherpenzeel, R.C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research01.80.104.00 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Anti-LRP5/6 VHHs promote differentiation of Wnt-hypersensitive intestinal stem cells.
著者: Fenderico, N. / van Scherpenzeel, R.C. / Goldflam, M. / Proverbio, D. / Jordens, I. / Kralj, T. / Stryeck, S. / Bass, T.Z. / Hermans, G. / Ullman, C. / Aastrup, T. / Gros, P. / Maurice, M.M.
履歴
登録2018年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
B: VHH L-P2-D07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7398
ポリマ－82,9692
非ポリマー2,7706
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area32450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.795, 105.954, 164.191
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 69880.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75581
#2: 抗体 VHH L-P2-D07


分子量: 13088.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 3種, 5分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 16分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.06 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.0, 10 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→164.19 Å / Num. obs: 36674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 233566 / Scaling rejects: 937
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
2.9-3.036.61.02944070.4520.4311.117
10.05-164.195.60.04310080.9780.0220.048

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13rc1_2958精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A0P

4a0p


解像度: 2.9→82.096 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 30.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1880 5.14 %
Rwork0.2106 --
obs0.2127 36598 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 252.81 Å2 / Biso mean: 115.9979 Å2 / Biso min: 57.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→82.096 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5726 0 182 15 5923
Biso mean--169.11 89.02 -
残基数----726
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68610.0552-0.28892.1048-0.08013.14170.12220.13950.0320.01250.03820.0815-0.098-0.1419-0.16830.62580.11170.00041.03130.00380.476-22.0933-22.82425.6293
23.2106-1.2993-1.44224.2291.86454.6656-0.2878-0.42990.2677-0.21840.511-0.5621-0.22850.9673-0.21890.8799-0.0524-0.10561.5015-0.24830.6316-16.134-1.522245.1271
32.2454-0.08733.5297.92850.19275.68640.7666-0.59011.44280.8371-0.3478-0.9618-1.33761.8488-0.41130.66420.0189-0.05390.67650.09810.86627.9002-0.3014-7.169
46.7703-0.0510.01697.7253-4.41262.72350.00091.00290.3720.13120.1165-0.6212-1.2427-0.27490.06260.69230.02950.03181.10020.00220.70150.7821-6.7998-6.5216
55.58742.9703-0.92546.7889-1.17858.09150.39571.62480.6999-1.1725-0.16460.5818-0.1632-0.3634-0.2660.82560.28450.15871.31180.34410.8506-0.4277-5.341-17.1063
62.4026-3.7473-3.10259.53370.6918.7079-0.15381.24490.75130.4848-0.61680.78130.08390.57810.70870.5234-0.0046-0.03361.23170.12380.65626.5007-14.4935-6.4545
74.303-4.42844.72639.7288-6.3655.6299-0.8321-0.74190.0224-0.8949-1.0982-1.18120.39751.28491.89310.81260.15490.08451.05010.06040.89178.9703-7.7305-12.1584
84.149-4.5293-5.22334.94865.71436.62240.56913.06012.1813-2.8708-0.3413-0.852-2.0986-0.5273-0.17321.25620.15570.15411.37550.31111.12069.50593.6015-22.0818
94.60275.1954-5.52217.8018-5.0317.14410.7858-0.35150.64020.2561-0.26840.001-0.4624-0.0041-0.46620.78220.0341-0.17240.84660.07790.6982-1.7412-0.8786-7.3321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 630 through 967 )A630 - 967
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 968 through 1247 )A968 - 1247
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 17 )B2 - 17
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 18 through 40 )B18 - 40
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 41 through 69 )B41 - 69
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 70 through 78 )B70 - 78
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 79 through 85 )B79 - 85
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 86 through 92 )B86 - 92
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 93 through 120 )B93 - 120

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る