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- PDB-4a0p: Crystal structure of LRP6P3E3P4E4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a0p
タイトルCrystal structure of LRP6P3E3P4E4
要素LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 6
キーワードSIGNALING / LRP6 / WNT SIGNALLING / WNT3A / DKK1 / MESD
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / cellular response to cholesterol ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / cellular response to cholesterol / midbrain dopaminergic neuron differentiation / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / Wnt signalosome / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / neural crest cell differentiation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / Regulation of FZD by ubiquitination / TCF dependent signaling in response to WNT / protein localization to plasma membrane / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / Wnt signaling pathway / endocytosis / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / 6 Propeller / Neuraminidase / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chen, S. / Malinauskas, T. / Aricescu, A.R. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2011
タイトル: Structural and functional studies of LRP6 ectodomain reveal a platform for Wnt signaling.
著者: Shuo Chen / Doryen Bubeck / Bryan T MacDonald / Wen-Xue Liang / Jian-Hua Mao / Tomas Malinauskas / Oscar Llorca / A Radu Aricescu / Christian Siebold / Xi He / E Yvonne Jones /
要旨: LDL-receptor-related protein 6 (LRP6), alongside Frizzled receptors, transduces Wnt signaling across the plasma membrane. The LRP6 ectodomain comprises four tandem β-propeller-EGF-like domain (PE) ...LDL-receptor-related protein 6 (LRP6), alongside Frizzled receptors, transduces Wnt signaling across the plasma membrane. The LRP6 ectodomain comprises four tandem β-propeller-EGF-like domain (PE) pairs that harbor binding sites for Wnt morphogens and their antagonists including Dickkopf 1 (Dkk1). To understand how these multiple interactions are integrated, we combined crystallographic analysis of the third and fourth PE pairs with electron microscopy (EM) to determine the complete ectodomain structure. An extensive inter-pair interface, conserved for the first-to-second and third-to-fourth PE interactions, contributes to a compact platform-like architecture, which is disrupted by mutations implicated in developmental diseases. EM reconstruction of the LRP6 platform bound to chaperone Mesd exemplifies a binding mode spanning PE pairs. Cellular and binding assays identify overlapping Wnt3a- and Dkk1-binding surfaces on the third PE pair, consistent with steric competition, but also suggest a model in which the platform structure supports an interplay of ligands through multiple interaction sites.
履歴
登録2011年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,81213
ポリマ－71,1701
非ポリマー1,64212
水7,873437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.815, 42.699, 119.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 6 / LRP6 / LRP-6


分子量: 71170.094 Da / 分子数: 1 / 断片: P3E3P4E4, RESIDUES 629-1244 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: C0019 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O75581

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 445分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 66493 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IJQ

1ijq


解像度: 1.9→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.895 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21098 3378 5.1 %RANDOM
Rwork0.18135 ---
obs0.18284 63115 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20.07 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4848 0 98 437 5383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0215052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0991.9656860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92838272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0875607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85923.821246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.40615842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0841543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021033
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.75963025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.31361238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.149114883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.282112027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.483161977
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 204 -
Rwork0.306 3720 -
obs--78.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.105-0.6146-0.29492.2301-0.23013.17680.0389-0.0708-0.04010.1003-0.01020.30150.0886-0.299-0.02870.2427-0.0279-0.05540.1814-0.0370.271975.16940.2745.141
23.0191-0.02710.36182.3663-0.64482.3290.06960.0214-0.0589-0.2615-0.0510.150.0632-0.0618-0.01850.23260.0382-0.08520.0402-0.02230.208478.54344.64133.151
32.0872-0.71320.48214.1140.22072.24470.15820.2308-0.0473-0.4989-0.2195-0.12630.09230.09380.06130.28410.0461-0.00470.0958-0.00180.20690.84142.07428.458
41.99830.87110.29875.60760.09772.54240.11760.0084-0.1167-0.1196-0.1603-0.68150.08310.22580.04270.19750.0262-0.02170.08580.01820.3173100.42537.44636.428
53.89121.16050.46564.0655-0.60613.2060.1224-0.2728-0.21840.2999-0.192-0.58040.20450.18140.06960.250.0065-0.11480.07680.03680.285597.93631.30648.177
63.0465-1.104-1.40051.54350.53334.1051-0.117-0.3028-0.07150.49090.0706-0.0141-0.11780.19470.04640.377-0.0423-0.07290.1250.02760.211185.59934.42953.582
71.46790.13580.64261.5337-0.07311.0387-0.0725-0.01130.379-0.081-0.1170.0979-0.1983-0.0610.18940.31650.0235-0.08380.0707-0.03130.312679.91958.19233.27
83.5843-1.6622-0.28425.1139-1.16361.6321-0.2675-0.70570.0470.85170.4485-0.0155-0.0207-0.0644-0.1810.42850.0911-0.12920.2506-0.02480.216251.29242.92230.153
93.2093-0.5679-0.16833.70260.46732.7508-0.0438-0.4552-0.18470.43790.17460.21650.155-0.2257-0.13080.2840.0226-0.03970.14280.05770.202638.94143.27824.541
101.1835-0.6021-0.59483.80751.00272.22770.0267-0.0456-0.18180.0587-0.06120.17740.1861-0.27410.03450.234-0.0177-0.07520.04730.0120.257437.30939.22410.552
112.0765-0.03011.41823.18750.53414.02670.05430.1017-0.0667-0.086-0.0021-0.10740.03170.0921-0.05220.21660.0191-0.05970.025-0.00540.194749.82337.7214.47
123.07720.13750.55696.3433-1.25744.47790.04890.3007-0.1117-0.3022-0.1191-0.60160.17210.64690.07030.24730.0398-0.06520.2049-0.01050.296461.8537.789.042
133.22120.69360.04632.2380.42361.5550.052-0.085-0.02340.1065-0.0374-0.23870.02780.2434-0.01460.29160.0369-0.15140.1179-0.00810.274562.59442.28222.366
143.2354-0.8319-0.25482.9343-0.4191.328-0.0063-0.18660.25110.20160.05510.111-0.2008-0.1397-0.04890.31740.03430.01490.0708-0.01950.270734.57158.00820.456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A661 - 704
2X-RAY DIFFRACTION2A705 - 746
3X-RAY DIFFRACTION3A747 - 790
4X-RAY DIFFRACTION4A791 - 833
5X-RAY DIFFRACTION5A834 - 874
6X-RAY DIFFRACTION6A630 - 660
7X-RAY DIFFRACTION6A875 - 882
8X-RAY DIFFRACTION7A883 - 933
9X-RAY DIFFRACTION8A965 - 1005
10X-RAY DIFFRACTION9A1013 - 1055
11X-RAY DIFFRACTION10A1056 - 1101
12X-RAY DIFFRACTION11A1102 - 1144
13X-RAY DIFFRACTION12A1145 - 1184
14X-RAY DIFFRACTION13A934 - 964
15X-RAY DIFFRACTION13A1185 - 1196
16X-RAY DIFFRACTION14A1197 - 1246

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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