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- PDB-3s8v: Crystal structure of LRP6-Dkk1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s8v
タイトルCrystal structure of LRP6-Dkk1 complex
要素
  • Dickkopf-related protein 1
  • Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt / receptor / LRP5 / LRP6 / LDL receptor-like protein / Dickkopf (Dkk) / YWTD b-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / Signaling by LRP5 mutants / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation ...negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / Signaling by LRP5 mutants / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / endoderm formation / motor learning / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / synapse pruning / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / endocardial cushion development / heart induction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / receptor antagonist activity / regulation of receptor internalization / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / co-receptor binding / low-density lipoprotein particle receptor activity / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / cellular response to cholesterol / heart valve development / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / negative regulation of presynapse assembly / Wnt signalosome / embryonic limb morphogenesis / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / limb development / negative regulation of ossification / face morphogenesis / neural crest cell differentiation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of Wnt signaling pathway / mesoderm formation / negative regulation of BMP signaling pathway / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / response to retinoic acid / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / coreceptor activity / forebrain development / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of cell cycle / negative regulation of protein binding / Regulation of FZD by ubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein localization to plasma membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / positive regulation of JNK cascade / growth factor activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / Wnt signaling pathway / endocytosis / nervous system development / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / learning or memory / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / : / : / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Lipase, subunit A ...: / : / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / : / : / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Lipase, subunit A / Lipase, subunit A / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / 6 Propeller / Neuraminidase / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / Dickkopf-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cheng, Z. / Xu, W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the extracellular domain of LRP6 and its complex with DKK1.
著者: Cheng, Z. / Biechele, T. / Wei, Z. / Morrone, S. / Moon, R.T. / Wang, L. / Xu, W.
履歴
登録2011年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
B: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
X: Dickkopf-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,4343
ポリマ－151,4343
非ポリマー00
水00
1
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
X: Dickkopf-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6052
ポリマ－80,6052
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
2
B: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8291
ポリマ－70,8291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.384, 105.050, 161.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A629 - 1243
2115B629 - 1243

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要素

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 70828.742 Da / 分子数: 2 / 断片: E3E4, residues 629-1243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6 / プラスミド: pAcGP67b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75581
#2: タンパク質 Dickkopf-related protein 1 / Dickkopf-1 / Dkk-1 / hDkk-1 / SK


分子量: 9776.192 Da / 分子数: 1 / 断片: Dkk1c, residues 184-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKK1, UNQ492/PRO1008 / プラスミド: pET32m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: O94907
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 20mM citric acid, 80mM Bis-tris propane pH 8.8, 19-20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.210.999
シンクロトロンALS 8.2.120.999
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2011年4月10日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2011年4月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9991
21
反射解像度: 3.05→30 Å / Num. all: 30976 / Num. obs: 30419 / % possible obs: 98.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IJQ and 3S8Z

1ijq

3s8z


解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 26.364 / SU ML: 0.462 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.562 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29248 1485 5.1 %RANDOM
Rwork0.24042 ---
obs0.24306 27740 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 87.121 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2 Å20 Å20 Å2
2---5.09 Å2-0 Å2
3---8.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10177 0 0 0 10177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02110403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0821.94514105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.46251268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27423.658514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.467151786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8721593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2388MEDIUM POSITIONAL0.590.5
2382LOOSE POSITIONAL0.825
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 83 -
Rwork0.324 1880 -
obs--91.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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