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Yorodumi- PDB-6yi1: Crystal structure of human glutaminyl cyclase in complex with Glu... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6yi1 | |||||||||||||||
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| Title | Crystal structure of human glutaminyl cyclase in complex with Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / Alpha-Beta Protein / Metalloprotein / Intermediate | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpeptidyl-pyroglutamic acid biosynthetic process, using glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / protein modification process / specific granule lumen / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)Synthetic construct (others) | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.92 Å | |||||||||||||||
Authors | Kupski, O. / Sautner, V. / Tittmann, K. | |||||||||||||||
| Funding support | Germany, 3items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2020Title: Hydrazides Are Potent Transition-State Analogues for Glutaminyl Cyclase Implicated in the Pathogenesis of Alzheimer's Disease. Authors: Kupski, O. / Funk, L.M. / Sautner, V. / Seifert, F. / Worbs, B. / Ramsbeck, D. / Meyer, F. / Diederichsen, U. / Buchholz, M. / Schilling, S. / Demuth, H.U. / Tittmann, K. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6yi1.cif.gz | 309.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6yi1.ent.gz | 246.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6yi1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6yi1_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6yi1_full_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | |
| Data in XML | 6yi1_validation.xml.gz | 31.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6yi1_validation.cif.gz | 46.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/6yi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/6yi1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6yjyC ![]() 2afmS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 5 molecules ABCDE
| #1: Protein | Mass: 37553.410 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: QPCT / Production host: ![]() References: UniProt: Q16769, glutaminyl-peptide cyclotransferase #2: Protein/peptide | Mass: 377.418 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Synthetic construct (others) |
|---|
-Non-polymers , 9 types, 462 molecules 
















| #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-DIO / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-PEG / #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.08 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 4% (v/v) 1,4-Dioxane |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 8, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.85 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.92→88.279 Å / Num. obs: 70565 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.933 % / Biso Wilson estimate: 26.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 9.89 / Num. measured all: 418679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2AFM Resolution: 1.92→88.279 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.73
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 1.1 Å / VDW probe radii: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 121.67 Å2 / Biso mean: 30.3477 Å2 / Biso min: 5.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.92→88.279 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Germany, 3items
Citation











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